-
Halaman/Animal De novo Genome Sequencing
De novoAng sequencing ay tumutukoy sa pagbuo ng buong genome ng isang species gamit ang mga teknolohiya sa sequencing, hal. PacBio, Nanopore, NGS, atbp., kung walang reference na genome.Ang kapansin-pansing pagpapabuti sa haba ng pagbasa ng mga teknolohiya sa pagkakasunud-sunod ng ikatlong henerasyon ay nagdulot ng mga bagong pagkakataon sa pag-assemble ng mga kumplikadong genome, tulad ng mga may mataas na heterozygosity, mataas na ratio ng mga paulit-ulit na rehiyon, polyploid, atbp. Sa haba ng pagbasa sa antas ng sampu-sampung kilobases, ang mga sequencing read na ito ay nagbibigay-daan sa paglutas ng mga paulit-ulit na elemento, mga rehiyon na may abnormal na mga nilalaman ng GC at iba pang napakakomplikadong rehiyon.
Platform： PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C based na Genome Assembly
Ang Hi-C ay isang paraan na idinisenyo upang makuha ang configuration ng chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based na mga interaksyon at high-throughput sequencing.Ang intensity ng mga pakikipag-ugnayan na ito ay pinaniniwalaan na negatibong nauugnay sa pisikal na distansya sa mga chromosome.Samakatuwid, maaaring gabayan ng data ng Hi-C ang clustering, pag-order at pag-orient ng mga pinagsama-samang pagkakasunud-sunod sa isang draft na genome at pag-angkla sa mga iyon sa ilang partikular na bilang ng mga chromosome.Ang teknolohiyang ito ay nagbibigay ng kapangyarihan sa isang chromosome-level genome assembly sa kawalan ng genetic map na nakabatay sa populasyon.Ang bawat solong genome ay nangangailangan ng Hi-C.
Platform：Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolutionary Genetics
Ang evolutionary genetics ay isang naka-pack na serbisyo sa pagkakasunud-sunod na idinisenyo para sa pagbibigay ng komprehensibong interpretasyon sa ebolusyonaryong impormasyon ng mga ibinigay na materyales batay sa genetic variation, kabilang ang mga SNP, InDels, SV at CNV.Nagbibigay ito ng lahat ng pangunahing pagsusuri na kinakailangan para sa paglalarawan ng mga pagbabago sa ebolusyon at mga genetic na katangian ng mga populasyon, tulad ng istraktura ng populasyon, pagkakaiba-iba ng genetic, mga relasyon sa phylogeny, atbp. Naglalaman din ito ng mga pag-aaral sa daloy ng gene, na nagbibigay-kapangyarihan sa pagtatantya ng epektibong laki ng populasyon, oras ng pagkakaiba-iba.
-
Comparative Genomics
Ang paghahambing na genomics ay literal na nangangahulugang paghahambing ng kumpletong genome sequence at istruktura ng iba't ibang species.Ang disiplina na ito ay naglalayong ipakita ang ebolusyon ng mga species, pag-andar ng gene, mekanismo ng regulasyon ng gene sa antas ng genome sa pamamagitan ng pagtukoy sa mga istruktura ng pagkakasunud-sunod at mga elemento na nag-conserve o nag-iba sa iba't ibang species.Kasama sa karaniwang pag-aaral ng comparative genomics ang mga pagsusuri sa gene family, evolutionary development, whole genome duplication, selective pressure, atbp.
-
Bulking Segregant analysis
Ang bulked segregant analysis (BSA) ay isang diskarteng ginagamit upang mabilis na matukoy ang mga genetic marker na nauugnay sa phenotype.Ang pangunahing daloy ng trabaho ng BSA ay naglalaman ng pagpili ng dalawang grupo ng mga indibidwal na may labis na magkasalungat na mga phenotype, na pinagsasama-sama ang DNA ng lahat ng mga indibidwal upang bumuo ng dalawang bulto ng DNA, na tumutukoy sa pagkakaiba-iba ng mga pagkakasunud-sunod sa pagitan ng dalawang pool.Ang pamamaraan na ito ay malawakang ginamit sa pagtukoy ng mga genetic marker na malakas na nauugnay ng mga naka-target na gene sa mga genome ng halaman/hayop.
