Metagenomiki yzygiderlilik-Nanopore
Hyzmat artykmaçlyklary
ØSpeciesokary hilli gurnama-Görnüşleri kesgitlemegiň takyklygy we funksional gen çaklamasy
ØBakterial genom izolýasiýasy
ØDürli ýerlerde has güýçli we ygtybarly ulanmak, meselem, patogen mikroorganizmleri ýa-da antibiotik garşylykly genleri ýüze çykarmak
ØDeňeşdirilen metagenom derňewi
Hyzmat aýratynlyklary
| YzygiderlilikPlatforma | Kitaphana | Maslahat berilýän maglumatlaryň hasyllylygy | Takmynan öwrüm wagty |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K / 100K / 300K Bellikler | 30 gün |
Bioinformatika derňewi
üÇig maglumatlaryň hiline gözegçilik
üMetagenome gurnama
üArtykmaç gen toplumy we düşündiriş
üDürlüligiň derňewi
üGenetiki funksiýanyň dürlüliginiň derňewi
üToparlaýyn derňew
üTejribe faktorlaryna garşy birleşigiň derňewi
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
ÜçinDNK ekstraktlary:
| Mysal görnüşi | Mukdary | Konsentrasiýa | Arassalyk |
| DNK ekstraktlary | ＞ 30 ng | Ng 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
Daşky gurşaw nusgalary üçin:
| Mysal görnüşi | Maslahat beriş prosedurasy |
| Toprak | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Guradylan maddany ýerden aýyrmaly;Uly bölekleri üwüriň we 2 mm süzgüçden geçiň;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da sirotube-da Aliquot nusgalary. |
| Zyýanlar | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da nusgalary ýygnaň we alikot ediň. |
| Içegäniň mazmuny | Nusgalary aseptiki ýagdaýda gaýtadan işlemeli.Collectedygnanan dokumalary PBS bilen ýuwuň;PBS-ni merkezden gaçyryň we EP-turbalarda çökündileri ýygnaň. |
| Palçyk | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Zakaz etmek üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da palçyk nusgasyny ýygnaň we alikot ediň |
| Suw adamy | Çeçen suwy, guýy suwy we ş.m. ýaly çäkli mukdarda mikrob bilen nusga almak üçin azyndan 1 L suw ýygnaň we membranada mikroblary baýlaşdyrmak üçin 0,22 mk süzgüçden geçiň.Membranany steril turbada saklaň. |
| Deri | Deriniň ýüzüni steril pagta süpürgiç ýa-da hirurgiki pyçak bilen seresaplyk bilen süpüriň we steril turba salyň. |
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Nusgalary suwuk azotda 3-4 sagat doňduryň we uzak möhletli rezervasiýa üçin suwuk azotda ýa-da -80 dereje saklaň.Gury buz bilen nusga ibermek zerurdyr.
Hyzmat işiniň akymy
Mysal üçin gowşuryş
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
1.Hatmap: Baýlygyň toparlanyş görnüşleri
2.KEGG metabolik ýollaryna düşündirişli funksional genler
3. Görnüşleriň korrelýasiýa ulgamy
4.KARD antibiotik garşylyk genleriniň sirkleri
BMK meselesi
Nanopore metagenomikasy bakteriýalaryň aşaky dem alyş ýokançlygyna çalt kliniki diagnoz goýmaga mümkinçilik berýär
Çap edilen:Tebigat biotehnologiýasy, 2019
Tehniki pursatlar
Yzygiderliligi: Nanopore MinION
Kliniki metagenomika bioinformatika: DNK-nyň tükenmegi, WIMP we ARMA derňewi
Çalt kesgitlemek: 6 sagat
Sensokary duýgurlyk: 96,6%
Esasy netijeler
2006-njy ýylda aşaky dem alyş ýokançlygy (LR) dünýäde 3 million adamyň ölümine sebäp boldy.LR1 patogenini anyklamagyň adaty usuly, duýgurlygy pes, uzak wagtlap öwrümli we irki antibiotik bejergisinde ýol görkezmeýän ýetmezçilikdir.Çalt we takyk mikrob diagnozy köpden bäri derwaýys zerurlykdyr.Gündogar Angliýa uniwersitetinden doktor Jastin we onuň hyzmatdaşlary patogen tapmak üçin Nanopore esasly metagenomiki usuly üstünlikli işläp düzdüler.Işlerine görä, kabul edilýän DNK-nyň 99,99% -i tükenip biler.Patogenleri we antibiotiklere durnukly genleri tapmak 6 sagadyň içinde tamamlanyp bilner.
Salgylanma
Çaralampous, T., Keý, GL, Riçardson, H., Aýdin, A. we O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomikasy bakteriýalaryň aşaky dem alyş ýokançlygyna çalt kliniki diagnoz goýmaga mümkinçilik berýär.Tebigat biotehnologiýasy, 37 (7), 1.
