Pagsusuri para sa Transposase-Accessible Chromatin na may High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Mga Tampok ng Serbisyo
● Ang serbisyo ay nangangailangan ng mga sample ng tisyu, sa halip na mga kinuhang nucleic acid, upang mapanatili ang interaksyon ng DNA-protein.
● Kasama sa pamamaraan ng ATAC ang paghihiwalay ng tisyu, na sinusundan ng paghihiwalay ng nuclei, paggamot at paglilinis ng Tn5, pagpapalakas ng PCR, pagpili ng laki at pag-uuri.
● Pagsunod-sunod sa Illumina NovaSeq
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Mataas na Sensitibidad:Ang mababang dami ng panimulang selula ay sapat na para sa paghahanda at pag-uuri ng aklatan.
●Teknik na Lubos na Nagbibigay-kaalaman: sabay na nagpapakita ng mga lokasyon ng genomic ng open chromatin at mga aktibong regulatory element tulad ng mga transcription factor binding sites.
●Magandang Eksperimental na Reproducibility: ang mga teknikal na replika ay nagpapakita ng mahusay na kakayahang maulit.
●Malawak na KadalubhasaanDahil sa daan-daang proyekto ng ATAC sequencing na matagumpay na nakumpleto, ang BMKGENE ay may mahigit isang dekadang karanasan, isang lubos na bihasang pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng benta.
●Posibilidad na Sumali sa Pagsusuri ng Transcriptomics: na nagpapahintulot para sa pinagsamang pagsusuri ng ATAC seq kasama ang iba pang datos ng omics tulad ng RNA-seq.
● Komprehensibong Pagsusuri ng Bioinformatiko: nagbibigay-daan hindi lamang sa pagtukoy ng mga bukas na rehiyon ng chromatin at ng kanilang kaukulang tungkulin (mga promoter, UT, exon, intron) kundi pati na rin sa pagsusuri ng mga pagkakaiba sa pagitan ng mga bukas na rehiyon ng chromatin sa mga sample.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Aklatan | Istratehiya sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang output ng datos | Kontrol ng kalidad |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20M na pagbasa Depende sa laki ng genome (Tao: 50 M na pagbasa) | Q30≥85% |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
Uri ng mga sample: Mga tisyu, buhay o nagyelong mga selula, dugo
● Numero ng selula: ≥ 106mga selula
● Bigat ng tisyu: ≥ 200mg sariwang tisyu
● Dugo: ≥ 4 mL
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng DNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kabilang ang Sumusunod na Pagsusuri:
● Pagkontrol sa kalidad ng hilaw na datos;
● Peak calling batay sa pagmamapa sa reference genome;
● Anotasyon ng gene sa lokasyon ng rurok;
● Pagsusuri ng Motibo: pagtukoy sa mga site ng pagbubuklod ng transcription factor (TFBS);
● Pagsusuri at anotasyon ng Differential Peak.
1. Heatmap sa distribusyon ng mga pagbasa ng ATAC sa TSS at mga katabing rehiyon (±3 kb)
2. Distribusyon ng bukas na rehiyon ng chromatin sa iba't ibang bahagi ng genome
3. Pagkakaiba-iba ng peak calling sa pagitan ng mga grupo
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng ATAC sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Fu, A.at iba pa.(2023) 'Ang pagsasama-sama ng genome ng ampalaya (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) mula telomere hanggang telomere ay nagpapakita ng pag-unlad, komposisyon, at mga katangiang henetiko ng prutas',Pananaliksik sa Hortikultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.at iba pa.(2023) 'Epigenetic at transcriptional activation ng secretory kinase FAM20C bilang isang oncogene sa glioma',Journal ng Genetika at Henomika, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Siya, Y.at iba pa.(2023) 'Binabaligtad ng butyrate ang resistensya sa ferroptosis sa colorectal cancer sa pamamagitan ng pag-udyok sa c-Fos-dependent xCT suppression',Biyolohiyang Redox, 65, p. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
