Asembleya ng Genome na Batay sa Hi-C
Ang Hi-C ay isang pamamaraan na idinisenyo upang makuha ang configuration ng chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based interactions at high-throughput sequencing. Ang tindi ng mga interaksyon na ito ay pinaniniwalaang negatibong nauugnay sa pisikal na distansya sa mga chromosome. Samakatuwid, ang Hi-C data ay ginagamit upang gabayan ang clustering, ordering, at orientation ng mga pinagsama-samang sequence sa isang draft genome at pag-angkla ng mga ito sa isang tiyak na bilang ng mga chromosome. Binibigyang-kapangyarihan ng teknolohiyang ito ang isang chromosome-level genome assembly nang walang population-based genetic map. Ang bawat genome ay nangangailangan ng isang Hi-C.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Pagse-sequence sa Illumina NovaSeq gamit ang PE150.
● Ang serbisyo ay nangangailangan ng mga sample ng tisyu, sa halip na mga kinuhang nucleic acid, upang mag-cross-link sa formaldehyde at mapanatili ang interaksyon ng DNA-protein.
● Ang eksperimentong Hi-C ay kinabibilangan ng paghihigpit at pagkukumpuni ng dulo ng malagkit na mga dulo gamit ang biotin, na sinusundan ng paikot na pag-ikot ng mga nagresultang mapurol na dulo habang pinapanatili ang mga interaksyon. Ang DNA ay pagkatapos ay hinihila pababa gamit ang mga streptavidin beads at pinadalisay para sa kasunod na paghahanda ng library.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
Pangkalahatang-ideya ng Hi-C
(Lieberman-Aiden E at iba pa,Agham, 2009)
●Pag-aalis ng Pangangailangan para sa Datos ng Henetikong Populasyon:Pinapalitan ng Hi-C ang mahahalagang impormasyong kinakailangan para sa contig anchoring.
●Mataas na densidad ng marker:na humahantong sa isang mataas na contig anchoring ratio na higit sa 90%.
●Malawak na Kadalubhasaan at mga talaan ng publikasyon:Ang BMKGene ay may malawak na karanasan sa mahigit 2000 kaso ng Hi-C Genome Assembly mula sa 1000 iba't ibang uri ng hayop at iba't ibang patente. Mahigit 200 na nailathalang kaso ang may accumulative impact factor na mahigit 2000.
●Mataas na kasanayang pangkat ng bioinformatics:Gamit ang mga in-house na patent at copyright ng software para sa mga eksperimento sa Hi-C at pagsusuri ng datos, ang self-developed na visualization data software ay nagbibigay-daan sa manu-manong paggalaw, pagbaligtad, pagpapawalang-bisa, at pag-ulit ng mga bloke.
●Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
●Komprehensibong Anotasyon: gumagamit kami ng maraming database upang magamit ang mga anotasyon ng mga gene na may mga natukoy na baryasyon at isagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga pananaw sa maraming proyekto sa pananaliksik.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Paghahanda ng aklatan | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang output ng datos | Kontrol ng kalidad |
| Aklatan ng Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
| Tissue | Kinakailangang halaga |
| Laman ng Hayop | ≥ 2 gramo |
| Kalamnan ng Hayop | |
| Dugo ng Mammal | ≥ 2 mL |
| Dugo ng Manok/Isda | |
| Halaman - Sariwang Dahon | ≥ 3 gramo |
| Mga Kulturang Selula | ≥ 1x107 |
| Insekto | ≥ 2 gramo |
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
1) Pagsusuri sa Hilaw na Datos
2) QC ng Hi-C library: pagtatantya ng wastong mga interaksyon sa Hi-C
3) Hi-C assembly: pagkumpol ng mga contig sa mga grupo, na sinusundan ng pag-aayos ng contig sa loob ng bawat grupo at pagtatalaga ng oryentasyon ng contig
4) Pagsusuri ng Mataas na Kalidad
Hi-C Library QC – pagtatantya ng mga pares ng interaksyon na may bisa sa Hi-C
Hi-C Assembly – mga istatistika
Pagsusuri pagkatapos ng pagpupulong – heatmap ng intensidad ng signal sa pagitan ng mga bin
Galugarin ang mga pagsulong na dulot ng mga serbisyo ng Hi-C assembly ng BMKGene sa pamamagitan ng isang piling koleksyon ng mga publikasyon.
Tian, T. et al. (2023) 'Pag-assemble ng genome at genetic dissection ng isang kilalang germplasm ng mais na lumalaban sa tagtuyot', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Isang Pagsasama-sama sa Iskala ng Kromosome ng Genome ng Pukyutan ng Asya na Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Pagbubunyag ng ebolusyon ng biosynthesis ng tropane alkaloid sa pamamagitan ng pagsusuri ng dalawang genome sa pamilyang Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Ang mga genome ng Banyan Tree at Pollinator Wasp ay Nagbibigay ng mga Pananaw sa Koebolusyon ng Fig-Wasp', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
