Mag-log in sa BMKCloud

Mga Produkto

Pagsunod-sunod ng CircRNA-Illumina

Pagsunod-sunod ng CircRNA-Itinatampok na Larawan ng Illumina

Ang Circular RNA sequencing (circRNA-seq) ay nagpo-profile at nagsusuri ng mga circular RNA, isang klase ng mga molekula ng RNA na bumubuo ng mga closed loop dahil sa mga non-canonical splicing event, na nagbibigay sa RNA na ito ng mas mataas na estabilidad. Bagama't naipakita na ang ilang circRNA ay kumikilos bilang mga microRNA sponge, na nagse-sequest ng mga microRNA at pumipigil sa mga ito sa pag-regulate ng kanilang mga target na mRNA, ang ibang mga circRNA ay maaaring makipag-ugnayan sa mga protina, nagmo-modulate ng gene expression, o may mga papel sa mga proseso ng cellular. Ang pagsusuri ng circRNA expression ay nagbibigay ng mga pananaw sa mga regulatory role ng mga molekulang ito at ang kanilang kahalagahan sa iba't ibang proseso ng cellular, mga yugto ng pag-unlad, at mga kondisyon ng sakit, na nag-aambag sa mas malalim na pag-unawa sa pagiging kumplikado ng regulasyon ng RNA sa konteksto ng gene expression.

Plataporma: Illumina Novaseq X

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatika

Mga Resulta ng Demo

Mga Itinatampok na Publikasyon

Mga Tampok

● Pagkaubos ng rRNA na sinusundan ng directional library preparation, na nagbibigay-daan sa strand-specific sequencing data.

● Ang daloy ng trabaho ng bioinformatic ay nagbibigay-daan sa paghula ng circRNA at pagkuwantipika ng ekspresyon.

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Malawak na KadalubhasaanNakapagproseso na kami ng mahigit 20,000 na sample, na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng sample, kaya dala namin ang kayamanan ng kadalubhasaan sa bawat proyekto.

●Mahigpit na Kontrol sa KalidadNagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample hanggang sa paghahanda ng library, sequencing, at bioinformatics. Tinitiyak ng aming masusing pagsubaybay ang paghahatid ng pare-parehong mataas na kalidad na mga resulta.

●Mas Komprehensibong mga Aklatan ng RNA:Gumagamit kami ng rRNA depletion sa halip na linear RNA depletion sa aming pre-library preparation, tinitiyak na ang sequencing data ay hindi lamang kinabibilangan ng circRNA kundi pati na rin ng mRNA at lncRNA, na nagbibigay-daan sa magkasanib na pagsusuri ng mga dataset na ito.

●Opsyonal na Pagsusuri ng mga Competitive Endogenous RNA (ceRNA) NetworksNagbibigay ng mas malalim na pananaw sa mga mekanismo ng regulasyon ng selula.

● Suporta Pagkatapos ng PagbebentaNauunawaan namin kung gaano kahalaga ang pagiging presente, kaya naman ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.

Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid

Aklatan	Plataporma	Inirerekomendang datos	QC ng Datos
Naubos na directional library ng rRNA	Illumina PE150	16-20 GB	Q30≥85%

Mga Kinakailangan sa Halimbawa:

Mga Nukleotida:

Konklusyon (ng/μl)

Dami (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 80

≥ 0.8

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel.

RIN≥6.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

● Mga Halaman:

Ugat, Tangkay o Talulot: 450 mg

Dahon o Buto: 300 mg

Prutas: 1.2 g

● Hayop:

Puso o Bituka: 450 mg

Laman-loob o Utak: 240 mg

Kalamnan: 600 mg

Buto, Buhok o Balat: 1.5g

● Mga Arthropod:

Mga Insekto: 9g

Mga krustaseo: 450 mg

● Buong dugo:2 tubo

● Mga Selula: 10⁶mga selula

● Serum at Plasma6 mL

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)

Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Padala:

1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga supot at ibaon sa dry-ice.

2. Mga tubo na RNAstable: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo na pang-stabilize ng RNA (hal., RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.

Daloy ng Trabaho sa Serbisyo

Disenyo ng eksperimento

Paghahatid ng halimbawa

Pagkuha ng RNA

Pagtatayo ng aklatan

Pagsunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Mga serbisyo pagkatapos ng benta

Nakaraan: Pagsunod-sunod ng Buong Transcriptome – Illumina

Susunod: Pagsunod-sunod ng Maliit na RNA-Illumina

Bioinformatika

QC ng Datos
Pag-align ng genome
Pagkilala sa CircRNA
Ekspresyon ng CircRNA
Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng ekspresyon

Prediksyon ng circRNA: distribusyon ng kromosoma

Mga circRNA na may Iba't Ibang Pagpapahayag – Plot ng Bulkan

Mga circRNA na Naipahayag nang Magkaiba – hierarchical clustering

Pagpapayaman ng tungkulin ng mga host gene ng circRNA

Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng circRNA sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.

Wang, X. et al. (2021) 'Kinokontrol ng CPSF4 ang pagbuo ng circRNA at microRNA mediated gene silencing sa hepatocellular carcinoma',Oncogene2021 40:25, 40(25), pp. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.

Xia, K. et al. (2023) 'Ipinapakita ng X oo-responsive transcriptome ang papel ng pabilog na RNA133 sa resistensya sa sakit sa pamamagitan ng pag-regulate ng ekspresyon ng OsARAB sa bigas',Pananaliksik sa Fitopatologiya, 5(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/MGA FIGURES/6.

Y, H. et al. (2023) 'Binabago ng CPSF3 ang balanse ng pabilog at linear na mga transcript sa hepatocellular carcinoma'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.

Zhang, Y. et al. (2023) 'Komprehensibong pagsusuri ng mga circRNA sa cirrhotic cardiomyopathy bago at pagkatapos ng transplantasyon sa atay',Internasyonal na Immunopharmacology, 114, p. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.