Metabolomika
Mga Tampok
●Hindinaka-target na Metabolomics (Discovery Metabolomics)
Batay sa teknolohiyang liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS), ang non-targeted metabolomics ay nagbibigay-daan sa walang kinikilingang pagtuklas ng pinakamaraming small-molecule metabolites hangga't maaari sa mga biological sample tulad ng mga selula, tisyu, organo, o likido sa katawan. Nagsasagawa ito ng paghahambing na pagsusuri sa pagitan ng mga experimental at control group, at sinusuri ang magkakaibang metabolites sa pamamagitan ng statistical analysis.
● Hindi Naka-target na Metabolomics para sa mga Lipid
Paggamit ng teknolohiyang liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS),nNakakamit ng on-targeted na Metabolomics for Lipids ang walang kinikilingang pagtuklas ng pinakamaraming molekula ng lipid hangga't maaari sa mga biological sample kabilang ang mga selula, tisyu, organo, o likido sa katawan.
● Malapad-Naka-target na Metabolomics
Perpektong pinagsasama ng serbisyong ito ang mga bentahe ng high-resolution at wide-coverage ng untargeted technology kasama ang mataas na sensitivity at tumpak na kakayahan sa quantification ng targeted MRM (Multiple Reaction Monitoring) na teknolohiya. Ang daloy ng trabaho ay ang mga sumusunod: Una, ginagamit ang high-resolution mass spectrometry upang magsagawa ng ultra-high-coverage MS² scanning sa mga sample upang makuha ang MS² spectra ng "lahat" ng metabolites. Pagkatapos, isinasagawa ang tumpak na pagtukoy ng metabolite sa pamamagitan ng pagsasama sa isang high-resolution MS² library (na sumasaklaw sa mahigit 25,000 metabolites, na may maraming standard high-resolution MS² spectra para sa bawat metabolite). Susunod, kinukuha ang impormasyon ng MRM ion pair mula sa mass spectra upang magtatag ng isang partikular na library para sa mga sample. Panghuli, inilalapat ang triple quadrupole mass spectrometry na may teknolohiyang MRM para sa tumpak na quantification.
● Naka-target na Metabolomics
Ang targeted metabolomics ay nakatuon sa ilang target compound o lahat/bahagyang metabolite na kasangkot sa isang partikular na pathway. Gamit ang mga karaniwang sangkap, nagtatatag ito ng isang paraan ng pagtuklas na may matibay na ispesipisidad, mataas na sensitibidad, at mahusay na kakayahang maulit para sa pagkuwantipika at pagsusuri ng mga target compound. Gumagamit ito ng panlabas na pamantayan na sinamahan ng panloob na pamantayan para sa ganap na pagkuwantipika, kung saan ang linearity ng standard curve ay umaabot sa higit sa 0.99 at ang sensitibidad ay hanggang sa antas ng ng/mL.
Mga Kalamangan
●Plataporma ng Advanced na Pagtuklas
-Nilagyan ng mga nangungunang high-resolution mass spectrometer at triple quadrupole mass spectrometer, na nagbibigay-daan sa sabay-sabay na pagtukoy at pagsusuri ng libu-libong metabolite.
●Mga Komprehensibong Database
- Mga Pampublikong Database: Saklaw ang METLIN, KEGG, HMDB, NP Atlas, at Lipidmaps, na sumasaklaw sa mahigit 500,000 metabolite.
- Sa loob ng kumpanyaDatabase na Espesipiko sa Halaman: Naglalaman ng mahigit 25,000 metabolite, kabilang ang mga pangunahin at pangalawang metabolite.
- Sa loob ng kumpanyaDatabase na Espesipiko sa Hayop/Medikal: Kabilang ang mahigit 12,000 metabolite.
●Mahigpit na Sistema ng Kontrol sa Kalidad
-Mahigpit na kontrol sa kalidad na sumasaklaw sa katatagan ng instrumento, residue ng sangkap, QC sample PCA at pagsusuri ng ugnayan upang matiyak ang maaasahang kalidad ng datos.
●Mataas na Kapasidad sa Pagtuklas ng Metabolite
- HindiNaka-target na Metabolomics: Nakakatukoy ng average na mahigit 4,200 metabolite bawat pagtakbo, mainam para sa paggalugad ng mga hindi kilalang metabolite sa mga sample at pagtukoy ng mga metabolite sa mga kumplikadong sample.
- Malapad-Targeted Metabolomics (Halaman): Nakakakita ng average na mahigit 2,410 metabolite bawat pagtakbo, kabilang ang mga pangunahin at pangalawang metabolite.
- Malapad-Targeted Metabolomics (Hayop): Nakakakita ng average na mahigit 1,250 metabolites kada pagtakbo.
- Naka-target na Metabolomics: Mga Panelpara samaraming kategorya ng metabolite.
●Komprehensibong Pagsusuri
-Nag-aalok ng mahigit sa 10 aytem sa pagsusuri at mahigit sa 20 tsart ng biswalisasyon.
●Maingat na Serbisyo Pagkatapos ng Pagbebenta
-Nagbibigay ng konsultasyon pagkatapos ng benta at suporta sa interpretasyon ng huling ulat.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Solusyon | Plataporma | Mga inirerekomendang biyolohikal na replika |
|---|---|---|
| Hindi Naka-target na Metabolomics | UHPLC-TOF-MS (Waters Xevo G2-XS QTof) | Sampol ng halaman at mikrobyo: ≥ 6 Sampol ng hayop: ≥ 10 Klinikal na sampol: ≥ 30 Ang lahat ng mga biological replicate sample ay sinuri nang hiwalay. |
| Malawak na Naka-target na Metabolomics | Tubig Xevo G2-XS QTOF + AB Sciex QTRAP 6500+ | Sampol ng halaman: ≥ 3 |
| Naka-target na Metabolomics | UHPLC-QQQ-MS (AB Sciex QTRAP 6500+) GC-MS (Agilent 7890-5977, Agilent 7820-5977) | Sampol ng halaman: ≥ 3 Sampol ng hayop: ≥ 6 |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
Nagtataka ka ba kung ang iyong mga sample ay nakakatugon sa aming pamantayan? Pindutin dito para makuha ang amingmga pinakabagong kinakailangan sa sample.
