BMKCloud Log in
条形banner-03

Mga produkto

Comparative Genomics

Ang paghahambing na genomics ay literal na nangangahulugang paghahambing ng kumpletong pagkakasunud-sunod ng genome at istruktura ng iba't ibang species.Ang disiplina na ito ay naglalayong ipakita ang ebolusyon ng mga species, pag-andar ng gene, mekanismo ng regulasyon ng gene sa antas ng genome sa pamamagitan ng pagtukoy sa mga istruktura ng pagkakasunud-sunod at mga elemento na nag-iingat o nag-iba sa iba't ibang species.Kasama sa karaniwang pag-aaral ng comparative genomics ang mga pagsusuri sa gene family, evolutionary development, whole genome duplication, selective pressure, atbp.


Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

1Comparative-genomics

● Comprehensive analysis package, na naglalaman ng walong pinakakaraniwang kinakailangang pagsusuri

● Mataas na pagiging maaasahan sa pagsusuri na may detalyado at madaling maunawaan na interpretasyon sa mga resulta

● Mahusay na idinisenyong handa-sa-i-publish na mga numero

● Ang koponan ng bioinformatics na may mataas na kasanayan ay tumutupad sa iba't ibang mga personalized na kahilingan sa pagsusuri

● Mas maikling turn-around time na may mas mataas na katumpakan sa pagsusuri

● Masaganang karanasan sa mahigit 90 matagumpay na kaso na may accumulative published impact factor na mahigit 900

Mga Detalye ng Serbisyo

Tinatayang oras ng turn-around

Bilang ng mga species

Nagsusuri

30 araw ng trabaho

6 - 12

Kumpol ng pamilya ng Gene

Pagpapalawak at pagliit ng pamilya ng Gene

Konstruksyon ng phylogenetic tree

Pagtatantya ng oras ng divergence (kinakailangan ang pag-calibrate ng fossil)

Oras ng pagpapasok ng LTR (Para sa mga halaman)

Buong genome duplication (Para sa mga halaman)

Pinili na presyon

Pagsusuri ng synteny

Pagsusuri ng bioinformatics

● Pamilya ng Gene

● Phylogenetics

● Oras ng divergence

● Selective pressure

● Pagsusuri ng synteny

流程图Comparative Genomics

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Tissue o DNA para sa genome sequencing at assembly

Para sa Tissue

Mga species

Tissue

Survey

PacBio CCS

Hayop

Visceral tissue

0.5 ~ 1g

≥ 3.5g

tissue ng kalamnan

≥ 5.0g

≥ 5.0mL

Dugo ng mammalian

≥ 0.5mL

Dugo ng manok/isda

Halaman

Sariwang Dahon

1 ~ 2g

≥ 5.0g

 

Petal/Stem

1 ~ 2g

≥ 10.0g

 

Ugat/Buhi

1 ~ 2g

≥ 20.0g

Mga cell

Kultura na cell

-

≥ 1 x 108

Data

Genome sequence files(.fasta) at annotation file (.gff3) ng malapit na nauugnay na species

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Sample QC

Eksperimento na disenyo

paghahatid ng sample

Paghahatid ng sample

Paghahanda sa Aklatan

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Pagsusuri sa datos

Mga Serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • *Ang mga resulta ng demo na ipinakita dito ay mula sa mga genome na na-publish gamit ang Biomarker Technologies

    1.LTR insert time estimation: Nagpakita ang figure ng kakaibang bimodal distribution sa mga LTR-RT na oras ng pagpapasok sa Weining rye genome, kumpara sa ibang species.Ang pinakahuling peak ay lumitaw sa paligid ng 0.5 milyong taon na ang nakalilipas.

