Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Mga Tampok
● Opsyonal na paghahanda ng directional mRNA library upang paganahin ang pagkuha ng strand-specific sequencing data
● Sinasaklaw ng iba't ibang BI analysis ang lahat ng pangangailangan ng aming mga kliyente
Mga Kalamangan
●Malawak na KadalubhasaanMahigit 600,000 na sample ang aming naproseso, na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng sample tulad ng mga cell culture, tissue, at body fluid. Dala namin ang kayamanan ng kadalubhasaan sa bawat proyekto.
●Mahigpit na Kontrol sa KalidadNagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample hanggang sa paghahanda ng library, sequencing, at bioinformatics. Tinitiyak ng aming masusing pagsubaybay ang paghahatid ng pare-parehong mataas na kalidad na mga resulta.
●Komprehensibong AnotasyonGumagamit kami ng maraming database upang ma-annotate nang maayos ang mga Differentially Expressed Genes (DEG) at magsagawa ng kaukulang mga pagsusuri sa pagpapayaman. Ang komprehensibong pamamaraang ito ay nagbibigay ng mga pananaw sa mga prosesong cellular at molekular na pinagbabatayan ng tugon ng transcriptome, na tinitiyak na makukuha mo ang lahat ng posibleng impormasyon tungkol sa datos ng iyong eksperimento.
●Suporta Pagkatapos ng PagbebentaNauunawaan namin kung gaano kahalaga ang pagiging presente, kaya naman ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
| Aklatan | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang datos | Kontrol ng Kalidad |
| Pinayaman ng Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa:
Mga Nukleotida:
Mga Pinakamababang Kinakailangan sa Sample:
| Konklusyon (ng/μl) | Dami (μg) | Kadalisayan | Integridad | |
| Karaniwang Aklatan | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥4.0; Para sa mga hayop: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
| Aklatan ng Direksyon | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥4.0; Para sa mga hayop: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
| Mga halaman | Hayop | Mga Arthropod | Buong dugo | Mga selula |
| Ugat, Tangkay o Talulot: 450 mg Dahon o Buto: 300 mg Prutas: 1.2 g | Puso o Bituka: 300 mg Laman-loob o Utak: 240 mg Kalamnan: 450 mg Buto, Buhok o Balat: 1g | Mga Insekto: 6g Mga krustaseo: 300 mg | 1 tubo | 106 na selula |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Padala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga supot at ibaon sa dry-ice.
2. Mga tubo ng talahanayan ng RNA: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo ng pagpapatatag ng RNA (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng RNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Bioinformatika
Para sa mga sample na may available na reference genome, ang BI analysis ay ang mga sumusunod:
ØKontrol sa kalidad ng hilaw na datos
ØPag-align ng genome ng sanggunian
ØPagsusuri ng istruktura ng transkrip
ØPagkalkula ng ekspresyon
ØPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng ekspresyon
ØAnotasyon at pagpapayaman ng tungkulin
Para sa mga sample na walang reference genome, ito ang opsyong magagamit:
• Kontrol sa kalidad ng hilaw na datos
•Pag-assemble na may pag-optimize ng istraktura
•Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng ekspresyon
•Anotasyon at pagpapayaman ng tungkulin
Pag-align ng Sanggunian sa Genome
Saturasyon ng Datos
Korelasyon ng sample at pagtatasa ng mga biyolohikal na replika
Mga Gene na May Differential Expression (DEG)
Anotasyon ng Paggana ng mga DEG
Pagpapayaman ng mga DEG sa Pagganap
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng eukaryotic NGS mRNA sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Huang, L. et al. (2023) 'Pinapahina ng Triclosan at triclocarban ang kapasidad ng pang-amoy ng goldfish sa pamamagitan ng pagpigil sa pagkilala ng amoy, paggambala sa transduction ng signal ng pang-amoy, at paggambala sa pagproseso ng impormasyon ng pang-amoy',Pananaliksik sa Tubig, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Hina-hijack ng Aspergillus fumigatus ang p11 ng tao upang ilipat ang mga phagosome na naglalaman ng fungi sa hindi nabubulok na landas',Cell Host at Mikrobyo, 31(3), pp. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'Mga Salik ng Transkripsyon ng TCP na Kasangkot sa Pag-unlad ng Sibol ng Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Mga Hangganan sa Agham ng Halaman, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Ang genome ng Chrysanthemum lavandulifolium at ang mekanismong molekular na pinagbabatayan ng magkakaibang uri ng capitulum',Pananaliksik sa Hortikultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Isang cascade nanoreactor para sa pagpapahusay ng sonodynamic therapy sa colorectal cancer sa pamamagitan ng synergistic ROS augment at autophagy blockage',Nano Ngayon, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
