De novo Bacterial Genome Assembly
Nagbibigay kami ng kumpletong serbisyo sa pag-assemble ng bacterial genome, na ginagarantiyahan ang 0 puwang. Posible ito sa pamamagitan ng pagsasama ng mga long-read sequencing technologies, tulad ng Nanopore at PacBio para sa pag-assemble at short-read sequencing kasama ang Illumina para sa assembly validation at error correction ng ONT reads. Ang aming serbisyo ay nagbibigay ng kumpletong bioinformatic workflow mula sa pag-assemble, functional annotation, at advanced bioinformatic analysis, na tumutupad sa mga partikular na layunin sa pananaliksik. Ang serbisyong ito ay nagbibigay-daan sa pagbuo ng mga tumpak na reference genomes para sa iba't ibang genetic at genomic studies. Bukod pa rito, ito ang bumubuo ng batayan para sa mga aplikasyon tulad ng strain optimization, genetic engineering, at microbial technology development, na tinitiyak ang maaasahan at walang puwang na genomic data na mahalaga para sa pagsusulong ng mga siyentipikong pananaw at biotechnological innovation.
Mga Tampok ng Serbisyo
● May dalawang posibleng pagpipilian depende sa ninanais na antas ng pagkakumpleto ng genome.
● Opsyon sa Draft ng Genome: Maikling pagbasa ng sequencing gamit ang Illumina NovaSeq PE150.
● Kumpletong genome na may 0 gap.
● Mahabang pagbasa ng sequencing sa Nanopore PromethION 48 o PacBio Revio para sa genome assembly.
● Maikling pagbasa ng sequencing sa Illumina NovaSeq para sa pagpapatunay ng genome at pagwawasto ng error (Nanopore) o upang makabuo ng draft na genome.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Garantisadong Zero-Gap GenomeIto ay dahil sa pagsasama ng Illumina sequencing sa long read sequencing (Nanopore o PacBio).
●Kumpletong Daloy ng Trabaho sa Bioinformatics:Kabilang dito ang pag-assemble at prediksyon ng genome ng maraming elemento ng genomic, functional gene annotation, at mga genome visualization tulad ng Circos plot.
●Malawak na KadalubhasaanDahil sa mahigit 20,000 microbial genomes na natipon, ang BMKGENE ay may mahigit isang dekadang karanasan, isang lubos na bihasang pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng benta.
●Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
●Maraming Magagamit na Istratehiya sa Pagsunod-sunod:Para sa iba't ibang layunin ng pananaliksik at mga kinakailangan para sa pagkakumpleto ng genome.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Serbisyo | Istratehiya sa Pagsunod-sunod |
| Draft Genome | Illumina PE150 100x |
| 0 Genome ng Gap | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opsyonal) |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa:
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang dami (µg) | Dami (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bakterya: ≥3.5x1010 mga selula
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kabilang ang Sumusunod na Pagsusuri:
● Pagkontrol sa Kalidad ng Data ng Pagkakasunod-sunod
● Pagsasama-sama ng Genome
● Pagsusuri ng Bahagi ng Genome: Paghula ng CDS at maraming elemento ng genomic
● Anotasyon ng paggana na may maraming pangkalahatang database (GO, KEGG, atbp.) at mga advanced na database (CARD, CAZy, atbp.)
● Pagpapakita ng Genome
Ibinibigay namin ang genome sa madaling ma-access na format na fasta at ang genome annotation file (gff).
Anotasyon ng gene – GO
Anotasyon ng gene – CAZY carbohydrates
Pagpapakita ng genome – balangkas ng Circos
Galugarin ang mga pagsulong na dulot ng mga serbisyo ng bacterial genome assembly ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Dai, W. et al. (2023) 'Pagtuklas sa Bacteroides uniformis F18-22 bilang isang Ligtas at Bagong Probiotic Bacterium para sa Paggamot ng Ulcerative Colitis mula sa Malusog na Colon ng Tao',Pandaigdigang Dyornal ng mga Agham Molekular, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Mga isolate ng Proteus mirabilis na lumalaban sa maraming gamot na may dalang blaOXA-1 at blaNDM-1 mula sa mga hayop sa Tsina: nagpapataas ng panganib sa kalusugan ng publiko',Integratibong Zoolohiya, 16(6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Ang kumpletong genome sequence ng endophyte na Bacillus flexus KLBMP 4941 ay nagpapakita ng mekanismo ng pagtataguyod ng paglago ng halaman at genetic na batayan para sa tolerance ng asin',Journal ng Bioteknolohiya, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Ang mga Plasmid ng Klebsiella na May Resistance sa Maramihang Replika ay Namamagitan sa Malawakang Pagpapakalat ng mga Antimicrobial Gene',Mga Hangganan sa Mikrobiyolohiya, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
