Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
Mga kalamangan
ØHighly Experienced: Mahigit 200,000 sample ang naproseso sa BMK na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng sample, kabilang ang cell culture, tissue, body fluid, atbp. at higit sa 7,000 mRNA-Seq projects na nagsara na sumasaklaw sa iba't ibang lugar ng pananaliksik.
ØMahigpit na sistema ng kontrol sa kalidad: Ang mga pangunahing punto ng kontrol sa kalidad sa lahat ng mga hakbang kabilang ang paghahanda ng sample, paghahanda sa library, pagkakasunud-sunod at bioinformatics ay nasa ilalim ng malapit na pagsubaybay upang makapaghatid ng mga resultang may mataas na kalidad.
ØMaramihang database na available para sa function annotation at enrichment studies para matupad ang magkakaibang layunin sa pananaliksik.
ØMga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta: Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta na may bisa sa loob ng 3 buwan pagkatapos makumpleto ang proyekto, kabilang ang pagsubaybay sa mga proyekto, pag-troubleshoot, mga resulta ng Q&A, atbp.
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
| Aklatan | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomenda ang data | Kontrol sa Kalidad |
| Poly A enriched | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Mga Sample na Kinakailangan:
Nucleotides:
| Kadalisayan | Integridad | Halaga |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Limitado o walang kontaminasyong protina o DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥6.5;Para sa mga hayop: RIN≥7;28S/18S≥1.0;limitado o walang baseline elevation | Conc.≥30 ng/μl;Volumn ≥ 10 μl;Kabuuan ≥ 1.5 μg |
Tissue: Timbang(tuyo):≥1 g
*Para sa tissue na mas maliit sa 5 mg, inirerekomenda naming magpadala ng flash frozen(sa liquid nitrogen) sample ng tissue.
Suspensyon ng cell:Bilang ng cell = 3×106- 1×107
*Inirerekomenda naming ipadala ang frozen cell lysate.Kung ang cell ay binibilang na mas maliit sa 5×105, ang flash frozen sa liquid nitrogen ay inirerekomenda, na mas mainam para sa micro extraction.
Sampol ng dugo:Dami≥1 ml
Microorganism:Mass ≥ 1 g
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Pagpapadala:
- Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
- Mga RNAstable na tubo: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Pagkuha ng RNA
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri sa datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Bioinformatics
Eukaryotic mRNA sequencing analysis workflow
Bioinformatics
ØKontrol sa kalidad ng raw data
ØReference genome alignment
ØPagsusuri ng istruktura ng transcript
ØAng dami ng ekspresyon
ØPagsusuri ng differential expression
ØFunction annotation at enrichment
1.curve ng Saturation ng Data ng mRNA
2.Differential expression analysis-Volcano plot
3.KEGG annotation sa mga DEG
4.Pag-uuri ng GO sa mga DEG
