Kiçijik RNK yzygiderliligi-Illumina
Hyzmat artykmaçlyklary
Ø5-iň soňundaky birinji bazada, belli bir RNK almak üçin U-da güýçli isleg bar
ØmiRNA maksatly gen çaklamasy
ØMaglumatlar mRNA bilen bilelikde derňew geçirmek üçin ulanylýar
ØmiRNA diferensial aňlatma
ØmiRNA maksatly gen çaklamasy
ØBMKCloud esasly netijäni bermek: Platformada elýeterli maglumatlary gazyp almak.
ØSatuwdan soň hyzmatlar taslama gutarandan soň 3 aý dowam eder
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
Nukleotidler:
| Arassalyk | Bütewilik | Hapalanmak | Mukdary |
| OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ； | Ösümlikler üçin: RIN≥6.5;Haýwanlar üçin: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;çäkli ýa-da esasy belentlik ýok | Gelde görkezilen belok ýa-da DNK bilen çäklendirilen ýa-da ýok. | Kons.≥300 ng / μl;Tom ≥ 10 μl;Jemi ≥ 3 μg |
Dokumasy: Agramy (gury): ≥1 gr
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.
Öýjügiň togtadylmagy: Öýjükleriň sany = 3 × 107
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 10-dan kiçi hasaplansa5, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär.
Ganyň nusgalary:
PA × genBloodRNATube;
6mLTRIzol we 2mL gan (TRIzol: Gan = 3: 1)
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner:
2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Iberiş:
1.Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
2.RNA durnukly turbalar: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
RNK çykarmak
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
Bioinformatika
 |
1.miRNA tanamak
MiRDeep2 tarapyndan çak edilýän täze miRNA-laryň dalaşgäri, gurluşyny we yzygiderliligini görkezýän pdf şekiline eýe.
miRNA deslapky gurluşy we yzygiderlilik çuňlugy
2.KEGG DE-miRNA nyşanly genleri baýlaşdyrmak
Biomarker bu sessiýada ilki bilen DE-miRNA maksatly genler bilen ýollaryň aşa köp görkezilýändigini ýa-da ýokdugyny barlady.Wayoluň baýlaşdyryş derejesini we ähmiýetini kesgitlemekde baýlaşdyryş faktorlary we balykçy synagy ulanyldy.Baýlaşdyrma hasaplamasynyň deňlemesi aşakda görkezilýär.
DE-miRNA maksatly genlerde KEGG ýoluny baýlaşdyrmak
3. DE-miRNA nyşana alnan genler boýunça baýlaşdyryş derňewi
“clusterProfiler” DE-miRNA maksatly genler boýunça GO baýlaşdyryş derňewinde ulanyldy.Sözleriň iýerarhiki gurluşyny görkezmek üçin baýlaşdyrylan adalgalaryň gönükdirilen asik grafigi döredildi.Suratda, oklaryň ugry adalgalaryň arasyndaky goşulyşma gatnaşyklaryny aňladýar, ýagny düwünler ýokarky düwünlerinden has mahsusdyr.DE-miRNA niýetlenen genleriň gönükdirilen asil grafigi aşakdaky suratda görkezildi.
TopGO DE-miRNA niýetlenen genleriň asik grafigini ugrukdyrdy
BMK meselesi
Etiň hili bilen baglanyşykly MiRNA we genleriň toplumlaýyn seljermesi, Gga-MiR-140-5p towuklarda öýjükli ýagyň saklanmagyna täsir edýändigini görkezýär
Çap edilen:Öýjükli fiziologiýa we biohimiýa ，2018
Esasy netijeler
Giçki towuklar ýetginjek towuklara garanyňda miRNA-laryň global derejedäki pes derejesini görkezýär.
Etiň hiline täsir edip biljek mirNA-mrna kadalaşdyryjy ulgam guruldy
gga-miR-140-5p, RXRG-ni kadalaşdyrmak arkaly adipositleriň tapawudyny öňe sürýär.
 gga-miR-140-5p, RXRG-iň 3'UTR-ny nyşana alyp, towugyň öýjükli preadiposit tapawudyny öňe sürýär. |
Salgylanma
Zhang M, Li DH, Li F we ş.m.Etiň hili bilen baglanyşykly MiRNA we genleriň toplumlaýyn seljermesi, Gga-MiR-140-5p towuklaryň öýjükli ýag çökgünligine täsir edýändigini görkezýär [J].Öýjükli fiziologiýa we biohimiýa, 2018: 2421-2433.DOI ： 10.1159 / 000489649
