Hi-C Based Genome Assembly
Ang Hi-C ay isang paraan na idinisenyo upang makuha ang configuration ng chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based na mga interaksyon at high-throughput sequencing. Ang intensity ng mga pakikipag-ugnayan na ito ay pinaniniwalaan na negatibong nauugnay sa pisikal na distansya sa mga chromosome. Samakatuwid, ang data ng Hi-C ay ginagamit upang gabayan ang pag-cluster, pag-order, at pag-orient ng mga pinagsama-samang sequence sa isang draft na genome at i-angkla ang mga iyon sa isang tiyak na bilang ng mga chromosome. Ang teknolohiyang ito ay nagbibigay kapangyarihan sa isang chromosome-level genome assembly sa kawalan ng isang genetic na mapa na nakabatay sa populasyon. Ang bawat solong genome ay nangangailangan ng Hi-C.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Sequencing sa Illumina NovaSeq na may PE150.
● Nangangailangan ang serbisyo ng mga sample ng tissue, sa halip na mga kinuhang nucleic acid, na mag-cross-link sa formaldehyde at mapangalagaan ang mga pakikipag-ugnayan ng DNA-protein.
● Ang eksperimento sa Hi-C ay nagsasangkot ng paghihigpit at pagtatapos ng pagkukumpuni ng mga malagkit na dulo na may biotin, na sinusundan ng circularization ng mga nagreresultang blunt na dulo habang pinapanatili ang mga pakikipag-ugnayan. Ang DNA ay hinihila pababa gamit ang streptavidin beads at dinadalisay para sa kasunod na paghahanda sa library.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
Pangkalahatang-ideya ng Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Agham, 2009)
●Pag-aalis ng Pangangailangan para sa Genetic Population Data:Pinapalitan ng Hi-C ang mahahalagang impormasyong kinakailangan para sa contig anchoring.
●Mataas na density ng marker:humahantong sa isang mataas na contig anchoring ratio sa itaas 90%.
●Malawak na Kadalubhasaan at mga talaan ng publikasyon:Ang BMKGene ay may malawak na karanasan sa higit sa 2000 kaso ng Hi-C Genome Assembly mula sa 1000 iba't ibang species at iba't ibang patent. Mahigit sa 200 nai-publish na mga kaso ang may accumulative effect factor na mahigit 2000.
●Highly skilled bioinformatics team:na may mga in-house na patent at mga copyright ng software para sa mga eksperimento sa Hi-C at pagsusuri ng data, ang self-developed visualization data software ay nagbibigay-daan sa manual block moving, reversing, revoking, at redoing.
●Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay umaabot nang higit pa sa pagkumpleto ng proyekto sa isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
●Komprehensibong Anotasyon: gumagamit kami ng maramihang mga database upang ma-annotate ang mga gene na may mga natukoy na variation at isagawa ang kaukulang pagsusuri sa pagpapayaman, na nagbibigay ng mga insight sa maraming proyekto sa pananaliksik.
Mga Detalye ng Serbisyo
| Paghahanda sa aklatan | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang output ng data | Kontrol sa kalidad |
| Hi-C library | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Mga Sample na Kinakailangan
| Tissue | Kinakailangang halaga |
| Hayop Viscera | ≥ 2 g |
| Muscle ng Hayop | |
| Dugo ng Mammalian | ≥ 2 mL |
| Dugo ng Manok/ Isda | |
| Halaman- Sariwang Dahon | ≥ 3 g |
| Mga Kultura na Cell | ≥ 1x107 |
| Insekto | ≥ 2 g |
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
1) Raw data QC
2) Hi-C library QC: pagtatantya ng wastong mga pakikipag-ugnayan sa Hi-C
3) Hi-C assembly: clustering ng contigs sa mga grupo, na sinusundan ng contig ordering sa loob ng bawat grupo at pagtatalaga ng contig orientation
4) Hi-C na pagsusuri
Hi-C Library QC – pagtatantya ng valid na mga pares ng pakikipag-ugnayan ng Hi-C
Hi-C Assembly – mga istatistika
Pagsusuri pagkatapos ng pagpupulong – heatmap ng intensity ng signal sa pagitan ng mga bin
Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng Hi-C assembly ng BMKGene sa pamamagitan ng isang na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Tian, T. et al. (2023) 'Genome assembly at genetic dissection ng isang kilalang tagtuyot na lumalaban sa mais germplasm', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'A Chromosome-Scale Assembly of the Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Pagpapakita ng ebolusyon ng tropane alkaloid biosynthesis sa pamamagitan ng pagsusuri sa dalawang genome sa pamilyang Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Ang mga Genome ng Banyan Tree at Pollinator Wasp ay Nagbibigay ng Mga Insight sa Fig-Wasp Coevolution', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
