Mag-log in sa BMKCloud

Mga Produkto

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Ang pag-sequence ng amplicon gamit ang teknolohiyang Illumina, na partikular na naka-target sa 16S, 18S, at ITS genetic markers, ay isang makapangyarihang pamamaraan para sa paglutas ng phylogeny, taxonomy, at kasaganaan ng species sa loob ng mga microbial community. Ang pamamaraang ito ay kinabibilangan ng pag-sequence ng mga hypervariable na rehiyon ng mga housekeeping genetic marker. Orihinal na ipinakilala bilang isang molecular fingerprint niWoeses at iba paNoong 1977, binago ng pamamaraang ito ang microbiome profiling sa pamamagitan ng pagpapagana ng mga pagsusuring walang isolation. Sa pamamagitan ng sequencing ng 16S (bacteria), 18S (fungi), at Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), matutukoy ng mga mananaliksik hindi lamang ang masaganang species kundi pati na rin ang mga bihira at hindi nakikilalang species. Malawakang ginagamit bilang isang mahalagang kasangkapan, ang amplicon sequencing ay naging instrumento sa pagkilala sa magkakaibang komposisyon ng microbial sa magkakaibang kapaligiran, kabilang ang bibig ng tao, bituka, dumi, at higit pa.

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatika

Mga Resulta ng Demo

Mga itinatampok na publikasyon

Mga Tampok ng Serbisyo

● Plataporma ng sequencing: Illumina NovaSeq.

● Pag-amplipikasyon ng maiikling rehiyon ng 16S, 18S at ITS, bukod sa iba pang mga target ng pag-amplipikasyon.

● Mga nababaluktot na pagpipilian ng amplicon.

● Dating karanasan sa proyekto na may maraming target na amplipikasyon.

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Walang paghihiwalay:Mabilis na pagtukoy sa komposisyon ng mikrobyo sa mga sample ng kapaligiran.

●Mataas na Resolusyon: Sa mga bahaging mababa ang sagana sa mga sample sa kapaligiran.

●Malawakang NaaangkopIba't ibang pag-aaral sa komunidad ng mikrobyo.

●Komprehensibong Pagsusuri ng BioinformatikoAng pinakabagong pakete ng QIIME2 (quantitative insight into microbial ecology) na may magkakaibang pagsusuri sa mga tuntunin ng database, anotasyon, OTU/ASV.

●Malawak na KadalubhasaanSa 150 libong proyekto ng amplicon sequencing na isinasagawa taun-taon, ang BMKGENE ay may mahigit isang dekadang karanasan, isang lubos na bihasang pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng benta.

Mga Espesipikasyon ng Serbisyo

Aklatan	Istratehiya sa Pagsunod-sunod	Inirerekomendang datos
Amplicon	Illumina PE250	50/100/300K na mga tag (Mga Pares na Nabasa)

Mga Kinakailangan sa Serbisyo

Konsentrasyon (ng/µL)	Kabuuang halaga (ng)	Dami (µL)
≥1	≥200	≥20

● Lupa/putik: 1-2g
● Bituka ng hayop: 0.5-2g
● Mga laman ng bituka-insekto: 0.1-0.25g
● Ibabaw ng halaman (pinayaman na latak): 0.1-0.5g
● Latak na pinayaman ng sabaw ng pagbuburo): 0.1-0.5g
● Tae (malalaking hayop): 0.5-2g
● Tae (daga): 3-5 butil
● Pulmonary alveolar lavage fluid: filter paper
● Pamunas sa ari: 5-6 na pamunas
● Pamuna sa balat/ari/laway/malambot na tisyu sa bibig/pamuna sa pharynx/pamuna sa rectal: 2-3 pamunas
● Mga mikroorganismo sa ibabaw: papel na pansala
● Tubig/hangin/biofilm: papel na pansala
● Mga Endophyte: 1-2g
● Plaka ng Ngipin: 0.5-1g

Daloy ng Trabaho sa Serbisyo

Paghahatid ng halimbawa

Pagtatayo ng aklatan

Pagsunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Mga serbisyo pagkatapos ng benta

Nakaraan: Muling Pagsunod-sunod ng Buong Genome ng Bacterial at Fungal

Susunod: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:

Kontrol sa kalidad ng hilaw na datos
Pagkumpol ng OTU / Pag-alis ng ingay (ASV)
Anotasyon ng OTU
Pagsusuri ng alpha diversity: maraming indeks, kabilang ang Shannon, Simpson at ACE.
Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng beta
Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo
Pagsusuri ng ugnayan: sa pagitan ng mga salik sa kapaligiran at komposisyon at pagkakaiba-iba ng OUT
Hula ng 16S functional gene

Histogram ng distribusyon ng taxonomy

mapa ng init ng kumpol ng kasaganaan ng taksonomiko

Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng Alpha: kurba ng rarefaction

pagsusuri ng beta diversity: NMDS

Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo: Pagtuklas ng biomarker ng LEFSE

Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng amplicon sequencing ng BMKGene kasama ang Illumina sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.

Dong, C. et al. (2022) 'Pagsasama-sama, Pangunahing Mikrobiota, at Tungkulin ng Mikrobiota ng Lupa at Balat ng Rhizosphere sa Eucommia ulmoides', Mga Prontera sa Mikrobiyolohiya, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.

Li, Y. et al. (2023) 'Pagtatanim ng sintetikong bacterial consortia para sa paggamot ng Gardnerella vaginalis-induced bacterial vaginosis sa mga daga', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y

Yang, J., Fu, Y. at Liu, H. (2022) 'Mga mikrobiome ng alikabok sa hangin na nakolekta sa panahon ng eksperimentong "Lunar Palace 365" na nakabase sa lupa, na nagsasara ng mga bioregenerative life support', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.

Yin, S. et al. (2022) 'Ang kasaganaan ng mga functional gene na nakadepende sa feedstock na may kaugnayan sa pagbabago ng nitroheno ay kinokontrol ang pagkawala ng nitroheno sa pag-compost', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.