●Paghiwalay at pamamaraan ng paglilinang-free para sa microbial community profiling: Pagpapagana ng pagkakasunud -sunod ng genetic material mula sa hindi mapag -aalinlanganan na mga organismo.
●Mataas na resolusyon: Makita ang mga species ng mababang-kasaganaan sa mga sample ng kapaligiran.
●Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatics:Nakatuon hindi lamang sa pagkakaiba -iba ng taxonomic kundi pati na rin sa pagganap na pagkakaiba -iba ng komunidad.
●Malawak na karanasan:Sa pamamagitan ng isang track record ng matagumpay na pagsasara ng maraming mga proyekto ng metagenomics sa iba't ibang mga domain ng pananaliksik at pagproseso ng higit sa 200,000 mga halimbawa, ang aming koponan ay nagdadala ng isang kayamanan ng karanasan sa bawat proyekto.
Sequencing platform | Diskarte sa pagkakasunud -sunod | Inirerekomenda ang data | KONTROL CONTROL |
Illumina Novaseq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85% |
Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang Halaga (Ng) | Dami (µL) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lupa/Pludge: 2-3g
● Nilalaman ng Intestinal-Animal: 0.5-2g
● Mga nilalaman ng bituka-insekto: 0.1-0.25g
● ibabaw ng halaman (enriched sediment): 0.5-1g
● Fermentation Broth Enriched Sediment): 0.2-0.5g
● Faeces (malalaking hayop): 0.5-2g
● Faeces (mouse): 3-5Grains
● Pulmonary alveolar lavage fluid: filter paper
● Vaginal swab: 5-6 swabs
● Balat/genital swab/saliva/oral soft tissue/pharyngeal swab/rectal swab: 2-3 swabs
● Surface microorganism: 5-6 swab
● Waterbody/Air/Biofilm: Filter Paper
● Mga endophyte: 2-3g
● Dental Plaque: 0.5-1g
May kasamang sumusunod na pagsusuri:
● Kontrol ng kalidad ng data ng pagkakasunud -sunod
● Metagenome Assembly at hula ng gene
● Annotation ng Gene
● Pagtatasa ng pagkakaiba -iba ng alpha ng taxonomic
● Pag -andar ng Pagsusuri ng Komunidad: Biological Function, Metabolic, Antibiotic Resistance
● Pagtatasa sa parehong pagkakaiba -iba at pagkakaiba -iba ng taxonomic:
Pagsusuri ng pagkakaiba -iba ng beta
Pagsusuri ng Inter-Group
Pagtatasa ng Korelasyon: Sa pagitan ng mga kadahilanan sa kapaligiran at labas ng komposisyon at pagkakaiba -iba
Pag -andar ng Pag -andar: Paglaban sa antibiotic ng card
Pagkakaiba -iba ng Pagsusuri ng KEGG Metabolic Pathways: Heatmap ng mga makabuluhang landas
Alpha pagkakaiba -iba ng pamamahagi ng taxonomic: ACE index
Pagkakaiba -iba ng beta ng pamamahagi ng taxonomic: PCOA
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng pagkakasunud -sunod ng metagenome ng BMKGene kasama ang Illumina sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga publikasyon.
Hai, Q. et al. .Mga Frontier sa Microbiology, 14, p. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. .Journal of Hazardous Materials Advances, 9, p. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. .Mga Frontier sa Microbiology, 13, p. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. .Ang pagbabago, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. .Agham ng kabuuang kapaligiran, 887, p. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.