-
Doly uzynlykdaky mRNA yzygiderliligi-Nanopore
RNK yzygiderliligi hemmetaraplaýyn transkriptom derňewi üçin bahasyna ýetip bolmajak gural boldy.Şübhesiz, adaty gysga okalýan yzygiderlilik bu ýerde köp sanly möhüm ösüşe eýe boldy.Muňa garamazdan, köplenç doly uzynlykdaky izoform kesgitlemelerinde, mukdarynda, PCR ikitaraplaýyn çäklendirmelerine duş gelýär.
Nanopore yzygiderliligi beýleki yzygiderlilik platformalaryndan tapawutlanýar, sebäbi nukleotidler göni DNK sintezi bolmazdan okalýar we onlarça kilobazda uzak okalýar.Bu doly okalýan ýazgylary göni okamaga we izoform derejesindäki okuwlarda ýüze çykýan kynçylyklary çözmäge mümkinçilik berýär.
Platforma：Nanopore PromethION
Kitaphana:cDNA-PCR
-
De novo Doly uzynlykdaky Transkriptom yzygiderliligi -PacBio
De nowodoly uzynlykdaky transkriptor yzygiderliligi, şeýle hem bellidirDe nowoIso-Seq, doly uzynlykdaky cDNA molekulalarynyň arakesmesiz yzygiderliligini üpjün edýän okalýan uzynlykda PacBio yzygiderliliginiň artykmaçlyklaryny alýar.Bu, transkripsiýa ýygnamak ädimlerinde ýüze çykan ýalňyşlyklardan doly gaça durýar we izoform derejesindäki ölçegli birmeňzeş toplumlary gurýar.Bu özboluşly toplumlar transkriptom derejesinde “salgylanma genomy” hökmünde güýçli genetiki maglumatlary berýär.Mundan başga-da, indiki nesil yzygiderli maglumatlar bilen utgaşyp, bu hyzmat izoform derejesindäki aňlatmanyň takyk mukdaryny güýçlendirýär.
Platforma ： PacBio Sequel IIKitaphana: SMRT jaň kitaphanasy -
Eukariotik mRNA yzygiderliligi-Illumina
mRNA yzygiderliligi, belli bir şertlerde öýjüklerden ýazylan ähli mRNA-lary profilleşdirmäge mümkinçilik berýär.Gen aňlatma profilini, gen gurluşlaryny we käbir biologiki prosesleriň molekulýar mehanizmlerini ýüze çykarmak üçin güýçli tehnologiýa.Häzirki wagta çenli mRNA yzygiderliligi düýpli gözleglerde, kliniki anyklaýyşda, neşe serişdelerini ösdürmekde we ş.m. giňden ulanylýar.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Salgylanma däl mRNA yzygiderliligi-Illumina
mRNA yzygiderliligi, käbir aýratyn funksiýalaryň işjeňleşýän belli bir döwürde habarçy RNA (mRNA) görnüşini almak üçin indiki nesil yzygiderlilik usulyny (NGS) kabul edýär.Bölünen iň uzyn transkripsiýa “Unigene” diýlip atlandyryldy we soňraky derňew üçin salgylanma yzygiderliligi hökmünde ulanyldy, bu görnüşleriň molekulýar mehanizmini we kadalaşdyryjy ulgamyny salgylanmazdan öwrenmegiň täsirli serişdesi.
Transkriptorly maglumatlary ýygnamakdan we birmeňzeş funksional düşündirişden soň
(1) SNP derňewi, SSR derňewi, CDS çaklamasy we gen gurluşy öňünden düzüler.
(2) Her nusgada birmeňzeş aňlatmanyň mukdary ýerine ýetiriler.
(3) Nusgalaryň (ýa-da toparlaryň) arasynda tapawutly beýan edilen ýerli ilat birmeňzeş aňlatma esasynda tapylar
(4) Differensial beýan edilen ýerli ilatyň toparlanmagy, funksional düşündirişleri we baýlaşdyryş derňewi geçiriler
-
Uzyn kodlaşdyrylmaýan yzygiderlilik-Illumina
Uzyn kodlaşdyrylmadyk RNK (lncRNAs), uzynlygy 200 nt-den geçýän RNK molekulalarynyň bir görnüşidir, kodlaşdyrmagyň aşa pes potensialy bilen häsiýetlendirilýär.Kodlaşdyrmaýan RNK-leriň esasy agzasy hökmünde LncRNA esasan ýadro we plazmada bolýar.Yzygiderlilik tehnologiýasy we bioinformatika ösüşi köp sanly rncRNA-lary kesgitlemäge we biologiki funksiýalar bilen baglanyşdyrmaga mümkinçilik berýär.Toplumlaýyn subutnamalar lncRNA-nyň epigenetiki kadalaşdyryşa, transkripsiýa kadalaşdyrylyşyna we transkripsiýadan soňky kadalaşdyrylyşyna giňden gatnaşýandygyny görkezýär.
