BMKCloud Log in
条形banner-03

Mga produkto

Hi-C based na Genome Assembly

Ang Hi-C ay isang paraan na idinisenyo upang makuha ang configuration ng chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based na mga interaksyon at high-throughput sequencing.Ang intensity ng mga pakikipag-ugnayan na ito ay pinaniniwalaan na negatibong nauugnay sa pisikal na distansya sa mga chromosome.Samakatuwid, maaaring gabayan ng data ng Hi-C ang clustering, pag-order at pag-orient ng mga pinagsama-samang pagkakasunud-sunod sa isang draft na genome at pag-angkla sa mga iyon sa isang tiyak na bilang ng mga chromosome.Ang teknolohiyang ito ay nagbibigay ng kapangyarihan sa isang chromosome-level genome assembly nang walang genetic map na nakabatay sa populasyon.Ang bawat solong genome ay nangangailangan ng Hi-C.

Platform:Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ


Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

1Principle-of-Hi-C-sequencing

Pangkalahatang-ideya ng Hi-C
(Lieberman-Aiden Et al.,Agham, 2009)

● Hindi na kailangan sa pagbuo ng genetic na populasyon para sa contig anchoring;
● Mas mataas na marker density na humahantong sa mas mataas na contigs anchoring ratio sa itaas ng 90%;
● Pinapagana ang pagsusuri at pagwawasto sa mga kasalukuyang genome assemblies;
● Mas maikling turn-around time na may mas mataas na katumpakan sa genome assembly;
● Masaganang karanasan sa mahigit 1000 Hi-C library na ginawa para sa mahigit 500 species;
● Higit sa 100 matagumpay na mga kaso na may accumulative published impact factor na higit sa 760;
● Hi-C based genome assembly para sa polyploid genome, 100% anchoring rate ay nakamit sa nakaraang proyekto;
● Mga in-house na patent at software copyright para sa mga eksperimento sa Hi-C at pagsusuri ng data;
● Self-developed visualized data tuning software, nagbibigay-daan sa manual block moving, reversing, revoking at redoing.

Mga Detalye ng Serbisyo

 

Uri ng Aklatan

 

 

Platform


Haba ng Pagbasa
Magrekomenda ng Diskarte
Hi-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Pagsusuri ng bioinformatics

● Kontrol sa kalidad ng raw data

● Hi-C library quality control

● Hi-C based genome assembly

● Pagsusuri pagkatapos ng pagpupulong

HiC workflow

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Hayop
Halamang-singaw
Mga halaman

 

Frozen tissue: 1-2g bawat library
Mga cell: 1x 10^7 cell bawat library
Frozen tissue: 1g bawat library
Frozen tissue: 1-2g bawat library

 

 
*Lubos naming inirerekomenda ang pagpapadala ng hindi bababa sa 2 aliquot (1 g bawat isa) para sa eksperimento sa Hi-C.

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Para sa karamihan ng mga sample, inirerekumenda namin na huwag itago sa ethanol.
Sample na pag-label: Ang mga sample ay kailangang malinaw na may label at magkapareho sa isinumiteng sample na form ng impormasyon.
Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga bag at ibaon sa dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Sample QC

Eksperimento na disenyo

paghahatid ng sample

Paghahatid ng sample

Eksperimento ng piloto

Pagkuha ng DNA

Paghahanda sa Aklatan

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Pagsusuri sa datos

Mga Serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • *Ang mga resulta ng demo na ipinakita dito ay mula sa mga genome na na-publish gamit ang Biomarker Technologies

    1.Hi-C interaction heat map ngCamptotheca acuminatagenome.Tulad ng ipinapakita sa mapa, ang intensity ng mga pakikipag-ugnayan ay negatibong nauugnay sa linear na distansya, na nagpapahiwatig ng isang napaka-tumpak na chromosome-level na pagpupulong.(Angkla ratio: 96.03%)

    3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

    Kang M et al.,Komunikasyon sa Kalikasan, 2021

     

    Pinadali ng 2.Hi-C ang pagpapatunay ng mga inversion sa pagitanGossypium hirsutumL. TM-1 A06 atG. arboreumChr06

    4Hi-C-heatmap-facilitate-revealing-of-inversions-between-genomes

    Yang Z et al.,Komunikasyon ng Kalikasan, 2019

     

     

    3.Assembly at biallelic differentiation ng cassava genome SC205.Ang Hi-C heatmap ay nagpakita ng malinaw na paghahati sa mga homologous chromosome.

    5Hi-C-heatmap-showing-homologous-chromosomes

    Hu W et al.,Molecular Plant, 2021

     

     

    4.Hi-C heatmap sa dalawang Ficus species genome assembly:F.microcarpa(angkla ratio: 99.3%) atF.hispida (anchoring ratio: 99.7%)
    6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

    Zhang X et al.,Cell, 2020

     

     

    Kaso ng BMK

    Ang Mga Genome ng Banyan Tree At Pollinator Wasp ay Nagbibigay ng Mga Insight sa Fig-wasp Coevolution

    Nai-publish: Cell, 2020

    Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

    F. microcarpa genome: Tinatayang.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidagenome: Tinatayang.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillatagenome: Tinatayang.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Mga pangunahing resulta

    1. Dalawang banyan tree genome at isang pollinator wasp genome ang ginawa gamit ang PacBio sequencing, Hi-C at linkage map.
    (1)F. microcarpagenome: Isang pagpupulong na 426 Mb (97.7% ng tinantyang laki ng genome) ay itinatag na may contig N50 na 908 Kb, BUSCO na marka ng 95.6%.Sa kabuuan ng 423 Mb na pagkakasunud-sunod ay naka-angkla sa 13 chromosome ng Hi-C.Ang genome annotation ay nagbunga ng 29,416 protein-coding genes.
    (2)F. Hispidagenome: Isang pagpupulong na 360 Mb (97.3% ng tinantyang laki ng genome) ay nagbunga na may contig N50 na 492 Kb at BUSCO na marka na 97.4%.Isang kabuuan ng 359 Mb na mga pagkakasunud-sunod ay naka-angkla sa 14 na chromosome ng Hi-C at lubos na magkapareho sa high-density linkage map.
    (3)Eupristina verticillatagenome: Isang pagpupulong na 387 Mb (Tinantyang laki ng genome: 382 Mb) ay itinatag na may contig N50 na 3.1 Mb at BUSCO na marka na 97.7%.

    2. Ang paghahambing na pagsusuri ng genomics ay nagsiwalat ng malaking bilang ng mga pagkakaiba-iba ng istraktura sa pagitan ng dalawaFicusgenome, na nagbigay ng napakahalagang genetic resource para sa adaptive evolution studies.Ang pag-aaral na ito, sa unang pagkakataon, ay nagbigay ng mga insight sa Fig-wasp coevolution sa genomic-level.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Circos diagram sa genomic features ng dalawaFicusgenome, kabilang ang mga chromosome, segmental duplications (SDs), transposon(LTR, TEs, DNA TEs), gene expression at synteny

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    Pagkilala sa Y chromosome at gene ng kandidato sa pagpapasiya ng kasarian

     
    Sanggunian

    Zhang, X. , et al."Ang mga Genome ng Banyan Tree at Pollinator Wasp ay Nagbibigay ng Mga Insight sa Fig-Wasp Coevolution."Cell 183.4(2020).

    kumuha ka ng kota

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: