Mag-log in sa BMKCloud

Mga Produkto

Buong-haba na pagkakasunud-sunod ng mRNA -PacBio

Buong haba ng mRNA sequencing - PacBio Tampok na Larawan

Bagama't ang NGS-based mRNA sequencing ay isang maraming gamit na kasangkapan para sa pagbibilang ng gene expression, ang pagdepende nito sa maiikling pagbasa ay naglilimita sa paggamit nito sa mga kumplikadong transcriptomic analyses. Sa kabilang banda, ang PacBio sequencing (Iso-Seq) ay gumagamit ng long-read technology, na nagbibigay-daan sa sequencing ng full-length mRNA transcripts. Pinapadali ng pamamaraang ito ang isang komprehensibong paggalugad ng alternatibong splicing, gene fusions, at poly-adenylation. Gayunpaman, may iba pang mga pagpipilian para sa gene expression quantification dahil sa mataas na dami ng datos na kinakailangan. Ang teknolohiya ng PacBio sequencing ay umaasa sa single-molecule, real-time (SMRT) sequencing, na nagbibigay ng natatanging bentahe sa pagkuha ng full-length mRNA transcripts. Ang makabagong pamamaraang ito ay kinabibilangan ng paggamit ng zero-mode waveguides (ZMWs) at microfabricated wells na nagbibigay-daan sa real-time na obserbasyon ng aktibidad ng DNA polymerase habang nagse-sequencing. Sa loob ng mga ZMW na ito, ang DNA polymerase ng PacBio ay nag-synthesize ng isang komplementaryong strand ng DNA, na bumubuo ng mahahabang pagbasa na sumasaklaw sa kabuuan ng mga mRNA transcript. Ang operasyon ng PacBio sa Circular Consensus sequencing (CCS) mode ay nagpapahusay sa katumpakan sa pamamagitan ng paulit-ulit na pagse-sequencing ng parehong molekula. Ang nabuong mga pagbasa ng HiFi ay may katumpakan na maihahambing sa NGS, na higit na nakakatulong sa isang komprehensibo at maaasahang pagsusuri ng mga kumplikadong tampok na transcriptomic.

Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatika

Mga Resulta ng Demo

Mga Itinatampok na Publikasyon

Mga Tampok

● sintesis ng cDNA mula sa poly-A mRNA na sinusundan ng paghahanda ng library

● Pagsusunod-sunod sa CCS mode, na bumubuo ng mga pagbasa ng HiFi

● Pagsunod-sunod ng mga buong transcript

● Hindi nangangailangan ang pagsusuri ng isang reference genome; gayunpaman, maaari itong gamitin

● Ang pagsusuring bioinformatic ay nagbibigay-daan sa pagsusuri ng mga transcript isoform lncRNA, mga gene fusion, poly-adenylation, at istruktura ng gene

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Mataas na Katumpakan: Ang HiFi ay nagbabasa nang may katumpakan na >99.9% (Q30), maihahambing sa NGS

● Pagsusuri ng Alternatibong Paghihiwalay: ang pagkakasunod-sunod ng buong transkrip ay nagbibigay-daan sa pagtukoy at paglalarawan ng isoform

●Malawak na KadalubhasaanTaglay ang rekord ng pagkumpleto ng mahigit 1100 na full-length transcriptome projects ng PacBio at pagproseso ng mahigit 2300 samples, ang aming koponan ay nagdadala ng mayamang karanasan sa bawat proyekto.

●Suporta Pagkatapos ng PagbebentaAng aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.

Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid

Aklatan

Istratehiya sa pagkakasunud-sunod

Inirerekomendang datos

Kontrol ng Kalidad

Aklatan ng CCS ng mRNA na pinayaman ng PolyA

Karugtong II ng PacBio

PacBio Revio

20/40 GB

5/10 M CCS

Q30≥85%

Mga Kinakailangan sa Halimbawa:

Mga Nukleotida:

● Mga Halaman:

Ugat, Tangkay o Talulot: 450 mg

Dahon o Buto: 300 mg

Prutas: 1.2 g

● Hayop:

Puso o Bituka: 300 mg

Laman-loob o Utak: 240 mg

Kalamnan: 450 mg

Buto, Buhok o Balat: 1g

● Mga Arthropod:

Mga Insekto: 6g

Mga krustaseo: 300 mg

● Buong dugo1 tubo

● Mga Selula: 10⁶mga selula

Konklusyon (ng/μl)

Dami (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel.

Para sa mga halaman: RIN≥7.5;

Para sa mga hayop: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)

Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Padala:

1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga supot at ibaon sa dry-ice.

2. Mga tubo na RNAstable: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo na nagpapatatag ng RNA (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.

Daloy ng Trabaho sa Serbisyo

Disenyo ng eksperimento

Paghahatid ng halimbawa

Pagkuha ng RNA

Pagtatayo ng aklatan

Pagsunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Mga serbisyo pagkatapos ng benta

Nakaraan: Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS

Susunod: Pagsunod-sunod ng Buong-Haba ng mRNA-Nanopore

Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:

● Kontrol sa kalidad ng hilaw na datos

● Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)

● Pagsusuri ng transkripsyon ng pagsasanib

● Pagsusuri ng Alternatibong Paghihiwalay

● Pagsusuri ng Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)

● Pagsusuri ng nobelang transcript: prediksyon ng mga coding sequence (CDS) at functional annotation

● Pagsusuri ng lncRNA: prediksyon ng lncRNA at mga target

● Pagkilala sa MicroSatelite (SSR)

Pagsusuri ng BUSCO

Pagsusuri ng Alternatibong Paghahati

Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)

Functional anotation ng mga transcript ng nobela

Tuklasin ang mga pagsulong na dulot ng mga serbisyo ng Nanopore full-length mRNA sequencing ng BMKGene sa itinatampok na publikasyong ito.

Ma, Y. et al. (2023) 'Paghahambing na pagsusuri ng mga pamamaraan ng PacBio at ONT RNA sequencing para sa pagtukoy ng kamandag ng Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Ang dinamika ng pag-unlad ng Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Mga Dinamikong Pagbabago sa Nilalaman ng Ascorbic Acid sa Panahon ng Pag-unlad at Pagkahinog ng Prutas ng Actinidia latifolia (isang Pananim na Prutas na Mayaman sa Ascorbate) at ang Kaugnay na mga Mekanismo ng Molekular', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Mabisang prediksyon ng mga gene ng biosynthetic pathway na kasangkot sa bioactive polyphyllins sa Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Pinagsamang Pagsusuri ng PacBio Iso-Seq at Illumina RNA-Seq ng Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome at Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Isang survey ng transcriptome complexity gamit ang PacBio single-molecule real-time analysis na sinamahan ng Illumina RNA sequencing para sa mas mahusay na pag-unawa sa ricinoleic acid biosynthesis sa Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.