Mag-log in sa BMKCloud

Mga Produkto

Interaksyon ng Chromatin na nakabatay sa Hi-C

Ang Hi-C ay isang pamamaraan na idinisenyo upang makuha ang genomic configuration sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based interactions at high-throughput sequencing. Ang pamamaraan ay batay sa chromatin crosslinking na may formaldehyde, na sinusundan ng digestion at re-ligation sa paraang tanging ang mga fragment na covalently linked lamang ang bubuo ng mga produkto ng ligation. Sa pamamagitan ng sequencing ng mga produktong ito ng ligation, posibleng pag-aralan ang 3D organization ng genome. Ang Hi-C ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng distribusyon ng mga bahagi ng genome na bahagyang naka-pack (A compartments, euchromatin) at mas malamang na maging transcriptionally active, at ang mga rehiyon na mas mahigpit na naka-pack (B compartments, Heterochromatin). Maaari ring gamitin ang Hi-C upang matukoy ang Topologically Associated Domains (TADs), mga rehiyon ng genome na may nakatiklop na mga istruktura at malamang na may katulad na mga pattern ng expression, at upang matukoy ang mga chromatin loop, mga rehiyon ng DNA na magkakasamang nakaangkla ng mga protina at kadalasang mayaman sa mga regulatory element. Ang serbisyo ng Hi-C sequencing ng BMKGene ay nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na tuklasin ang mga spatial dimensions ng genomics, na nagbubukas ng mga bagong paraan para sa pag-unawa sa regulasyon ng genome at mga implikasyon nito sa kalusugan at sakit.

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatika

Mga resulta ng demo

Mga itinatampok na publikasyon

Mga Tampok ng Serbisyo

● Pagse-sequence sa Illumina NovaSeq gamit ang PE150.

● Ang serbisyo ay nangangailangan ng mga sample ng tisyu, sa halip na mga kinuhang nucleic acid, upang mag-cross-link sa formaldehyde at mapanatili ang interaksyon ng DNA-protein.

● Ang eksperimentong Hi-C ay kinabibilangan ng paghihigpit at pagkukumpuni ng dulo ng malagkit na mga dulo gamit ang biotin, na sinusundan ng paikot na pag-ikot ng mga nagresultang mapurol na dulo habang pinapanatili ang mga interaksyon. Ang DNA ay pagkatapos ay hinihila pababa gamit ang mga streptavidin beads at pinadalisay para sa kasunod na paghahanda ng library.

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Pinakamainam na Disenyo ng Restriction Enzyme: upang matiyak ang mataas na kahusayan sa Hi-C sa iba't ibang uri ng hayop na may hanggang 93% na wastong mga pares ng interaksyon.

●Malawak na Kadalubhasaan at Mga Rekord ng Publikasyon:Ang BMKGene ay may malawak na karanasan sa mahigit 2000 proyekto ng Hi-C sequencing mula sa 800 iba't ibang uri ng hayop at iba't ibang patente. Mahigit 100 nailathalang kaso na may accumulative impact factor na mahigit 900.

●Mataas na kasanayang Pangkat ng Bioinformatics:na may mga in-house na patent at copyright ng software para sa mga eksperimento sa Hi-C at pagsusuri ng datos at isang self-developed na visualization data software.

●Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.

●Komprehensibong Anotasyon: gumagamit kami ng maraming database upang magamit ang mga anotasyon ng mga gene na may mga natukoy na baryasyon at isagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga pananaw sa maraming proyekto sa pananaliksik.

Mga Espesipikasyon ng Serbisyo

Aklatan

Istratehiya sa Pagsunod-sunod

Inirerekomendang output ng datos

Resolusyon ng Hi-C Signal

Aklatan ng Hi-C

Illumina PE150

Loop ng kromatin: 150x

TAD: 50x

Ulo ng Chromatin: 10Kb

TAD: 40Kb

Mga Kinakailangan sa Serbisyo

Uri ng halimbawa	Kinakailangang halaga
Tissue ng hayop	≥2g
Buong Dugo	≥2mL
Mga fungi	≥1g
Halaman - batang tisyu	1g/aliquot, inirerekomenda ang 2-4 na aliquot
Mga Kulturang Selula	≥1x10⁷

Nakaraan: Kit ng DNA ng TGuide na may Matalinong Magnetikong Halaman

Susunod: Mga paunang-gawa na aklatan ng DNBSEQ

Kabilang ang Sumusunod na Pagsusuri:

● Pagsusuri sa hilaw na datos;

● Pagmamapa at Hi-C library QC: mga wastong pares ng interaksyon at Interaction Decay Exponents (IDEs);

● Pag-profile ng Interaksyon sa Buong Genome: pagsusuri ng cis/trans at mapa ng interaksyon ng Hi-C;

● Pagsusuri ng distribusyon ng A/B compartment;

● Pagtukoy sa mga TAD at chromatin loop;

● Pagsusuring may pagkakaiba sa mga elemento ng istrukturang 3D chromatin sa mga sample at kaukulang anotasyon ng paggana ng mga kaugnay na gene.

Distribusyon ng Cis at trans proporsyon

Heatmap ng mga interaksyon ng chromosome sa pagitan ng mga sample

Pamamahagi ng mga kompartamento ng A/B sa buong genome

Pamamahagi ng mga loop ng chromatin sa buong genome

Pagpapakita ng mga TAD

Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng Hi-C sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.

Meng, T. et al. (2021) 'Isang paghahambing na pinagsamang pagsusuri ng multi-omics ang tumutukoy sa CA2 bilang isang bagong target para sa chordoma',Neuro-Oncology, 23(10), pp. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) 'Ang 3D disorganisasyon at muling pagsasaayos ng genome ay nagbibigay ng mga pananaw sa pathogenesis ng NAFLD sa pamamagitan ng pinagsamang Hi-C, Nanopore, at RNA sequencing',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.