BMKCloud Log in
条形banner-03

Mga produkto

Evolutionary Genetics

Ang evolutionary genetics ay isang naka-pack na serbisyo sa pagkakasunud-sunod na idinisenyo para sa pagbibigay ng komprehensibong interpretasyon sa ebolusyonaryong impormasyon ng mga ibinigay na materyales batay sa genetic variation, kabilang ang mga SNP, InDels, SV at CNV.Nagbibigay ito ng lahat ng pangunahing pagsusuri na kinakailangan para sa paglalarawan ng mga pagbabago sa ebolusyon at mga genetic na katangian ng mga populasyon, tulad ng istraktura ng populasyon, pagkakaiba-iba ng genetic, mga relasyon sa phylogeny, atbp. Naglalaman din ito ng mga pag-aaral sa daloy ng gene, na nagbibigay ng kapangyarihan sa pagtatantya ng epektibong laki ng populasyon, oras ng pagkakaiba-iba.


Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

1 Evolutionary genetics

Takagi et al.,Ang journal ng halaman, 2013

● Pagtatantya ng oras at bilis ng pagkakaiba-iba ng mga species batay sa mga pagkakaiba-iba sa antas ng nucleotide at amino acid
● Pagpapakita ng mas maaasahang phylogenetic na kaugnayan sa pagitan ng mga species na may pinaliit na impluwensya ng convergent evolution at parallel evolution
● Pagbubuo ng mga link sa pagitan ng mga pagbabago sa genetic at mga phenotype upang matuklasan ang mga gene na nauugnay sa katangian
● Pagtatantya ng pagkakaiba-iba ng genetic, na nagpapakita ng potensyal ng ebolusyon ng mga species
● Mas mabilis na oras ng Turnaround
● Malawak na karanasan: Ang BMK ay nakaipon ng napakalaking karanasan sa populasyon at mga proyektong nauugnay sa ebolusyon sa loob ng mahigit 12 taon, na sumasaklaw sa daan-daang species, atbp. at nag-ambag sa mahigit 80 mataas na antas na proyekto na inilathala sa Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, atbp.

Mga Detalye ng Serbisyo

Mga materyales:

Karaniwan, inirerekumenda ang hindi bababa sa tatlong sub-populasyon (hal. subspecies o strains).Ang bawat sub-populasyon ay dapat maglaman ng hindi bababa sa 10 indibidwal (Mga halaman >15, maaaring bawasan para sa mga bihirang species).

Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

* Maaaring gamitin ang WGS para sa mga species na may mataas na kalidad na reference genome, habang ang SLAF-Seq ay naaangkop sa mga species na mayroon man o walang reference genome, o reference genome na mahina ang kalidad.

Naaangkop sa laki ng genome

WGS

SLAF-Tag (×10,000)

≤ 500 Mb

10×/indibidwal

Mas inirerekomenda ang WGS

500 Mb - 1 Gb

10

1 Gb - 2 Gb

20

≥2 Gb

30

Pagsusuri ng bioinformatics

● Pagsusuri sa ebolusyon

● Selective sweep

● Daloy ng gene

● Kasaysayan ng demograpiko

● Oras ng divergence

ebolusyonaryo 2

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

 

Mga species

 Tissue

WGS-NGS

SLAF

Hayop

 

  

Visceral tissue

 

0.5~1g

 

 

0.5g

 

 

 tissue ng kalamnan

Dugo ng mammalian

 

1.5mL

 

 

1.5mL

 

Dugo ng manok/isda

Halaman

  

  Sariwang Dahon    

1~2g

   

0.5~1g

 Petal/Stem
  Ugat/Buhi
 

Mga cell

  Kultura na cell    

 

gDNA

Konsentrasyon
(ng/ul)

Halaga

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

-

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Sample QC

Eksperimento na disenyo

paghahatid ng sample

Paghahatid ng sample

Paghahanda sa Aklatan

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Pagsusuri sa datos

Mga Serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • *Ang mga resulta ng demo na ipinakita dito ay mula sa mga genome na na-publish gamit ang BMKGENE

    1.Ang pagsusuri sa ebolusyon ay naglalaman ng pagtatayo ng punong phylogenetic, istraktura ng populasyon at PCA batay sa mga pagkakaiba-iba ng genetic.

