Pagsusuri ng Bulked Segregant
Mga Kalamangan sa Serbisyo
Takagi et al., Ang dyornal ng halaman, 2013
● Tumpak na lokalisasyon: Paghahalo ng mga bulk na may 30+30 hanggang 200+200 indibidwal upang mabawasan ang ingay sa paligid; hula sa kandidatong rehiyon batay sa mga di-kasingkahulugang mutant.
● Komprehensibong pagsusuri: Malalimang anotasyon ng kandidatong tungkulin ng gene, kabilang ang NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, atbp.
● Mas Mabilis na Oras ng Pagproseso: Mabilis na Pag-localize ng Gene sa loob ng 45 araw ng trabaho.
● Malawak na karanasan: Ang BMK ay nakapag-ambag sa libu-libong lokalisasyon ng mga katangian, na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng hayop tulad ng mga pananim, produktong pantubig, kagubatan, bulaklak, prutas, atbp.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
Populasyon:
Paghihiwalay ng mga supling ng mga magulang na may magkasalungat na phenotype.
hal. F2 supling, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line (RIL)
Paghahalo ng pool
Para sa mga katangiang kwalitatibo: 30 hanggang 50 indibidwal (minimum na 20)/bulto
Para sa quantitative tratis: nangungunang 5% hanggang 10% ng mga indibidwal na may alinman sa matinding phenotypes sa buong populasyon (minimum na 30+30).
Inirerekomendang lalim ng pagkakasunod-sunod
Hindi bababa sa 20X/magulang at 1X/indibidwal na supling (hal. para sa pinaghalong supling na pool na 30+30 indibidwal, ang lalim ng sequencing ay magiging 30X bawat bulk)
Mga pagsusuri sa Bioinformatika
● Pag-resequencing ng buong genome
● Pagproseso ng datos
● Pagtawag gamit ang SNP/Indel
● Pagsusuri sa rehiyon ng kandidato
● Anotasyon ng tungkulin ng kandidatong gene
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
Mga Kinakailangan sa Halimbawa:
Mga Nukleotida:
| sample ng gDNA | Sampol ng tisyu |
| Konsentrasyon: ≥30 ng/μl | Mga halaman: 1-2 g |
| Dami: ≥2 μg (Dami ≥15 μl) | Mga Hayop: 0.5-1 g |
| Kadalisayan: OD260/280= 1.6-2.5 | Buong dugo: 1.5 ml |
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng RNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
1. Ang pagsusuri ng asosasyon ay batay sa Euclidean Distance (ED) upang matukoy ang kandidatong rehiyon. Sa sumusunod na pigura
X-axis: Bilang ng kromosoma; Ang bawat tuldok ay kumakatawan sa halaga ng ED ng isang SNP. Ang itim na linya ay tumutugma sa akmang halaga ng ED. Ang mas mataas na halaga ng ED ay nagpapahiwatig ng mas makabuluhang kaugnayan sa pagitan ng site at ng phenotype. Ang pulang gitling na linya ay kumakatawan sa hangganan ng makabuluhang kaugnayan.
2. Pagsusuri ng asosasyon batay sa walang SNP-index
X-axis: Bilang ng kromosoma; Ang bawat tuldok ay kumakatawan sa halaga ng SNP-index. Ang itim na linya ay kumakatawan sa fitted SNP-index value. Mas malaki ang halaga, mas makabuluhan ang kaugnayan.
Kaso ng BMK
Ang major-effect quantitative trait locus na Fnl7.1 ay nagko-code ng isang late embryogenesis na masaganang protina na nauugnay sa haba ng leeg ng prutas sa pipino.
Nailathala: Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman, 2020
Istratehiya sa pagkakasunod-sunod:
Mga Magulang (Jin5-508, YN): Pag-resequencing ng buong genome para sa 34× at 20×.
Mga DNA pool (50 Mahaba ang leeg at 50 Maikli ang leeg): Resequencing para sa 61× at 52×
Mga pangunahing resulta
Sa pag-aaral na ito, ang naghihiwalay na populasyon (F2 at F2:3) ay nabuo sa pamamagitan ng pagtawid sa linya ng pipino na may mahabang leeg na Jin5-508 at sa maikling leeg na YN. Dalawang DNA pool ang binuo ng 50 matinding indibidwal na may mahabang leeg at 50 matinding indibidwal na may maikling leeg. Ang major-effect QTL ay natukoy sa Chr07 sa pamamagitan ng pagsusuri ng BSA at tradisyonal na pagmamapa ng QTL. Ang rehiyon ng kandidato ay lalong pinaliit sa pamamagitan ng fine-mapping, pagkuwantipikasyon ng ekspresyon ng gene at mga eksperimentong transgenic, na nagpakita ng pangunahing gene sa pagkontrol ng haba ng leeg, ang CsFnl7.1. Bilang karagdagan, ang polymorphism sa rehiyon ng promoter ng CsFnl7.1 ay natagpuang nauugnay sa kaukulang ekspresyon. Ang karagdagang pagsusuri ng phylogenetic ay nagmungkahi na ang locus ng Fnl7.1 ay malamang na nagmula sa India.
 QTL-mapping sa pagsusuri ng BSA upang matukoy ang rehiyon ng kandidato na nauugnay sa haba ng leeg ng pipino |  Natukoy sa Chr07 ang mga profile ng LOD ng pipino na hanggang leeg ang haba |
Xu, X., et al. “Ang major-effect quantitative trait locus na Fnl7.1 ay nagko-code ng isang masaganang protina sa huling bahagi ng embryogenesis na nauugnay sa haba ng leeg ng prutas sa pipino.” Plant Biotechnology Journal 18.7(2020).
