page_head_bg

Mga produkto

Metagenomic Sequencing (NGS)

Ang metagenome ay tumutukoy sa isang koleksyon ng kabuuang genetic na materyal ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng environmental metagenome, human metagenome, atbp. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong cultivatable at uncultivatable microorganisms.Ang metagenomic sequencing ay isang molekular na tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at correlation network na may mga kadahilanan sa kapaligiran.

Platform:Illumina NovaSeq6000


Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

ØIsolation at cultivation-free para sa microbial community profiling

ØMataas na resolution sa pag-detect ng mga low-abundance na species sa mga sample ng kapaligiran

ØAng ideya ng "meta-" ay isinasama ang lahat ng biological na tampok sa antas ng pagganap, antas ng species at antas ng gene, na sumasalamin sa isang dynamic na pananaw na mas malapit sa katotohanan.

ØNag-iipon ang BMK ng napakalaking karanasan sa magkakaibang uri ng sample na may mahigit 10,000 sample na naproseso.

Mga Detalye ng Serbisyo

Pagsusunod-sunodPlatform

Aklatan

Inirerekomendang ani ng data

Tinantyang oras ng turn-around

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Mga Tag

30 Araw

Pagsusuri ng bioinformatics

üKontrol sa kalidad ng raw data

üPagpupulong ng metagenome

üNon-redundant gene set at anotasyon

üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng species

üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng genetic function

üPagsusuri sa pagitan ng pangkat

üPagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong kadahilanan

2

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Para saMga extract ng DNA:

Uri ng Sample

Halaga

Konsentrasyon

Kadalisayan

Mga extract ng DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample ng kapaligiran:

Uri ng sample

Inirerekomendang pamamaraan ng sampling

Lupa

Sampling amount: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.

Mga dumi

Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.

Mga nilalaman ng bituka

Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes.

Putik

Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon

Katawan ng tubig

Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Magtipon ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube.

Balat

Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube.

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

logo_02

Paghahatid ng sample

logo_04

Paggawa ng aklatan

logo_05

Pagsusunod-sunod

logo_06

Pagsusuri sa datos

logo_07

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • 1.Histogram: Pamamahagi ng mga species

    3

    2. Mga functional na gene na naka-annotate sa KEGG metabolic pathways

    4

    3. Heat map: Mga differential na function batay sa kamag-anak na kasaganaan ng gene54.Circos ng CARD antibiotic resistance genes

    6

    Kaso ng BMK

    Paglaganap ng mga gene na lumalaban sa antibiotic at bacterial pathogen sa kahabaan ng soil-mangrove root continuum

    Nai-publish:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

    Mga Materyales:DNA extracts ng apat na fragment ng mangrove root associated samples: unplanted soil, rhizosphere, episphere at endosphere compartments
    Platform: Illumina HiSeq 2500
    Mga Target: Metagenome
    16S rRNA gene V3-V4 rehiyon

    Mga pangunahing resulta

    Ang metagenomic sequencing at metabarcoding profiling sa soil-root continuum ng mangrove saplings ay naproseso upang mapag-aralan ang dissemination ng antibiotic resistance genes (ARGs) mula sa lupa patungo sa mga halaman.Ang metagenomic data ay nagsiwalat na 91.4% ng mga antibiotic resistance genes ay karaniwang nakikilala sa lahat ng apat na compartment ng lupa na binanggit sa itaas, na nagpakita ng tuluy-tuloy na paraan.Ang 16S rRNA amplicon sequencing ay nakabuo ng 29,285 sequence, na kumakatawan sa 346 species.Ang pagsasama sa pag-profile ng mga species sa pamamagitan ng pagkakasunud-sunod ng amplicon, ang pagpapakalat na ito ay natagpuan na independyente sa microbiota na nauugnay sa ugat, gayunpaman, maaari itong mapadali ng mobile ng mga genetic na elemento.Tinukoy ng pag-aaral na ito ang daloy ng mga ARG at pathogen mula sa lupa patungo sa mga halaman sa pamamagitan ng magkakaugnay na soil-root continuum.

    Sanggunian

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Paglaganap ng mga gene na lumalaban sa antibiotic at bacterial pathogens sa kahabaan ng ground–mangrove root continuum.Journal ng Mapanganib na Materyal, 408, 124985.

    kumuha ka ng kota

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: