Paghahambing na Henomika
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malawak na Kadalubhasaan at mga talaan ng publikasyonDahil sa naipon na datos, nakumpleto ng BMKGene ang mahigit 90 proyekto ng comparative genomics, na may cumulative impact factor na umabot sa 900.
●Komprehensibong pagsusuri ng bioinformaticsAng pakete ng mga pagsusuri ay naglalaman ng walong pinakakaraniwang kinakailangang pagsusuri, na nagbibigay ng mahusay na dinisenyong mga datos na handa nang ilathala at nagbibigay-daan para sa madaling interpretasyon ng mga resulta.
●Mataas na kasanayang pangkat ng bioinformatics at maikling siklo ng pagsusuriTaglay ang malawak na karanasan sa comparative genomics analysis, natutugunan ng pangkat ng BMKGene ang magkakaibang personalized na pangangailangan sa pagsusuri sa maikling panahon.
●Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Tinatayang oras ng pag-ikot | Bilang ng mga uri | Mga Pagsusuri |
| 30 araw ng trabaho | 6 - 12 | Pagkumpol ng pamilya ng gene Pagpapalawak at pagliit ng pamilya ng gene Konstruksyon ng punong pilohenetiko Pagtatantya ng oras ng dibersyon (Kinakailangan ang kalibrasyon ng fossil) Oras ng pagpasok ng LTR (Para sa mga halaman) Pagdoble ng buong genome (Para sa mga halaman) Pumipiling presyon Pagsusuri ng sintenya |
Mga pagsusuri sa Bioinformatika
● Pamilya ng gene
● Pilogenetika
● Oras ng paglihis
● Pumipiling presyon
● Pagsusuri ng sintenya
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
Mga Kinakailangan sa Halimbawa:
Tisyu o DNA para sa genome sequencing at assembly
Para sa Tisyu
| Mga uri | Tissue | Survey | PacBio CCS |
| Hayop | Tissue sa loob | 0.5 ~ 1 gramo | ≥ 3.5 gramo |
| Tissue ng kalamnan | |||
| ≥ 5.0 gramo | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| Dugo ng mammal | |||
| ≥ 0.5 mL | |||
| Dugo ng Manok/Isda | |||
| Halaman | Sariwang Dahon | 1 ~ 2 gramo | ≥ 5.0 gramo |
| Talulot/Tangkay | 1 ~ 2 gramo | ≥ 10.0 gramo | |
| Ugat/Buto | 1 ~ 2 gramo | ≥ 20.0 gramo | |
| Mga selula | Kulturadong selula | - | ≥ 1 x 108 |
Datos
Mga file ng genome sequence (.fasta) at mga file ng anotasyon (.gff3) ng malapit na kaugnay na uri ng hayop
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
*Ang mga resulta ng demo na ipinapakita rito ay pawang mula sa mga genome na inilathala ng Biomarker Technologies.
1. Pagtatantya ng oras ng pagpasok ng LTR: Ang pigura ay nagpakita ng kakaibang bimodal distribution sa mga oras ng pagpasok ng LTR-RT sa genome ng Weining rye, kumpara sa ibang mga species. Ang pinakahuling tugatog ay lumitaw mga 0.5 milyong taon na ang nakalilipas.
Li Guang at iba pa,Genetika ng Kalikasan, 2021
2. Pagsusuri ng pilohenyo at pamilya ng gene sa chayote (Sechium edule): Sa pamamagitan ng pagsusuri sa chayote at sa iba pang 13 kaugnay na species sa pamilya ng gene, ang Chayote ay natagpuang pinakamalapit na kamag-anak ng snake gourd (Trichosanthes anguina). Ang chayote na nagmula sa snake gourd noong mga 27-45 Mya at ang whole genome duplication (WGD) ay naobserbahan sa chayote noong mga 25±4 Mya, na siyang ikatlong WGD event sa cucuibitaceae.
