10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Teknikal na Iskema
Mga Tampok
● Resolusyon: 100 µM
● Diametro ng Lugar: 55 µM
● Bilang ng mga puwesto: 4992
● Lugar ng pagkuha: 6.5 x 6.5 mm
● Ang bawat barcoded spot ay puno ng mga primer na binubuo ng 4 na seksyon:
- poly(dT) tail para sa mRNA priming at cDNA synthesis
- Natatanging Molecular Identifier (UMI) upang itama ang bias sa amplipikasyon
- Barcode na pang-espasyo
- Pagkakasunod-sunod ng pagbubuklod ng bahagyang nabasang 1 na panimulang pang-sequencing
● Pagkukulay ng H&E ng mga seksyon
Mga Kalamangan
●Serbisyong One-stop: isinasama ang lahat ng hakbang na nakabatay sa karanasan at kasanayan, kabilang ang cryo-sectioning, staining, tissue optimization, spatial barcoding, paghahanda ng library, sequencing at bioinformatics.
● Mataas na kasanayang Teknikal na Koponan: may karanasan sa mahigit 250 uri ng tisyu at mahigit 100 uri kabilang ang tao, daga, mamalya, isda at halaman.
●Real-time na Update sa Buong Proyekto: nang may ganap na kontrol sa pag-unlad ng eksperimento.
●Komprehensibong Pamantayang Bioinformatika:Kasama sa pakete ang 29 na pagsusuri at mahigit 100 na de-kalidad na mga numero.
●Pasadyang Pagsusuri at Pagpapakita ng Datos: magagamit para sa iba't ibang kahilingan sa pananaliksik.
●Opsyonal na Pagsusuri ng Pinagsamang Gamit ang Single-cell mRNA Sequencing
Mga detalye
| Mga Kinakailangan sa Halimbawa | Aklatan | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang datos | Kontrol ng Kalidad |
| Mga sample ng cryo na naka-embed sa OCT (Pinakamainam na diyametro: humigit-kumulang 6x6x6 mm³) 2 bloke bawat sample | 10X Visium cDNA library | Illumina PE150 | 50K PE reads kada spot (60Gb) | RIN > 7 |
Para sa karagdagang detalye tungkol sa gabay sa paghahanda ng sample at daloy ng trabaho sa serbisyo, huwag mag-atubiling makipag-usap sa isangEksperto sa BMKGENE
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Sa yugto ng paghahanda ng sample, isinasagawa ang isang paunang pagsubok sa pagkuha ng bulk RNA upang matiyak na makakakuha ng mataas na kalidad na RNA. Sa yugto ng pag-optimize ng tissue, ang mga seksyon ay kinulayan at isinasalarawan at ang mga kondisyon ng permeabilization para sa paglabas ng mRNA mula sa tissue ay ino-optimize. Ang na-optimize na protocol ay inilalapat pagkatapos sa pagbuo ng library, na susundan ng sequencing at pagsusuri ng datos.
Ang kumpletong daloy ng trabaho ng serbisyo ay kinabibilangan ng mga real-time na pag-update at mga kumpirmasyon ng kliyente upang mapanatili ang isang responsive feedback loop, na tinitiyak ang maayos na pagpapatupad ng proyekto.
Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:
Kontrol sa Kalidad ng Datos:
o Paglabas ng datos at distribusyon ng marka ng kalidad
o Pagtuklas ng gene sa bawat lugar
o Saklaw ng tisyu
Pagsusuri ng Panloob na Sample:
o Kayamanan ng gene
o Spot clustering, kabilang ang pinababang pagsusuri ng dimensyon
o Pagsusuri ng magkakaibang ekspresyon sa pagitan ng mga kumpol: pagtukoy sa mga gene ng marker
o Functional anotation at pagpapayaman ng mga marker gene
Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo
o Muling pagsasama-sama ng mga batik mula sa parehong mga sample (hal. may sakit at kontrol) at muling pagkumpol
o Pagtukoy sa mga marker gene para sa bawat kumpol
o Functional anotation at pagpapayaman ng mga marker gene
o Pagkakaiba-ibang Ekspresyon ng iisang kumpol sa pagitan ng mga grupo
Pagsusuri ng Panloob na Sample
Pagkumpol ng mga spot
Pagkilala sa mga gene ng marker at distribusyon sa espasyo
Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo
Kombinasyon ng datos mula sa parehong grupo at muling kumpol
Mga marker gene ng mga bagong kumpol
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng serbisyo ng spatial transcriptomics ng BMKGene sa pamamagitan ng 10X Visium Sa mga itinatampok na publikasyong ito:
Chen, D. et al. (2023) 'Ang mthl1, isang potensyal na homologue ng Drosophila ng mga mammalian adhesion GPCR, ay kasangkot sa mga reaksyong antitumor sa mga iniksiyong oncogenic cell sa mga langaw',Mga Pamamaraan ng Pambansang Akademya ng mga Agham ng Estados Unidos ng Amerika, 120(30), p. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'Pinapayagan ng STEEL ang mataas na resolusyon na paglalarawan ng spatiotemporal transcriptomic data',Mga Maikling Pagpupulong sa Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'Isang spatiotemporal atlas ng organogenesis sa pag-unlad ng mga bulaklak ng orkidyas',Pananaliksik sa mga Nucleic Acids, 50(17), pp. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Ang Pagsasama ng Spatial Transcriptomics at Single-nucleus RNA Sequencing ay Nagpapakita ng mga Potensyal na Istratehiya sa Therapeutic para sa Uterine Leiomyoma',Pandaigdigang Dyornal ng mga Agham Biyolohikal, 19(8), pp. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
