Pagkakasunod-sunod ng Buong Exome ng Tao
Mga Tampok ng Serbisyo
● Dalawang exome panel na magagamit batay sa target enrichment na may mga probe: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) at xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Pagsunod-sunod sa Illumina NovaSeq.
● Bioinformatic pipeline na nakadirekta sa pagsusuri ng sakit o pagsusuri ng tumor.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Mga Target na Rehiyon ng Pagkokodigo ng ProtinaSa pamamagitan ng pagkuha at pag-uuri ng mga rehiyon ng protein coding, ginagamit ang hWES upang ipakita ang mga baryante na may kaugnayan sa istruktura ng protina.
●Epektibong Gastos:Ang hWES ay nagbubunga ng humigit-kumulang 85% ng mga mutasyon na nauugnay sa sakit ng tao mula sa 1% ng genome ng tao.
●Mataas na KatumpakanDahil sa mataas na lalim ng sequencing, pinapadali ng hWES ang pagtuklas ng parehong karaniwang mga variant at bihirang mga variant na may mga frequency na mas mababa sa 1%.
●Mahigpit na Kontrol sa KalidadNagpapatupad kami ng limang pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample at library hanggang sa sequencing at bioinformatics. Tinitiyak ng masusing pagsubaybay na ito ang paghahatid ng pare-parehong mataas na kalidad na mga resulta.
●Komprehensibong Pagsusuri ng BioinformatikaAng aming pipeline ay higit pa sa pagtukoy ng mga baryasyon sa reference genome, dahil isinasama nito ang advanced analysis na idinisenyo upang partikular na tugunan ang mga tanong sa pananaliksik na may kaugnayan sa mga genetic na aspeto ng mga sakit o pagsusuri ng tumor.
●Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Halimbawang Espesipikasyon
| Istratehiya sa Pagkuha ng Exon | Istratehiya sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang Output ng Datos |
| Siguradong Piliin ang Tao Lahat ng Exon v6 (Agilent) o xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb Para sa mga sakit na Mendelian/bihirang sakit: > 50x Para sa mga sample ng tumor: ≥ 100x |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
| Uri ng Sample
| Halaga(Qubit®)
| Konsentrasyon | Dami
| Kadalisayan (NanoDrop™) |
|
Henomikong DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 µL | OD260/280=1.8-2.0 walang pagkasira, walang kontaminasyon
|
Bioinformatika
Ang pagsusuring bioinformatic ng mga sample ng sakit na hWES ay kinabibilangan ng:
● QC ng datos ng pagkakasunod-sunod
● Pag-align ng Sangguniang Genome
● Pagtukoy sa mga SNP at InDel
● Anotasyon ng mga SNP at InDel sa Pagganap
Kasama sa bioinformatic analysis ng mga sample ng tumor ang:
● QC ng datos ng pagkakasunod-sunod
● Pag-align ng Sangguniang Genome
● Pagtukoy sa mga SNP, InDel at mga somatic variation
● Pagtukoy sa mga variant ng germline
● Pagsusuri ng mga lagda ng mutasyon
● Pagtukoy sa mga drive gene batay sa mga gain-of-function mutation
● Anotasyon ng mutasyon sa antas ng pagiging madaling kapitan ng gamot
● Pagsusuri ng heterogeneity – pagkalkula ng kadalisayan at ploidy
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng DNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Paghahatid ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
QC ng Datos – Mga Estadistika ng pagkuha ng Exome
Pagkilala sa baryante – InDels
Masusing pagsusuri: pagtukoy at distribusyon ng mga nakapipinsalang SNP/InDels – Circos plot
Pagsusuri ng tumor: pagkilala at distribusyon ng mga somatic mutations – Circos plot
Pagsusuri ng tumor: mga linya ng clonal