    3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

    Li Guang et al.,Genetika ng Kalikasan, 2021

     

     

    2. Phylogeny at gene family analysis on chayote (Sechium edule): Sa pamamagitan ng pagsusuri sa chayote at sa iba pang 13 kaugnay na species sa gene family, ang Chayote ay napag-alamang may malapit na kaugnayan sa snake gourd (Trichosanthes anguina).Chayote na nagmula sa snake gourd sa paligid ng 27-45 Mya at buong genome duplication(WGD) ay na-obserbahan sa chayote sa 25±4 Mya, na siyang pangatlong kaganapan sa WGD sa cucuibitaceae.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021

     

     

    3. Synteny analysis: Ang ilang mga gene na nauugnay sa phytohormones sa pagbuo ng prutas ay natagpuan sa chayote, snake gourd at squash.Ang ugnayan sa pagitan ng chayote at squash ay bahagyang mas mataas kaysa sa pagitan ng chayote at snake gourd.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021

     

     

    4.Pagsusuri ng pamilya ng gene: Ang pagpapayaman ng KEGG sa pagpapalawak at pag-urong ng pamilya ng gene sa mga genome ng G.thurberi at G.davidsonii ay nagpakita na ang mga gene na nauugnay sa biosynthesis ng steroid at brassinosteroid biosynthesis ay pinalawak.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Yang Z et al.,BMC Biology, 2021

     

     

    5. Buong genome duplication analysis: 4DTV at Ks distribution analysis ay nagpakita ng buong genome duplication na kaganapan.Ang mga taluktok ng mga intraspecies ay nagpakita ng mga kaganapan sa pagdoble.Mga taluktok ng mga interspecies na ipinakita ng mga kaganapan sa speciation.Ipinahiwatig ng pagsusuri na ang paghahambing sa iba pang tatlong malapit na nauugnay na species, ang O. europaea ay dumaan sa isang malaking sukat na pagdoble ng gene kamakailan.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Rao G et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021

    Kaso ng BMK

    Rosas na walang prickle: genomic insight na nauugnay sa moisture adaptation

    Nai-publish: Pagsusuri sa Pambansang Agham, 2021

    Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

    'Yung kay BasyeWalang tinik' (R.Wichurainan) genome:
    Tinatayang93 X PacBio + tinatayang.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Mga pangunahing resulta

    1. Ang mataas na kalidad na R.wichuraiana genome ay ginawa gamit ang matagal nang nabasa na mga diskarte sa pagkakasunud-sunod, na nagbubunga ng isang pagpupulong na 530.07 Mb (Ang tinantyang laki ng genome ay humigit-kumulang 525.9 Mb sa pamamagitan ng flow cytometry at 525.5 sa pamamagitan ng genome survey; Heterozygosity ay nasa paligid ng 1.03%).Ang tinantyang marka ng BUSCO ay 93.9%.Kung ikukumpara sa "Old blush" (haploOB), ang kalidad at pagkakumpleto ng genome na ito ay nakumpirma ng base single-base accuracy at LTR assembly index (LAI=20.03).Ang genome ng R.wichuraiana ay naglalaman ng 32,674 na mga gen ng coding ng protina.

    2.Multi-omics joint analysis, na binubuo ng comparative genomics, transcriptomics, QTL analysis ng genetic population, ay nagsiwalat ng mahalagang speciation sa pagitan ng R. wichuraiana at Rosa chinensis.Gayundin, ang pagkakaiba-iba ng expression ng mga kaugnay na gen sa QTL ay malamang na maiugnay sa patterning ng stem prickle.

    7KEGG-enrichment-on-gene-family-expansion-and-contraction

    Ang paghahambing na anasis ng genomics sa pagitan ng Basye;s Thornless at Rosa chinensis kabilang ang pagsusuri ng synteny, kumpol ng pamilya ng gene, pagsusuri sa pagpapalawak at pag-ikli, ay nagsiwalat ng malaking bilang ng mga variation, na nauugnay sa mahahalagang katangian ng mga rosas.Ang natatanging pagpapalawak sa NAC at FAR1/FRS gene family ay malamang na maiugnay sa paglaban sa black spot.

    81Comparative-genomics-analyses-sa pagitan-BT-at-OB 82Comparative-genomics-analyses-sa pagitan-BT-at-OB 83Comparative-genomics-analyses-sa pagitan-BT-at-OB

    Comparative genomics analysis sa pagitan ng BT at haploOB genome.

    Sanggunian

    Zhong, M. , et al."Rose na walang prickle: genomic insight na nauugnay sa moisture adaptation"Pagsusuri sa Pambansang Agham, 2021;, nwab092.

    kumuha ka ng kota

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: