Hi-c based genome assembly
Ang HI-C ay isang pamamaraan na idinisenyo upang makuha ang pagsasaayos ng chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng mga pakikipag-ugnay na batay sa proximity at pagkakasunud-sunod ng high-throughput. Ang intensity ng mga pakikipag -ugnay na ito ay pinaniniwalaan na negatibong nakakaugnay sa pisikal na distansya sa mga kromosom. Samakatuwid, ang data ng HI-C ay ginagamit upang gabayan ang clustering, pag-order, at orienting ng mga natipon na pagkakasunud-sunod sa isang draft genome at pag-angkon sa mga nasa isang tiyak na bilang ng mga kromosom. Ang teknolohiyang ito ay nagbibigay kapangyarihan sa isang pagpupulong ng antas ng chromosome sa kawalan ng isang mapa na batay sa populasyon na genetic. Ang bawat solong genome ay nangangailangan ng isang hi-c.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Sequencing sa Illumina NovaseQ na may PE150.
● Ang serbisyo ay nangangailangan ng mga sample ng tisyu, sa halip na nakuha ang mga nucleic acid, upang mag-cross-link na may formaldehyde at mapanatili ang mga pakikipag-ugnay sa DNA-protein.
● Ang eksperimento ng HI-C ay nagsasangkot ng paghihigpit at pagtatapos ng pag-aayos ng malagkit na nagtatapos sa biotin, na sinusundan ng pag-ikot ng mga nagresultang blunt ay nagtatapos habang pinapanatili ang mga pakikipag-ugnay. Ang DNA ay pagkatapos ay hinila na may mga streptavidin kuwintas at nalinis para sa kasunod na paghahanda ng aklatan.
Mga kalamangan sa serbisyo
Pangkalahatang-ideya ng Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Agham, 2009)
●Tinatanggal ang pangangailangan para sa data ng populasyon ng genetic:Hi-C pumalit sa mahahalagang impormasyon na kinakailangan para sa contig anchoring.
●Mataas na density ng marker:na humahantong sa isang mataas na ratio ng pag -angkla ng contig sa itaas ng 90%.
●Malawak na mga talaan ng kadalubhasaan at publication:Ang BMKGENE ay may malawak na karanasan na may higit sa 2000 mga kaso ng pagpupulong ng genome ng Hi-C mula sa 1000 iba't ibang mga species at iba't ibang mga patent. Higit sa 200 nai -publish na mga kaso ay may isang naipon na kadahilanan ng epekto ng higit sa 2000.
●Lubhang bihasang koponan ng bioinformatics:Sa mga in-house patent at software copyrights para sa mga eksperimento sa HI-C at pagsusuri ng data, ang software na binuo ng data ng visualization ay nagbibigay-daan sa manu-manong pag-block ng paglipat, pagbabalik-tanaw, pag-revoking, at muling pag-redo.
●Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-aayos, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na may kaugnayan sa mga resulta.
●Komprehensibong anotasyon: Gumagamit kami ng maraming mga database upang gumana na i -annotate ang mga gene na may natukoy na mga pagkakaiba -iba at isinasagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga pananaw sa maraming mga proyekto ng pananaliksik.
Mga pagtutukoy sa serbisyo
| Paghahanda ng Library | Diskarte sa pagkakasunud -sunod | Inirerekumendang output ng data | KONTROL CONTROL |
| Hi-c library | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Mga kinakailangan sa halimbawang
| Tissue | Kinakailangang halaga |
| Hayop viscera | ≥ 2 g |
| Kalamnan ng hayop | |
| Dugo ng mammalian | ≥ 2 ml |
| Poultry/Fish Dugo | |
| Plant- Sariwang dahon | ≥ 3 g |
| Mga cell na may kultura | ≥ 1x107 |
| Insekto | ≥ 2 g |
Daloy ng trabaho sa serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Halimbawang paghahatid
Konstruksyon ng Library
Pagkakasunud -sunod
Pagtatasa ng data
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
1) Raw data qc
2) HI-C Library QC: Pagtantya ng wastong pakikipag-ugnay sa HI-C
3) Hi-C Assembly: Clustering ng mga contigs sa mga pangkat, na sinusundan ng pag-order ng contig sa loob ng bawat pangkat at pagtatalaga ng orientation ng contig
4) Pagsusuri ng Hi-C
HI-C Library QC-Pagtantya ng mga wastong pares ng pakikipag-ugnay sa HI-C
Hi-C Assembly-Mga istatistika
Pagsusuri ng Post-Assembly-heatmap ng intensity ng signal sa pagitan ng mga bins
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng pagpupulong ng Hi-C ng BMKGENE sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga pahayagan.
Tian, T. et al. . doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. . 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et al. . doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. . doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