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Koleksyon ng Halimbawa
Pagkuha ng Metabolite
Pagkuha ng Datos
Pagsusuri ng Datos
Paghahatid ng Datos
1. Ingay sa background at mababang kalidad ng pagproseso ng datos ng hilaw na datos
2. Pagtatasa ng Kalidad ng Datos
2.1 Pangunahing pagsusuri ng bahagi
2.2 Pagtatasa ng reproducibility
3. Anotasyon ng Metabolite
3.1 Anotasyon ng database ng KEGG
3.2 Anotasyon ng database ng HMDB
3.3 Anotasyon ng database ng Lipidmaps
4. Pagsusuri ng Datos ng Halimbawang Pagpapangkat (mga biyolohikal na replika≥3)
4.1 Pagsusuri ng pangunahing bahagi ng grupo
4.2 Orthogonal na bahagyang least squares discriminant analysis (OPLS-DA)
4.3 Pagsusuri ng metabolite na may pagkakaiba sa grupo
5. Pagkakaiba-ibang Pagpili ng Metabolite (mga biyolohikal na replika≥3)
5.1 Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng pagbabago ng fold
5.2 Differential metabolite volcano plot
5.3 Heatmap ng magkaibang kumpol ng metabolite
5.4 Plot ng ugnayan ng metabolite sa pagkakaiba-iba
5.5 Differential metabolite Z-score plot
5.6 Pagsusuri ng magkaibang metabolite radar plot
5.7 Differential metabolite violin plot
5.8 Plot ng kahon ng metabolite na may pagkakaiba
5.9 Pagsusuri ng functional anotation at pagpapayaman ng KEGG ng magkaibang metabolite
5.10 Pagsusuri ng kurba ng ROC
5.11 Pagkakaiba-ibang metabolite k-means clustering
5.12 Diagram ng Venn ng magkaibang metabolite
1. Pagtatasa ng Kalidad ng Datos
↑Cpagsusuri ng ugnayan(Sampol ng pagsubok/sampol ng QC)
↑Pagsusuri ng pangunahing bahagi ↑Pagsusuri ng kumpol ng metabolite
2. Anotasyon ng Metabolite
↑Anotasyon ng database ng KEGG↑Anotasyon ng database ng HMDB
↑Anotasyon ng database ng mga lipidmap
3. Pagsusuri ng Datos ng Halimbawang Pagpapangkat (mga biyolohikal na replika≥3)
↑Pagsusuri ng pangunahing bahagi ng grupo(2D/3D)
↑Orthogonal na bahagyang pinakamaliit na parisukat na diskriminanteng pagsusuri (OPLS-DA)
4. Pagkakaiba-ibang Pagpili ng Metabolite (mga biyolohikal na replika≥3)
↑Pagsusuri ng pagbabago ng differential fold↑Grapiko ng bulkan na may differential metabolite
↑Heatmap ng kumpol ng metabolite na may pagkakaiba↑Plot ng ugnayan ng metabolite na may diperensya
↑Grapiko ng Z-score ng metabolite na may diperensya↑Pagsusuri ng plot ng radar ng differential metabolite
↑Plot ng biyolin ng metabolite ng pagkakaiba↑Grapiko ng kahon ng metabolite na may diperensya
↑Anotasyon at pagsusuri ng pagpapayaman ng functional annotation ng KEGG ng differential metabolite
↑Pagsusuri ng kurba ng ROC↑Pagkumpol ng k-means na may diperensyal na metabolite
↑Differential metabolite Venn diagram
Wang X, Wang D, Liu X, Zhang H, Chen G, Xu M, Shen X, You C. Ang BEL1-like homeodomain transcription factor na SAWTOOTH1 (MdSAW1) sa Malus domestica ay nagpapahusay sa tolerance ng transgenic apple at Arabidopsis sa zinc excess stress. Int J Biol Macromol. Mayo 2025;307(Pt 3):141948. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2025.141948. Epub Marso 2025 10. PMID: 40074134.
Ain QU, Hussain HA, Rahman L, Zhang Q, Rehman A, Hussain S, Uddin S, Imran A. Interaktibong epekto ng mga berdeng nanoparticle na pinamagitan ng Moringa oleifera at mga arbuscular mycorrhizal fungi sa paglaki, arkitektura ng sistema ng ugat, at pagsipsip ng sustansya sa mais (Zea mays L.). Plant Physiol Biochem. 2025 Set;226:110063. doi: 10.1016/j.plaphy.2025.110063. Epub 2025 Mayo 24. PMID: 40441096.
Wang X, Luo J, Wang Q, Zhang Q, Zhao T, Liu Y, Li T, Liu X, Jiang J. Pinapagana ng Jasmonate ang isang modyul na parang SlJAZ2/3-SlMYC3 na kumokontrol sa pagsipsip ng K+ sa tugon ng kamatis sa mababang stress ng K+. J Integr Plant Biol. 2025 Agosto;67(8):2058-2077. doi: 10.1111/jipb.13941. Epub 2025 Mayo 28. PMID: 40432500.
