Pagsunod-sunod ng Metagenomic -NGS
Ang metagenome ay isang koleksyon ng kabuuang genetic material ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng mga metagenome sa kapaligiran at tao. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong nabubungkal at hindi nabubungkal na mga mikroorganismo. Ang shotgun metagenomic sequencing gamit ang NGS ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng mga masalimuot na genomic landscape na ito na nakabaon sa mga environmental sample sa pamamagitan ng pagbibigay ng higit pa sa taxonomic profiling, na nagbibigay din ng mga detalyadong pananaw sa pagkakaiba-iba ng mga species, dynamics ng kasaganaan, at mga kumplikadong istruktura ng populasyon. Higit pa sa mga pag-aaral sa taxonomic, ang shotgun metagenomics ay nag-aalok din ng isang functional genomics perspective, na nagbibigay-daan sa paggalugad ng mga naka-encode na gene at ang kanilang mga posibleng papel sa mga prosesong ekolohikal. Panghuli, ang pagtatatag ng mga correlation network sa pagitan ng mga genetic element at mga environmental factor ay nakakatulong sa isang holistic na pag-unawa sa masalimuot na interplay sa pagitan ng mga microbial community at ng kanilang ecological background. Bilang konklusyon, ang metagenomic sequencing ay nagsisilbing isang mahalagang instrumento para sa paglutas ng mga genomic intricacies ng magkakaibang microbial community, na nagbibigay-liwanag sa maraming aspeto ng mga relasyon sa pagitan ng genetics at ecology sa loob ng mga kumplikadong ecosystem na ito.
Mga Plataporma: Illumina NovaSeq at DNBSEQ-T7
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Paraan ng Paghihiwalay at Paglilinang na Walang Pamamaraan para sa Pag-profile ng Komunidad ng Mikrobyo: Pagpapagana ng sequencing ng genetic material mula sa mga organismong hindi nabubungkal.
●Mataas na Resolusyon: Tuklasin ang mga uri ng hayop na mababa ang kasaganaan sa mga sample sa kapaligiran.
●Komprehensibong Pagsusuri ng Bioinformatika:Nakatuon hindi lamang sa pagkakaiba-iba ng taxonomy kundi pati na rin sa functional diversity ng komunidad.
●Malawak na Karanasan:Taglay ang rekord ng matagumpay na pagsasara ng maraming proyekto ng metagenomics sa iba't ibang larangan ng pananaliksik at pagproseso ng mahigit 200,000 sample, ang aming koponan ay nagdadala ng saganang karanasan sa bawat proyekto.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Plataporma ng pagkakasunod-sunod | Istratehiya sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang datos | Kontrol ng kalidad |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Mga Kinakailangan sa Serbisyo
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang halaga (ng) | Dami (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lupa/putik: 2-3g
● Bituka ng hayop: 0.5-2g
● Mga laman ng bituka-insekto: 0.1-0.25g
● Ibabaw ng halaman (pinayaman na latak): 0.5-1g
● Latak na pinayaman ng sabaw ng pagbuburo): 0.2-0.5g
● Tae (malalaking hayop): 0.5-2g
● Tae (daga): 3-5 butil
● Pulmonary alveolar lavage fluid: filter paper
● Pamunas sa ari: 5-6 na pamunas
● Pamunas sa balat/ari/laway/malambot na tisyu sa bibig/pamunas sa pharynx/pamunas sa tumbong: 2-3 pamunas
● Mikroorganismo sa ibabaw: 5-6 na pamunas
● Tubig/hangin/biofilm: papel na pansala
● Mga Endophyte: 2-3g
● Plaka ng Ngipin: 0.5-1g
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:
● Pagkontrol sa kalidad ng datos sa pagkakasunod-sunod
● Pag-assemble ng metagenome at paghula ng gene
● Anotasyon ng gene
● Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng alpha sa taksonomiya
● Pagsusuring pang-andar ng komunidad: biyolohikal na tungkulin, metabolismo, resistensya sa antibiotic
● Pagsusuri sa parehong functional at taxonomic diversity:
Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng Beta
Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo
Pagsusuri ng ugnayan: sa pagitan ng mga salik sa kapaligiran at komposisyon at pagkakaiba-iba ng OUT
Pagsusuring pang-functional: Resistensya sa antibiotic ng CARD
Pagkakaiba-ibang pagsusuri ng mga pathway ng metabolismo ng KEGG: heatmap ng mga makabuluhang pathway
Alpha diversity ng taxonomic distribution: ACE index
Beta diversity ng taxonomic distribution: PCoA
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng metagenome sequencing ng BMKGene kasama ang Illumina sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Hai, Q. et al. (2023) 'Pagsusuring metagenomic at metabolomic ng mga pagbabago sa mga nilalaman ng bituka ng rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) na nahawaan ng nakakahawang hematopoietic necrosis virus sa iba't ibang temperatura ng tubig na pinag-aralan',Mga Hangganan sa Mikrobiyolohiya, 14, pahina 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mga komunidad ng mikrobyo, mga gene ng resistensya, at mga panganib na lumalaban sa mga lawa sa lungsod na may iba't ibang estado ng trophic: Mga panloob na ugnayan at mga panlabas na impluwensya',Journal ng mga Pagsulong sa Mapanganib na Materyales, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Isiniwalat ng Metagenomic Analysis ang mga Pagkakaiba sa Komposisyon at Tungkulin sa Pagitan ng mga Mikroorganismong Kaugnay ng Likido at Solido ng Rumen ng Tupa',Mga Hangganan sa Mikrobiyolohiya, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Binabago ng napakatabang microbiota na nagmula sa Ningxiang na baboy ang metabolismo ng carnitine upang maitaguyod ang pagdeposito ng fatty acid sa kalamnan sa mga payat na baboy na may DLY',Ang Inobasyon, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Mga pananaw sa metagenomic sa mga potensyal na panganib ng kinatawan na bio/hindi nabubulok na plastik at mga hindi plastik na debris sa itaas at ibabang bahagi ng Haihe Estuary, Tsina',Agham ng Kabuuang Kapaligiran, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
