mRNA-seq (NGS) – Bago

Ang mRNA sequencing ay nagbibigay-daan sa pag-profile ng lahat ng mRNA transcript sa mga selula sa ilalim ng mga partikular na kondisyon at isang malawakang ginagamit na teknolohiya sa iba't ibang larangan ng pananaliksik. Ang BMKCloud De novo mRNA-seq pipeline ay idinisenyo upang suriin ang mga poly-A enriched sequencing library kapag walang magagamit na reference genome. Ang pipeline ay nagsisimula sa quality control, na sinusundan ngbagoPag-assemble ng transcript at pagpili ng unigene set. Hinuhulaan ng unigene structure analysis ang coding sequence (CDS) at simple sequence repeats (SSR). Kasunod nito, hinahanap ng differential expression analysis ang mga differentially expressed genes (DEG) sa mga nasubok na kondisyon, na sinusundan ng functional annotation at pagpapayaman ng mga DEG upang makakuha ng mga biological insight.