Mga produkto

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Ang 16S/18S/ITS amplicon sequencing ay naglalayong ipakita ang kasaganaan ng phylogeny, taxonomy, at species sa isang microbial na komunidad sa pamamagitan ng pagsisiyasat sa mga PCR na produkto ng mga housekeeping genetic marker na naglalaman ng mga bahaging lubos na pinag-uusapan at hypervariable.Ang pagpapakilala ng perpektong molekular na fingerprint na ito ni Woeses et al,(1977) ay nagbibigay ng kapangyarihan sa isolation-free microbiome profiling.Ang pagkakasunud-sunod ng 16S (bacteria), 18S (fungi) at Internal na na-transcribe na spacer (ITS, fungi) ay nagbibigay-daan sa pagkilala sa parehong masaganang species pati na rin ang mga bihirang at hindi natukoy na mga species.Ang teknolohiyang ito ay naging malawakang ginagamit at pangunahing tool sa pagtukoy ng differential microbial composition sa iba't ibang kapaligiran, tulad ng bibig ng tao, bituka, dumi, atbp.

Platform:Plataporma ng Illumina NovaSeq

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Walang isolation at mabilis na pagkakakilanlan ng komposisyon ng microbial sa mga sample ng kapaligiran

● Mataas na resolution sa mababang-sagana na mga bahagi sa mga sample ng kapaligiran

● Pinakabagong daloy ng pagsusuri ng QIIME2 na may magkakaibang pagsusuri sa mga tuntunin ng database, anotasyon, OTU/ASV.

● High-throughput, mas mataas na katumpakan

● Naaangkop sa magkakaibang pag-aaral sa komunidad ng microbial

● Ang BMK ay nagmamay-ari ng malawak na karanasan sa mahigit 100,000 sample/taon，na sumasaklaw sa lupa, tubig, gas, putik, dumi, bituka, balat, fermentation broth, insekto, halaman, atbp.

● Pinadali ng BMKCloud ang interpretasyon ng data na naglalaman ng 45 personalized na tool sa pagsusuri

Mga Detalye ng Serbisyo

Pagsusunod-sunodPlatform	Aklatan	Inirerekomendang ani ng data	Tinatayang oras ng turn-around
Plataporma ng Illumina NovaSeq	PE250	50K/100K/300K Mga Tag	30 Araw

Pagsusuri ng bioinformatics

● Kontrol sa kalidad ng raw data

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● OTU annotation

● Alpha pagkakaiba-iba

● Beta pagkakaiba-iba

● Pagsusuri sa pagitan ng pangkat

● Pagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong salik

● Function gene prediction

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Para saMga extract ng DNA:

Uri ng Sample	Halaga	Konsentrasyon	Kadalisayan
Mga extract ng DNA	＞ 30 ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample ng kapaligiran:

Uri ng sample	Inirerekomendang pamamaraan ng sampling
Lupa	Sampling amount: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga dumi	Dami ng sampling: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga nilalaman ng bituka	Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;I-centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes.
Putik	Dami ng sampling: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katawan ng tubig	Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Mangolekta ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube.
Balat	Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube.

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Paghahatid ng sample

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Bacterial at Fungal Whole Genome Re-Sequencing

Susunod: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

1.Pamamahagi ng mga species

2. Heat map: Pagkumpol ng kayamanan ng mga species

3.Rare faction curve

4.Pagsusuri ng NMDS

5. Lefse analysis

Kaso ng BMK

Ang mga Obese na Indibidwal na mayroon at walang Type 2 Diabetes ay nagpapakita ng iba't ibang gut microbial functional capacity at komposisyon

Nai-publish:Cell Host at Microbe, 2019

Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

Lean non-diabetes (n=633);Napakataba na hindi diabetes (n=494);Obese-Type 2 diabetes (n=153);
Target na rehiyon: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (NGS-based amplicon sequencing)
Ang subset ng mga DNA extract ay sumailalim sa metagenomic sequencing sa Illumina Hiseq

Mga pangunahing resulta

Ang mga microbial profiling ng mga metabolic na sakit na ito ay matagumpay na naiba.
Sa pamamagitan ng paghahambing ng mga tampok na microbial na nabuo sa pamamagitan ng 16S sequencing, ang labis na katabaan ay natagpuan na nauugnay sa mga pagbabago sa komposisyon ng microbial, mga indibidwal na tampok, lalo na ang makabuluhang pagbaba sa Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, atbp. Bilang karagdagan, natagpuan ang T2D na nauugnay sa pagtaas ng Escherichia/shigella .

Sanggunian

Thingholm, LB , et al."Ang mga Obese na Indibidwal na mayroon at walang Type 2 Diabetes ay Nagpapakita ng Iba't Ibang Gut Microbial Functional Capacity at Komposisyon."Cell Host at Microbe26.2(2019).