Fu A at iba pa,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021
3. Pagsusuri ng sintesis: Ang ilang mga gene na may kaugnayan sa mga phytohormone sa pag-unlad ng prutas ay natagpuan sa sayote, labuyo, at kalabasa. Ang ugnayan sa pagitan ng sayote at kalabasa ay bahagyang mas mataas kaysa sa pagitan ng sayote at labuyo.
Fu A at iba pa,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021
4. Pagsusuri ng pamilya ng gene: Ang pagpapayaman ng KEGG sa paglawak at pagliit ng pamilya ng gene sa mga genome ng G.thurberi at G.davidsonii ay nagpakita na ang mga gene na may kaugnayan sa steroid biosynthesis at brassinosteroid biosynthesis ay lumawak.
Yang Z at iba pa,BMC Biology, 2021
5. Pagsusuri ng buong duplikasyon ng genome: Ang pagsusuri ng distribusyon ng 4DTV at Ks ay nagpakita ng kaganapan ng buong duplikasyon ng genome. Ang mga tugatog ng intraspecies ay nagpakita ng mga kaganapan ng duplikasyon. Ang mga tugatog ng interspecies ay nagpakita ng mga kaganapan ng ispesipikasyon. Ipinahiwatig ng pagsusuri na kung ikukumpara sa iba pang tatlong iba pang malapit na magkakaugnay na species, ang O. europaea ay dumaan sa isang malawakang duplikasyon ng gene kamakailan lamang.
Rao G at iba pa,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021
Kaso ng BMK
Rosas na walang tinik: mga pananaw sa genomic na nauugnay sa pag-aangkop sa kahalumigmigan
Nailathala: Pambansang Pagsusuri sa Agham, 2021
Istratehiya sa pagkakasunod-sunod:
'Basye'sWalang tinik'(R.Wichurainan) genome:
Tinatayang 93 X PacBio + tinatayang 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Mga pangunahing resulta
1. Ang mataas na kalidad na genome ng R.wichuraiana ay binuo gamit ang mga pamamaraan ng long-read sequencing, na nagbunga ng assembly na 530.07 Mb (Tinatayang laki ng genome ay humigit-kumulang 525.9 Mb sa pamamagitan ng flow cytometry at 525.5 sa pamamagitan ng genome survey; Ang Heterozygosity ay nasa humigit-kumulang 1.03%). Ang tinantyang iskor ng BUSCO ay 93.9%. Kung ikukumpara sa "Old blush" (haploOB), ang kalidad at pagkakumpleto ng genome na ito ay nakumpirma ng base single-base accuracy at LTR assembly index (LAI=20.03). Ang genome ng R.wichuraiana ay naglalaman ng 32,674 na protein coding genes.
2. Ang pinagsamang pagsusuri ng multi-omics, na binubuo ng comparative genomics, transcriptomics, at QTL analysis ng genetic population, ay nagsiwalat ng mahalagang speciation sa pagitan ng R. wichuraiana at Rosa chinensis. Gayundin, ang pagkakaiba-iba ng ekspresyon ng mga kaugnay na gene sa QTL ay malamang na nauugnay sa stem prickle patterning.
Ang paghahambing na pagsusuri ng genomics sa pagitan ng Basye's Thornless at Rosa chinensis kabilang ang pagsusuri ng synteny, kumpol ng pamilya ng gene, pagsusuri ng pagpapalawak at pagliit, ay nagpakita ng maraming baryasyon, na may kaugnayan sa mahahalagang katangian sa mga rosas. Ang natatanging pagpapalawak sa pamilya ng gene na NAC at FAR1/FRS ay malamang na nauugnay sa resistensya sa black spot.
Paghahambing na pagsusuri ng genomics sa pagitan ng mga genome ng BT at haploOB.
Zhong, M., et al. “Rosas na walang tinik: mga pananaw sa genomic na nauugnay sa adaptasyon sa kahalumigmigan”Pambansang Pagsusuri sa Agham, 2021;, nwab092.
