Bulked Segregant analysis
Mga Kalamangan sa Serbisyo
Takagi et al., Ang journal ng halaman, 2013
● Tumpak na lokalisasyon: Paghahalo ng mga bulk na may 30+30 hanggang 200+200 indibidwal upang mabawasan ang ingay sa background;hula sa rehiyon ng kandidatong hindi magkasingkahulugan na batay sa mutatants.
● Komprehensibong pagsusuri: Malalim na anotasyon ng function ng gene ng kandidato, kabilang ang NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, atbp.
● Mas mabilis na oras ng turnaround: Mabilis na lokalisasyon ng gene sa loob ng 45 araw ng trabaho.
● Malawak na karanasan: Nag-ambag ang BMK sa libu-libong katangian ng localization, na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng hayop tulad ng mga pananim, mga produktong pantubig, kagubatan, bulaklak, prutas, atbp.
Mga Detalye ng Serbisyo
Populasyon:
Paghihiwalay ng progeny ng mga magulang na may magkasalungat na phenotypes.
hal. F2 progeny, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line(RIL)
Pinaghalong pool
Para sa mga katangiang husay: 30 hanggang 50 indibidwal(minimum 20)/bulk
Para sa quantitative tratis: nangungunang 5% hanggang 10% na indibidwal na may alinman sa matinding phenotypes sa buong populasyon (minimum 30+30).
Inirerekomenda ang lalim ng pagkakasunud-sunod
Hindi bababa sa 20X/magulang at 1X/anak na indibidwal (hal para sa mga supling na naghahalo ng pool na 30+30 indibidwal, ang lalim ng pagkakasunud-sunod ay magiging 30X bawat bulk)
Pagsusuri ng bioinformatics
● Buong genome resequencing
● Pagproseso ng data
● SNP/Indel na pagtawag
● Pagsusuri sa rehiyon ng kandidato
● Anotasyon ng function ng gene ng kandidato
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
Mga Sample na Kinakailangan:
Nucleotides:
| sample ng gDNA | sample ng tissue |
| Konsentrasyon: ≥30 ng/μl | Mga halaman: 1-2 g |
| Dami: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Mga Hayop: 0.5-1 g |
| Kadalisayan: OD260/280= 1.6-2.5 | Buong dugo: 1.5 ml |
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Pagkuha ng RNA
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri sa datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
1.Base ng pagsusuri ng asosasyon sa Euclidean Distance (ED) upang matukoy ang rehiyon ng kandidato.Sa sumusunod na pigura
X-axis: Chromosome number;Ang bawat tuldok ay kumakatawan sa isang ED na halaga ng isang SNP.Ang Itim na linya ay tumutugma sa angkop na halaga ng ED.Ang isang mas mataas na halaga ng ED ay nagpapahiwatig ng isang mas makabuluhang kaugnayan sa pagitan ng site at ang phenotype.Ang pulang dash line ay kumakatawan sa threshold ng makabuluhang pagkakaugnay.
2.Pagsusuri ng asosasyon batay sa walang SNP-index
X-axis: Chromosome number;Ang bawat tuldok ay kumakatawan sa halaga ng SNP-index.Ang itim na linya ay nangangahulugang angkop na halaga ng SNP-index.Kung mas malaki ang halaga, mas makabuluhan ang pagkakaugnay.
Kaso ng BMK
Ang major-effect quantitative trait locus Fnl7.1 ay nag-encode ng late embryogenesis na masaganang protina na nauugnay sa haba ng leeg ng prutas sa pipino
Nai-publish: Plant Biotechnology Journal, 2020
Diskarte sa pagkakasunud-sunod:
Mga Magulang (Jin5-508, YN): Buong genome resequencing para sa 34× at 20×.
Mga DNA pool (50 Mahaba ang leeg at 50 maikli ang leeg): Resequencing para sa 61× at 52×
Mga pangunahing resulta
Sa pag-aaral na ito, ang paghihiwalay ng populasyon (F2 at F2:3) ay nabuo sa pamamagitan ng pagtawid sa long-neck cucumber line na Jin5-508 at short-neck na YN.Dalawang DNA pool ang itinayo ng 50 extreme long-neck na indibidwal at 50 extreme short-neck na indibidwal.Ang pangunahing epekto ng QTL ay nakilala sa Chr07 sa pamamagitan ng pagsusuri ng BSA at tradisyonal na pagmamapa ng QTL.Ang rehiyon ng kandidato ay higit na pinaliit sa pamamagitan ng fine-mapping, gene expression quantification at transgenic na mga eksperimento, na nagsiwalat ng pangunahing gene sa pagkontrol sa haba ng leeg, CsFnl7.1.Bilang karagdagan, ang polymorphism sa rehiyon ng promoter ng CsFnl7.1 ay natagpuan na nauugnay sa kaukulang expression.Ang karagdagang pagsusuri ng phylogenetic ay nagmungkahi na ang Fnl7.1 locus ay malamang na nagmula sa India.
 QTL-mapping sa pagsusuri ng BSA upang matukoy ang rehiyon ng kandidato na nauugnay sa haba ng leeg ng pipino |  LOD profile ng cucumber neck-length QTL na natukoy sa Chr07 |
Xu, X. , et al."Ang major-effect quantitative trait locus Fnl7.1 ay nag-encode ng late embryogenesis na masaganang protina na nauugnay sa haba ng leeg ng prutas sa pipino."Plant Biotechnology Journal 18.7(2020).