-
Kiçijik RNK yzygiderliligi-Illumina
Kiçijik RNK, kodlanmaýan RNK molekulalarynyň, adatça uzynlygy 200nt-den az bolan mikro RNK (miRNA), kiçi päsgelçilikli RNK (siRNA) we piwi bilen täsirleşýän RNK (piRNA) toparyny aňladýar.
MicroRNA (miRNA), takmynan 20-24nt uzynlygyndaky endogen kiçi RNK-nyň synpy bolup, öýjüklerde dürli möhüm kadalaşdyryjy rol oýnaýar.Dokumalary - aýratyn we basgançagy açyp görkezýän we dürli görnüşlerde ýokary derejede saklanýan köp sanly durmuş prosesine gatnaşýan miRNA.
-
circRNA yzygiderliligi-Illumina
Transhli transkriptom yzygiderliligi, belli bir wagtda belli bir öýjükler tarapyndan transkripsirlenýän kodlaşdyrma (mRNA) we kodlaşdyrmaýan RNK (şol sanda lncRNA, circRNA we miRNA) ýaly RNK molekulalarynyň hemmesini görkezmek üçin döredildi.Tutuş transkriptor yzygiderliligi, “umumy RNK yzygiderliligi” diýlip hem atlandyrylýar, transkriptor derejesinde giňişleýin kadalaşdyryjy ulgamlary açmagy maksat edinýär.NGS tehnologiýasyndan peýdalanyp, ceRNA derňewi we funksional häsiýetlendirmek üçin ilkinji ädimini üpjün edýän bilelikdäki RNK derňewi üçin ähli transkriptor önümleriniň yzygiderliligi bar.CircRNA-miRNA-mRNA esasly ceRNA-nyň kadalaşdyryjy toruny açmak.
-
Tutuş transkriptor yzygiderliligi - Illumina
Transhli transkriptom yzygiderliligi, belli bir wagtda belli bir öýjükler tarapyndan transkripsirlenýän kodlaşdyrma (mRNA) we kodlaşdyrmaýan RNK (şol sanda lncRNA, circRNA we miRNA) ýaly RNK molekulalarynyň hemmesini görkezmek üçin döredildi.Tutuş transkriptor yzygiderliligi, “umumy RNK yzygiderliligi” diýlip hem atlandyrylýar, transkriptor derejesinde giňişleýin kadalaşdyryjy ulgamlary açmagy maksat edinýär.NGS tehnologiýasyndan peýdalanyp, ceRNA derňewi we funksional häsiýetlendirmek üçin ilkinji ädimini üpjün edýän bilelikdäki RNK derňewi üçin ähli transkriptor önümleriniň yzygiderliligi bar.CircRNA-miRNA-mRNA esasly ceRNA-nyň kadalaşdyryjy toruny açmak.
-
Hromatin immunopripsitasiýa yzygiderliligi (ChIP-seq)
ChIP-Seq, gistonyň üýtgemegi, transkripsiýa faktorlary we beýleki DNK bilen baglanyşykly beloklar üçin DNK nyşanlarynyň genom taýdan giňişleýin profilini üpjün edýär.Belli bir belok-DNK toplumlaryny dikeltmek üçin hromatin immun-ygalyň (ChIP) saýlanyşyny, dikeldilen DNK-nyň ýokary geçiş yzygiderliligi üçin indiki nesil yzygiderliligi (NGS) güýji bilen birleşdirýär.Mundan başga-da, belok-DNK toplumlary janly öýjüklerden dikeldilendigi sebäpli, baglanyşyk ýerlerini dürli öýjük görnüşlerinde we dokumalarynda ýa-da dürli şertlerde deňeşdirip bolýar.Goýmalar transkripsiýa düzgünleşdirmekden ösüş ýollaryna, kesel mehanizmlerine we başga ýerlere çenli.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Metagenomiki yzygiderlilik (NGS)
Metagenome, ekologiki metagenoma, adam metagenomy we ş.m. ýaly garyşyk organizmleriň umumy genetiki materiallarynyň ýygyndysyna degişlidir. Onda ekilip bilinýän we ösdürip ýetişdirilmedik mikroorganizmleriň genomlary bar.Metagenomiki yzygiderlilik, daşky gurşawyň nusgalaryndan alnan garyşyk genom materiallaryny seljermek üçin ulanylýan molekulýar gural bolup, görnüşleriň dürlüligi we bolçulygy, ilatyň gurluşy, filogenetik gatnaşygy, funksional genleri we daşky gurşaw faktorlary bilen arabaglanyşyk ulgamy barada jikme-jik maglumat berýär.
Platforma ：Illumina NovaSeq6000
