Metagenomic Sequencing -NGS

Ang metagenome ay tumutukoy sa isang koleksyon ng kabuuang genetic na materyal ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng environmental metagenome, metagenome ng tao, atbp. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong cultivatable at uncultivatable microorganisms.Ang metagenomic sequencing ay isang molekular na tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at correlation network na may mga kadahilanan sa kapaligiran.

Platform:Illumina NovaSeq6000

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Isolation at cultivation-free para sa microbial community profiling

● Mataas na resolution sa pag-detect ng mababang-saganang species sa mga sample ng kapaligiran

● Ang ideya ng "meta-" ay isinasama ang lahat ng biological features sa functional level, species level at gene level, na nagpapakita ng dynamic na view na mas malapit sa realidad.

● Nag-iipon ang BMK ng napakalaking karanasan sa magkakaibang uri ng sample na may mahigit 10,000 sample na naproseso.

Mga Detalye ng Serbisyo

Platform	Pagsusunod-sunod	Inirerekomendang data	Oras ng turnaround
Illumina NovaSeq 6000	PE150	6 G/10 G/20 G	45 araw ng trabaho

Pagsusuri ng bioinformatics

● Kontrol sa kalidad ng raw data

● Metagenome assembly

● Non-redundant gene set at anotasyon

● Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng mga species

● Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng genetic function

● Pagsusuri sa pagitan ng pangkat

● Pagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong salik

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Para saMga extract ng DNA:

Uri ng Sample	Halaga	Konsentrasyon	Kadalisayan
Mga extract ng DNA	＞ 100 ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample ng kapaligiran:

Uri ng sample	Inirerekomendang pamamaraan ng sampling
Lupa	Dami ng sampling: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga dumi	Dami ng sampling: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga nilalaman ng bituka	Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;I-centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes.
Putik	Dami ng sampling: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katawan ng tubig	Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Mangolekta ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube.
Balat	Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube.

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Paghahatid ng sample

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Metagenomic Sequencing-Nanopore

Susunod: Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)

1.Histogram: Pamamahagi ng mga species

2. Mga functional na gene na naka-annotate sa KEGG metabolic pathways

3. Heat map: Mga differential na function batay sa relatibong kasaganaan ng gene4.Circos ng CARD antibiotic resistance genes

Kaso ng BMK

Paglaganap ng mga gene na lumalaban sa antibiotic at bacterial pathogens sa kahabaan ng soil-mangrove root continuum

Nai-publish:Journal of Hazardous Materials, 2021

Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

Mga Materyal: Mga extract ng DNA ng apat na fragment ng mga sample na nauugnay sa ugat ng bakawan: hindi nakatanim na lupa, rhizosphere, episphere at endosphere compartments
Platform: Illumina HiSeq 2500
Mga Target: Metagenome
16S rRNA gene V3-V4 rehiyon

Mga pangunahing resulta

Ang metagenomic sequencing at metabarcoding profiling sa soil-root continuum ng mangrove saplings ay naproseso upang mapag-aralan ang dissemination ng antibiotic resistance genes (ARGs) mula sa lupa patungo sa mga halaman.Ang metagenomic data ay nagsiwalat na 91.4% ng mga antibiotic resistance genes ay karaniwang nakikilala sa lahat ng apat na compartment ng lupa na binanggit sa itaas, na nagpakita ng tuluy-tuloy na paraan.Ang 16S rRNA amplicon sequencing ay nakabuo ng 29,285 sequence, na kumakatawan sa 346 species.Ang pagsasama-sama sa pag-profile ng mga species sa pamamagitan ng pagkakasunud-sunod ng amplicon, ang pagpapakalat na ito ay natagpuan na independyente sa microbiota na nauugnay sa ugat, gayunpaman, maaari itong mapadali ng mobile ng mga genetic na elemento.Tinukoy ng pag-aaral na ito ang daloy ng mga ARG at pathogen mula sa lupa patungo sa mga halaman sa pamamagitan ng magkakaugnay na soil-root continuum.

Sanggunian

Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Paglaganap ng mga gene na lumalaban sa antibiotic at bacterial pathogens sa kahabaan ng soil–mangrove root continuum.Journal ng Mapanganib na Materyal, 408, 124985.