Metagenomic Sequencing -ngs
Ang isang metagenome ay isang koleksyon ng kabuuang genetic na materyal ng isang halo -halong pamayanan ng mga organismo, tulad ng mga metagenome sa kapaligiran at tao. Naglalaman ito ng mga genom ng parehong malilinang at hindi mapag -aalinlanganan na mga microorganism. Ang pagkakasunud -sunod ng Shotgun metagenomic na may NGS ay nagbibigay -daan sa pag -aaral ng mga masalimuot na genomic na mga landscape na naka -embed sa mga sample ng kapaligiran sa pamamagitan ng pagbibigay ng higit sa taxonomic profiling, na nagbibigay din ng butil na pananaw sa pagkakaiba -iba ng mga species, kasaganaan ng dinamika, at kumplikadong mga istruktura ng populasyon. Higit pa sa mga pag -aaral ng taxonomic, ang shotgun metagenomics ay nag -aalok din ng isang functional genomics na pananaw, na nagpapagana sa paggalugad ng mga naka -encode na gen at ang kanilang mga putative na papel sa mga proseso ng ekolohiya. Sa wakas, ang pagtatatag ng mga network ng ugnayan sa pagitan ng mga elemento ng genetic at mga kadahilanan sa kapaligiran ay nag -aambag sa isang holistic na pag -unawa sa masalimuot na interplay sa pagitan ng mga komunidad ng microbial at ang kanilang ekolohiya na background. Sa konklusyon, ang pagkakasunud -sunod ng metagenomic ay nakatayo bilang isang pivotal na instrumento para sa paglutas ng genomic intricacy ng magkakaibang mga komunidad ng microbial, na nagpapaliwanag ng mga multifaceted na relasyon sa pagitan ng genetika at ekolohiya sa loob ng mga kumplikadong ekosistema na ito.
Mga platform: Illumina Novaseq at Dnbseq-T7
Mga kalamangan sa serbisyo
●Paghiwalay at pamamaraan ng paglilinang-free para sa microbial community profiling: Pagpapagana ng pagkakasunud -sunod ng genetic material mula sa hindi mapag -aalinlanganan na mga organismo.
●Mataas na resolusyon: Makita ang mga species ng mababang-kasaganaan sa mga sample ng kapaligiran.
●Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatics:Nakatuon hindi lamang sa pagkakaiba -iba ng taxonomic kundi pati na rin sa pagganap na pagkakaiba -iba ng komunidad.
●Malawak na karanasan:Sa pamamagitan ng isang track record ng matagumpay na pagsasara ng maraming mga proyekto ng metagenomics sa iba't ibang mga domain ng pananaliksik at pagproseso ng higit sa 200,000 mga halimbawa, ang aming koponan ay nagdadala ng isang kayamanan ng karanasan sa bawat proyekto.
Mga pagtutukoy sa serbisyo
| Sequencing platform | Diskarte sa pagkakasunud -sunod | Inirerekomenda ang data | KONTROL CONTROL |
| Illumina Novaseq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85% |
Mga kinakailangan sa serbisyo
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang Halaga (Ng) | Dami (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lupa/Pludge: 2-3g
● Nilalaman ng Intestinal-Animal: 0.5-2g
● Mga nilalaman ng bituka-insekto: 0.1-0.25g
● ibabaw ng halaman (enriched sediment): 0.5-1g
● Fermentation Broth Enriched Sediment): 0.2-0.5g
● Faeces (malalaking hayop): 0.5-2g
● Faeces (mouse): 3-5Grains
● Pulmonary alveolar lavage fluid: filter paper
● Vaginal swab: 5-6 swabs
● Balat/genital swab/saliva/oral soft tissue/pharyngeal swab/rectal swab: 2-3 swabs
● Surface microorganism: 5-6 swab
● Waterbody/Air/Biofilm: Filter Paper
● Mga endophyte: 2-3g
● Dental Plaque: 0.5-1g
Daloy ng trabaho sa serbisyo
Halimbawang paghahatid
Konstruksyon ng Library
Pagkakasunud -sunod
Pagtatasa ng data
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
May kasamang sumusunod na pagsusuri:
● Kontrol ng kalidad ng data ng pagkakasunud -sunod
● Metagenome Assembly at hula ng gene
● Annotation ng Gene
● Pagtatasa ng pagkakaiba -iba ng alpha ng taxonomic
● Pag -andar ng Pagsusuri ng Komunidad: Biological Function, Metabolic, Antibiotic Resistance
● Pagtatasa sa parehong pagkakaiba -iba at pagkakaiba -iba ng taxonomic:
Pagsusuri ng pagkakaiba -iba ng beta
Pagsusuri ng Inter-Group
Pagtatasa ng Korelasyon: Sa pagitan ng mga kadahilanan sa kapaligiran at labas ng komposisyon at pagkakaiba -iba
Pag -andar ng Pag -andar: Paglaban sa antibiotic ng card
Pagkakaiba -iba ng Pagsusuri ng KEGG Metabolic Pathways: Heatmap ng mga makabuluhang landas
Alpha pagkakaiba -iba ng pamamahagi ng taxonomic: ACE index
Pagkakaiba -iba ng beta ng pamamahagi ng taxonomic: PCOA
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng pagkakasunud -sunod ng metagenome ng BMKGene kasama ang Illumina sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga publikasyon.
Hai, Q. et al. .Mga Frontier sa Microbiology, 14, p. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. .Journal of Hazardous Materials Advances, 9, p. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. .Mga Frontier sa Microbiology, 13, p. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. .Ang pagbabago, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. .Agham ng kabuuang kapaligiran, 887, p. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