    Ang phylogenetic tree ay kumakatawan sa taxonomic at evolutionary na relasyon sa mga species na may karaniwang ninuno.
    Nilalayon ng PCA na mailarawan ang pagiging malapit sa pagitan ng mga sub-populasyon.
    Ang istraktura ng populasyon ay nagpapakita ng pagkakaroon ng genetically distinct sub-populasyon sa mga tuntunin ng allele frequency.

    3-1Phylogenetic-tree 3-2PCA 3-3Istruktura ng populasyon

    Chen, et.al.,PNAS, 2020

    2.Selective sweep

    Ang selective sweep ay tumutukoy sa isang proseso kung saan pinipili ang isang kapaki-pakinabang na site at ang mga frequency ng mga naka-link na neutral na site ay nadaragdagan at ang mga hindi naka-link na site ay nababawasan, na nagreresulta sa pagbawas ng rehiyon.

    Ang genome-wide detection sa mga selective sweep region ay pinoproseso sa pamamagitan ng pagkalkula ng population genetic index(π,Fst, Tajima's D) ng lahat ng SNP sa loob ng sliding window (100 Kb) sa partikular na hakbang (10 Kb).

    Pagkakaiba-iba ng nucleotide(π)
    4nucleotide-diversity(π)

    Tajima's D
    5Tajima's-D

    Fixation index(Fst)

    6Fixation-index(Fst)

    Wu, et.al.,Molecular Plant, 2018

    3. Daloy ng Gene

    7Daloy ng gene

    Wu, et.al.,Molecular Plant, 2018

    4.Demograpikong kasaysayan

    8Demograpikong-kasaysayan

    Zhang, et.al.,Ekolohiya at Ebolusyon ng Kalikasan, 2021

    5. Divergence time

    9 Divergence-time

    Zhang, et.al.,Ekolohiya at Ebolusyon ng Kalikasan, 2021

    Kaso ng BMK

    Ang isang genomic variation map ay nagbibigay ng mga insight sa genetic na batayan ng Spring Chinese Cabbage(Brassica rapa ssp. Pekinensis) na seleksyon

    Nai-publish: Molecular Plant, 2018

    Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

    Resequencing: sequencing depth: 10×

    Mga pangunahing resulta

    Sa pag-aaral na ito, 194 na Chinese cabbage ang naproseso para sa muling pagkakasunud-sunod na may average na lalim na 10×, na nagbunga ng 1,208,499 SNP at 416,070 InDels.Ang pagsusuri ng phylogenetic sa 194 na linyang ito ay nagpakita na ang mga linyang ito ay maaaring nahahati sa tatlong ecotype, tagsibol, tag-araw at taglagas.Bilang karagdagan, ang istraktura ng populasyon at pagsusuri ng PCA ay nagpahiwatig na ang spring Chinese cabbage ay nagmula sa isang taglagas na repolyo sa Shandong, China.Ang mga ito ay pagkatapos ay ipinakilala sa Korea at Japan, tumawid sa mga lokal na linya at ilang late-bolting varieties ng mga ito ay ipinakilala pabalik sa China at sa wakas ay naging Spring Chinese cabbage.

    Ang genome-wide scanning sa spring Chinese cabbage at autumn cabbage sa pagpili ay nagsiwalat ng 23 genomic loci na dumaan sa malakas na pagpili, dalawa sa mga ito ay na-overlap sa bolting-time controlling region batay sa QTL-mapping.Ang dalawang rehiyong ito ay natagpuang naglalaman ng mga pangunahing gene na kumokontrol sa pamumulaklak, BrVIN3.1 at BrFLC1.Ang dalawang gene na ito ay karagdagang nakumpirma na kasangkot sa bolting time sa pamamagitan ng transcriptome study at transgenic na mga eksperimento.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Pagsusuri ng istraktura ng populasyon sa mga repolyo ng Tsino

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    Genetic na impormasyon sa pagpili ng repolyo ng Tsino

     
    Sanggunian

    Tongbing, et al."Ang isang Genomic Variation Map ay Nagbibigay ng Mga Insight sa Genetic Basis ng Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp.pekinensis)Selection."Mga Molekular na Halaman,11(2018):1360-1376.

    kumuha ka ng kota

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: