ØIsolation at cultivation-free para sa microbial community profiling
ØMataas na resolution sa pag-detect ng mga low-abundance na species sa mga sample ng kapaligiran
ØAng ideya ng "meta-" ay isinasama ang lahat ng biological na tampok sa antas ng pagganap, antas ng species at antas ng gene, na sumasalamin sa isang dynamic na pananaw na mas malapit sa katotohanan.
ØNag-iipon ang BMK ng napakalaking karanasan sa magkakaibang uri ng sample na may mahigit 10,000 sample na naproseso.
Pagsusunod-sunodPlatform | Aklatan | Inirerekomendang ani ng data | Tinantyang oras ng turn-around |
Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Mga Tag | 30 Araw |
üKontrol sa kalidad ng raw data
üPagpupulong ng metagenome
üNon-redundant gene set at anotasyon
üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng species
üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng genetic function
üPagsusuri sa pagitan ng pangkat
üPagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong kadahilanan
Para saMga extract ng DNA:
Uri ng Sample | Halaga | Konsentrasyon | Kadalisayan |
Mga extract ng DNA | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Para sa mga sample ng kapaligiran:
Uri ng sample | Inirerekomendang pamamaraan ng sampling |
Lupa | Sampling amount: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation. |
Mga dumi | Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon. |
Mga nilalaman ng bituka | Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes. |
Putik | Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon |
Katawan ng tubig | Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Magtipon ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube. |
Balat | Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube. |
I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.
1.Histogram: Pamamahagi ng mga species
2. Mga functional na gene na naka-annotate sa KEGG metabolic pathways
3. Heat map: Mga differential na function batay sa kamag-anak na kasaganaan ng gene4.Circos ng CARD antibiotic resistance genes
Kaso ng BMK
Paglaganap ng mga gene na lumalaban sa antibiotic at bacterial pathogen sa kahabaan ng soil-mangrove root continuum
Nai-publish:Journal of Hazardous Materials, 2021
Diskarte sa pagkakasunud-sunod:
Mga Materyales:DNA extracts ng apat na fragment ng mangrove root associated samples: unplanted soil, rhizosphere, episphere at endosphere compartments
Platform: Illumina HiSeq 2500
Mga Target: Metagenome
16S rRNA gene V3-V4 rehiyon
Mga pangunahing resulta
Ang metagenomic sequencing at metabarcoding profiling sa soil-root continuum ng mangrove saplings ay naproseso upang mapag-aralan ang dissemination ng antibiotic resistance genes (ARGs) mula sa lupa patungo sa mga halaman.Ang metagenomic data ay nagsiwalat na 91.4% ng mga antibiotic resistance genes ay karaniwang nakikilala sa lahat ng apat na compartment ng lupa na binanggit sa itaas, na nagpakita ng tuluy-tuloy na paraan.Ang 16S rRNA amplicon sequencing ay nakabuo ng 29,285 sequence, na kumakatawan sa 346 species.Ang pagsasama sa pag-profile ng mga species sa pamamagitan ng pagkakasunud-sunod ng amplicon, ang pagpapakalat na ito ay natagpuan na independyente sa microbiota na nauugnay sa ugat, gayunpaman, maaari itong mapadali ng mobile ng mga genetic na elemento.Tinukoy ng pag-aaral na ito ang daloy ng mga ARG at pathogen mula sa lupa patungo sa mga halaman sa pamamagitan ng magkakaugnay na soil-root continuum.
Sanggunian
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Paglaganap ng mga gene na lumalaban sa antibiotic at bacterial pathogens sa kahabaan ng ground–mangrove root continuum.Journal ng Mapanganib na Materyal, 408, 124985.