Salam-C esasly Genom Assambleýasy
Hyzmat artykmaçlyklary
Salam-C hakda umumy syn
(Liberman-Aýden E we başg.,Ylym, 2009)
ØGämi duralgasy üçin genetiki ilaty gurmagyň zerurlygy ýok
ØHas ýokary marker dykyzlygy, 90% -den ýokary labyr gatlagyna alyp barýar
ØBar bolan gen ýygnanyşyklaryna baha bermäge we düzediş bermäge mümkinçilik berýär;
ØGenom ýygnamakda has takyklyk bilen gysga öwrüm wagty;
Ø500-den gowrak görnüş üçin gurlan 1000-den gowrak Hi-C kitaphanasy bilen baý tejribe;
Ø760-dan gowrak jemlenen neşir edilen täsir faktory bilen 100-den gowrak üstünlikli ýagdaý;
ØPoliploid genom üçin “Hi-C” genom ýygnagy, öňki taslamada 100% labyr derejesi gazanyldy.
ØHi-C synaglary we maglumatlary derňemek üçin içerki patentler we programma üpjünçiliginiň awtorlyk hukuklary
ØÖzbaşdak işlenip düzülen maglumatlary düzmek programma üpjünçiligi, el bilen blokirlemegi herekete getirmäge, tersine öwürmäge, ýatyrmaga we täzeden işlemäge mümkinçilik berýär.
Hyzmat aýratynlyklary
| YzygiderlilikPlatforma | Kitaphana | Maslahat berilýän çuňluk | Takmynan öwrüm wagty | Assambleýa |
| Illumina | 300-350 bp | Pleönekeý genom ≥ 100 × Çylşyrymly genom ≥ 150 × | 3 aý (Görnüşlere baglylykda) | Gämi duralgasy ≥ 90% (görnüşlere baglylykda) |
Bioinformatika derňewi
üÇig maglumatlaryň hiline gözegçilik
üSalam-C kitaphanasynyň hiline gözegçilik
üSalam-C esasly genom ýygnamak
üGurluşykdan soňky baha
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
Haýwanlar üçin:
1.Muscle (doňdurylan): ≥ 2 g;
2.Ganyň gany (doňmadyk): ml 2 ml (3 kitaphana üçin)
Ösümlikler üçin:
1. Tohumlar (mysal üçin tohumdan ösdürilip ýetişdirilen ýaş nahallar, dokuma medeniýeti ekiş we ş.m.): ähli ýapraklary we ýaş baldaklary ýygnaň;
2. Uly ösümlik: baldak ujuny we baldagyň ujuna ýakyn ilkinji 1 ýa-da 2 täze ýapragy ýygnaň.
* Her nusga üçin maslahat berilýän mukdar ≥ 4 g.(Kitaphana gurluşygy üçin nazaryýet ulanylyşy kitaphana üçin 1 g).
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner: 2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Nusgalaryň köpüsi üçin etanolda saklamazlygy maslahat berýäris.
Nusga belgilemesi: Nusgalar anyk bellik edilmeli we tabşyrylan nusga maglumat formasyna birmeňzeş bolmaly.
Ibermek: Gury buz: Nusgalary ilki sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
Salam-C synag
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
*Bu ýerde görkezilen demo netijeleri, Biomarker Technologies bilen neşir edilen genomlardan
1.Hi-C täsir ediş ýylylyk kartasyCamptotheca acuminatagenom.Kartada görkezilişi ýaly, özara täsirleriň intensiwligi ýokary takyk hromosoma derejesindäki ýygnanyşygy görkezýän çyzykly aralyk bilen otrisatel baglanyşdyrylýar.(Gämi gatnaşygy: 96.03%)
Kang M we başg.,Tebigat aragatnaşyklary, 2021
2.Hi-C arasyndaky terslikleriň tassyklanmagyny aňsatlaşdyrdyGossypium hirsutumL. TM-1 A06 weG. arboreumChr06
Zang Z we başg.,Tebigat aragatnaşyklary, 2019
3. Kassava SC205 genomyny ýygnamak we iki taraplaýyn tapawutlandyrmak.Salam-C ýylylyk kartasy, gomologiki hromosomlarda aýdyň bölünişigi görkezdi.
Hu W we başgalar,Molekulýar ösümlik, 2021
4. Ficus görnüşiniň iki genom ýygnagynda ýokary-C ýylylyk kartasy:Ficrocarpa(labyr gatnaşygy: 99.3%) weF.hispida (labyr gatnaşygy: 99,7%)
Zhang X we başg.,Öýjük, 2020
BMK meselesi
Agaç agajynyň genomlary we polinator galyndylary injiriň siňdirilmegi barada düşünje berýär
Çap edilen: Öýjük, 2020
Yzygiderlilik strategiýasy:
F. mikrokarpagenom: takmynan.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Salam-C (44 Gb)
F. hispidagenom: takmynan.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Salam-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: takmynan.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Esasy netijeler
1.PakBio yzygiderliligi, Hi-C we baglanyşyk kartasy arkaly iki sany agaç agajy genomy we bir polinator wasp genomy guruldy.
(1)F. mikrokarpagenom: 908 Kb-den N50, BUSCO-nyň 95,6% bal bilen 426 Mb (çak edilýän genomyň 97,7%) ýygnagy döredildi.Jemi 423 Mb yzygiderlilik, Hi-C tarapyndan 13 hromosoma dakyldy.Genomyň düşündirişi 29,416 belok kodlaýjy gen berdi.
(2)F. Hispidagenom: 360 Mb ýygnanyşygy (çak edilýän genomyň 97,3%) 492 Kb N50 we BUSCO bal 97,4% bilen hasyl berdi.Jemi 359 Mb yzygiderlilik 14 hromosomesbi Hi-C-de dykyldy we ýokary dykyzlykly baglanyşyk kartasyna gaty meňzeýär.
(3)Eupristina verticillatagenom: 381 Mb (çak edilýän genomyň ululygy: 382 Mb) N50 3.1 Mb we BUSCO 97,7% bal bilen guruldy.
2. Deňeşdirilen genomika derňewi ikisiniň arasynda köp sanly gurluş üýtgemelerini ýüze çykardyFikusuýgunlaşdyrylan ewolýusiýa gözlegleri üçin bahasyna ýetip bolmajak genetiki çeşme berýän genomlar.Bu gözleg, ilkinji gezek genom derejesinde Fig-wasp coevolution hakda düşünje berdi.
 Ikisiniň genom aýratynlyklary boýunça sirk diagrammasyFikusgenomlar, şol sanda hromosomlar, segmental köpeltmeler (SD), transposonlar (LTR, TEs, DNA TE), gen aňlatmasy we sintezi |  Y hromosomyny we jyns kesgitleme kandidatynyň genini kesgitlemek |
Zhangang, X. we ş.m."Banyan agajynyň genomlary we polinator Wasp injir-Wasp koewolýusiýasy barada düşünje berýär."Öýjük 183.4 (2020).
