Ebolusyonaryong Henetika
Mga Kalamangan sa Serbisyo
Takagi at iba pa,Ang talaarawan ng halaman, 2013
●Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatiko:nagbibigay-daan sa pagtatantya ng genetic diversity, na sumasalamin sa potensyal ng ebolusyon ng mga species, at nagpapakita ng maaasahang phylogenetic na relasyon sa pagitan ng mga species na may pinababang impluwensya ng convergent evolution at parallel evolution
●Opsyonal na pasadyang pagsusuri: tulad ng pagtatantya ng oras at bilis ng diberhensiya batay sa mga pagkakaiba-iba sa antas ng nucleotide at amino acid.
●Malawak na Kadalubhasaan at mga talaan ng publikasyonAng BMKGene ay nakapag-ipon ng malawak na karanasan sa mga proyektong henetika ng populasyon at ebolusyonaryo sa loob ng mahigit 15 taon, na sumasaklaw sa libu-libong uri ng hayop, atbp. at nakapag-ambag sa mahigit 1000 proyektong may mataas na antas na inilathala sa Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, atbp.
● Mataas na kasanayang pangkat ng bioinformatics at maikling siklo ng pagsusuriTaglay ang malawak na karanasan sa advanced genomics analysis, ang pangkat ng BMKGene ay naghahatid ng komprehensibong pagsusuri na may mabilis na turnaround time.
● Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Detalye at Kinakailangan sa Serbisyo
| Uri ng pagkakasunod-sunod | Inirerekomendang sukat ng populasyon | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Mga kinakailangan sa nukleotida |
| Pagsunod-sunod ng Buong Genome | ≥ 30 indibidwal, na may ≥ 10 indibidwal mula sa bawat subgroup
| 10x | Konsentrasyon: ≥ 1 ng/ µL Kabuuang dami ≥ 30ng Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon |
| Partikular na Pinalawak na Bahagi ng Lokus (SLAF) | Lalim ng tag: 10x Bilang ng mga tag: <400 Mb: Inirerekomenda ang WGS <1Gb: 100K na mga tag 1Gb >2Gb: 300K tag Pinakamataas na 500k na tag | Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL Kabuuang dami ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: wala o limitado ang pagkasira o kontaminasyon
|
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kasama sa serbisyo ang pagsusuri ng istruktura ng populasyon (phylogenetic tree, PCA, tsart ng stratification ng populasyon), pagkakaiba-iba ng populasyon, at pagpili ng populasyon (linkage disequilibrium, selective sweep-selection ng mga kapaki-pakinabang na lugar). Maaari ring isama sa serbisyo ang customized na pagsusuri (hal. oras ng divergence, daloy ng gene).
*Ang mga resulta ng demo na ipinapakita rito ay pawang mula sa mga genome na inilathala kasama ang BMKGENE
1. Ang pagsusuri ng ebolusyon ay naglalaman ng pagbuo ng punong pilohenetiko, istruktura ng populasyon, at PCA batay sa mga baryasyong henetiko.
Ang punong pilohenetiko ay kumakatawan sa mga ugnayang taksonomiko at ebolusyonaryo sa mga uri na may karaniwang ninuno.
Nilalayon ng PCA na mailarawan ang pagiging malapit sa pagitan ng mga sub-populasyon.
Ang istruktura ng populasyon ay nagpapakita ng pagkakaroon ng natatanging henetikong sub-populasyon sa mga tuntunin ng allele frequency.
Chen, et al.,PNAS, 2020
2. Mapiling pagwalis
Ang selective sweep ay tumutukoy sa isang proseso kung saan pinipili ang isang kapaki-pakinabang na site at pinapataas ang frequency ng mga naka-link na neutral na site at binabawasan naman ang mga hindi naka-link na site, na nagreresulta sa pagbawas ng regional area.
Ang pagtuklas sa buong genome sa mga piling rehiyon ng sweep ay pinoproseso sa pamamagitan ng pagkalkula ng population genetic index（π，Fst, Tajima's D) ng lahat ng SNP sa loob ng isang sliding window (100 Kb) sa isang partikular na hakbang (10 Kb).
Pagkakaiba-iba ng nukleotida (π）
Tajima's D
Indeks ng pagkapirmi (Fst)
Wu, et. al.,Halamang Molekular, 2018
3. Daloy ng Gene
Wu, et. al.,Halamang Molekular, 2018
4. Kasaysayang demograpiko
Zhang, et al.,Ekolohiya at Ebolusyon ng Kalikasan, 2021
5. Oras ng pagkakaiba-iba
Zhang, et al.,Ekolohiya at Ebolusyon ng Kalikasan, 2021
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng evolutionary genetics ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Pagtuklas sa mga SNP Molecular Marker at mga Candidate Gene na Kaugnay ng Sacbrood Virus Resistance sa Apis cerana cerana Larvae sa pamamagitan ng Whole-Genome Resequencing',Pandaigdigang dyornal ng mga agham molekular, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Ang pagtuklas ng isang ligaw, henetikong purong higanteng salamander na Tsino ay lumilikha ng mga bagong pagkakataon sa konserbasyon',Pananaliksik sa Zoolohiya, 2022, Tomo 43, Isyu 3, Mga Pahina: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Patern na Pilogeograpikal at Kasaysayan ng Ebolusyon ng Populasyon ng Katutubong Elymus sibiricus L. sa Talampas ng Qinghai-Tibet',Mga Hangganan sa Agham ng Halaman, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Mga pananaw sa genomiko sa ebolusyon ng longan mula sa isang pagtitipon ng genome sa antas ng kromosoma at genomika ng populasyon ng mga aksesyon ng longan',Pananaliksik sa Hortikultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
