Buong-haba na transcriptome ng Nanopore

Ang nanopore transcriptome sequencing ay isang makapangyarihang pamamaraan para sa pag-sequence ng mga full-length cDNA, na tumpak na tumutukoy at nagbibilang ng mga transcript isoform. Ang BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline ay dinisenyo upang suriin ang datos ng RNA-Seq na nabuo sa platform ng Nanopore laban sa isang mataas na kalidad na well-annotated reference genome, na nagbibigay ng qualitative at quantitative analysis sa parehong antas ng gene at transcript. Pagkatapos ng quality control, nakukuha ang mga full-length non-chimeric (FLNC) sequence at ang mga consensus sequence ay ima-map sa reference genome upang alisin ang mga redundant transcript. Mula sa transcript set na ito, ang ekspresyon ay binibilang at ang mga differentially expressed genes at transcripts ay natutukoy at may functionally annotation. Kasama rin sa pipeline ang alternative polyadenylation (APA) analysis, alternative splicing analysis, simple sequence repeat (SSR) analysis, prediksyon ng lncRNA at mga kaukulang target, prediksyon ng coding sequences (CDS), gene family analysis, transcription factor analysis, prediksyon ng mga nobelang gene at functional annotation ng mga transcript.