Metagenomiki yzygiderlilik (NGS)
Hyzmat artykmaçlyklary
ØMikrob jemgyýetiniň profilini izolýasiýa we ösdürip ýetişdirmezlik
ØDaşky gurşaw nusgalarynda az mukdarda görnüşleri ýüze çykarmakda ýokary çözgüt
Ø“Meta” ideýasy, hakykata has ýakyn dinamiki görnüşi görkezýän funksional derejede, görnüşleriň derejesinde we gen derejesinde ähli biologiki aýratynlyklary birleşdirýär.
ØBMK 10,000-den gowrak nusga gaýtadan işlenen dürli nusga görnüşlerinde uly tejribe toplaýar.
Hyzmat aýratynlyklary
| YzygiderlilikPlatforma | Kitaphana | Maslahat berilýän maglumatlaryň hasyllylygy | Takmynan öwrüm wagty |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K / 100K / 300K Bellikler | 30 gün |
Bioinformatika derňewi
üÇig maglumatlaryň hiline gözegçilik
üMetagenome gurnama
üArtykmaç gen toplumy we düşündiriş
üDürlüligiň derňewi
üGenetiki funksiýanyň dürlüliginiň derňewi
üToparlaýyn derňew
üTejribe faktorlaryna garşy birleşigiň derňewi
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
ÜçinDNK ekstraktlary:
| Mysal görnüşi | Mukdary | Konsentrasiýa | Arassalyk |
| DNK ekstraktlary | ＞ 30 ng | Ng 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
Daşky gurşaw nusgalary üçin:
| Mysal görnüşi | Maslahat beriş prosedurasy |
| Toprak | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Guradylan maddany ýerden aýyrmaly;Uly bölekleri üwüriň we 2 mm süzgüçden geçiň;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da sirotube-da Aliquot nusgalary. |
| Zyýanlar | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da nusgalary ýygnaň we alikot ediň. |
| Içegäniň mazmuny | Nusgalary aseptiki ýagdaýda gaýtadan işlemeli.Collectedygnanan dokumalary PBS bilen ýuwuň;PBS-ni merkezden gaçyryň we EP-turbalarda çökündileri ýygnaň. |
| Palçyk | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Zakaz etmek üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da palçyk nusgasyny ýygnaň we alikot ediň |
| Suw adamy | Çeçen suwy, guýy suwy we ş.m. ýaly çäkli mukdarda mikrob bilen nusga almak üçin azyndan 1 L suw ýygnaň we membranada mikroblary baýlaşdyrmak üçin 0,22 mk süzgüçden geçiň.Membranany steril turbada saklaň. |
| Deri | Deriniň ýüzüni steril pagta süpürgiç ýa-da hirurgiki pyçak bilen seresaplyk bilen süpüriň we steril turba salyň. |
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Nusgalary suwuk azotda 3-4 sagat doňduryň we uzak möhletli rezervasiýa üçin suwuk azotda ýa-da -80 dereje saklaň.Gury buz bilen nusga ibermek zerurdyr.
Hyzmat işiniň akymy
Mysal üçin gowşuryş
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
1.Histogramma: Görnüşleriň paýlanyşy
2.KEGG metabolik ýollaryna düşündirişli funksional genler
3. atylylyk kartasy: Gen geniniň köplügine esaslanýan diferensial funksiýalar
4.KARD antibiotik garşylyk genleriniň sirkleri
BMK meselesi
Antibiotik garşylyk genleriniň we bakterial patogenleriň toprak-mangrove köküniň dowamlylygy boýunça ýaýramagy
Çap edilen:Howply materiallar Journalurnaly, 2021
Yzygiderlilik strategiýasy:
Materiallar: mangrove köküniň baglanyşykly dört nusgasynyň DNK ekstraktlary: ekilmedik toprak, rizosfera, episfera we endosfera bölümleri
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Maksatlar: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 sebiti
Esasy netijeler
Mangrove nahallarynyň toprak köküniň dowamlylygynda metagenomiki yzygiderlilik we metabolik kodlaşdyrma, antibiotik garşylyk genleriniň (ARG) toprakdan ösümliklere ýaýramagyny öwrenmek üçin gaýtadan işlenildi.Metagenomiki maglumatlar, antibiotik garşylykly genleriň 91,4% -iniň üznüksiz modany görkezýän ýokarda agzalan dört toprak böleklerinde köplenç kesgitlenendigini ýüze çykardy.16S rRNA amplikon yzygiderliligi, 346 görnüşi aňladýan 29,285 yzygiderlilik döretdi.Amplikon yzygiderliligi bilen görnüşleriň görnüşleri bilen utgaşyp, bu ýaýramagyň kök bilen baglanyşykly mikrobiotadan garaşsyzdygy ýüze çykaryldy, ýöne genetiki elementleriň ykjamlygy arkaly aňsatlaşdyrylyp bilner.Bu gözleg, toprak-kök üznüksizligi arkaly toprakdan ösümliklere ARG-leriň we patogenleriň akymyny kesgitledi.
Salgylanma
Wang, C., Hu, R., Güýçli, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Antibiotik garşylykly genleriň we bakterial patogenleriň toprak - mangrove köküniň dowamlylygy.Howply materiallar Journalurnaly, 408, 124985.
