Mga produkto

Non-Reference based mRNA Sequencing-Illumina

Ang mRNA sequencing ay gumagamit ng next-generation sequencing technique (NGS) para makuha ang messenger RNA(mRNA) form na Eukaryote sa partikular na panahon kung saan ina-activate ang ilang espesyal na function.Ang pinakamahabang transcript spliced ay tinawag na 'Unigene' at ginamit bilang reference sequence para sa kasunod na pagsusuri, na isang epektibong paraan upang pag-aralan ang molekular na mekanismo at regulatory network ng mga species nang walang reference.

Pagkatapos ng transcriptome data assembly at unigene functional annotation

(1)SSR analysis, CDS prediction at gene structure ay preformed.

(2) Ang dami ng unigene expression sa bawat sample ay isasagawa.

(3) Matutuklasan ang pagkakaiba-iba na ipinahayag na mga unigene sa pagitan ng mga sample (o grupo) batay sa unigene expression

(4) Isasagawa ang clustering, functional annotation at enrichment analysis ng differentially expressed unigenes

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga tampok

● Independent sa anumang reference na genome,

● Maaaring gamitin ang data upang suriin ang istruktura at pagpapahayag ng mga transcript

● Tukuyin ang mga variable na clipping site

Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Paghahatid ng resulta na nakabatay sa BMKCloud: Ang mga resulta ay inihahatid bilang data file at interactive na ulat sa pamamagitan ng BMKCloud platform, na nagbibigay-daan sa user-friendly na pagbabasa ng mga kumplikadong output ng pagsusuri at naka-customize na data mining batay sa karaniwang pagsusuri ng bioinformatics.

● Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta: Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta na may bisa sa loob ng 3 buwan pagkatapos makumpleto ang proyekto, kabilang ang pag-follow-up ng mga proyekto, pag-troubleshoot, mga resulta ng Q&A, atbp.

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Halaga (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel.

Para sa mga halaman: RIN≥6.5;

Para sa mga hayop: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

Tissue: Timbang(tuyo): ≥1 g
*Para sa tissue na mas maliit sa 5 mg, inirerekomenda naming magpadala ng flash frozen(sa liquid nitrogen) sample ng tissue.

Pagsuspinde ng cell: Bilang ng cell = 3×10⁷
*Inirerekomenda naming ipadala ang frozen cell lysate.Kung sakaling mas maliit ang cell na iyon sa 5×10⁵, inirerekomenda ang flash frozen sa likidong nitrogen.

Sampol ng dugo:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol at 2mL na dugo(TRIzol:Blood=3:1)

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan:
2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Pagpapadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
2.RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) at ipadala sa room temperature.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Eksperimento na disenyo

Paghahatid ng sample

Pagkuha ng RNA

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Mahabang non-coding sequencing-Illumina

Susunod: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatics

1.mRNA(denovo) Prinsipyo ng Pagpupulong

Sa pamamagitan ng Trinity, ang mga nabasa ay nahahati sa mas maliliit na piraso, na kilala bilang K-mer.Ang mga K-mer na ito ay gagamitin bilang mga buto na ipapalawak sa contigs at pagkatapos ay bahagi na batay sa contig overlappings.Sa wakas, inilapat si De Bruijn dito upang makilala ang mga transcript sa mga bahagi.

mRNA-(De-novo)-Pangkalahatang-ideya-ng-Trinity

mRNA (De novo) Pangkalahatang-ideya ng Trinity

2.mRNA (De novo) Distribusyon ng Gene Expression Level

Nagagawa ng RNA-Seq na makamit ang isang napaka-sensitibong pagtatantya ng pagpapahayag ng gene.Karaniwan, ang nakikitang hanay ng mga transcript expression na FPKM ay mula 10^-2 hanggang 10^6

mRNA-(De-novo)-Pamamahagi-ng-FPKM-density-sa-bawat-sample

mRNA (De novo) Pamamahagi ng density ng FPKM sa bawat sample

3.mRNA (De novo) GO Enrichment Analysis ng mga DEG

Ang database ng GO (Gene Ontology) ay isang structured na biological annotation system na naglalaman ng karaniwang bokabularyo ng mga function ng gene at gene products.Naglalaman ito ng maraming antas, kung saan mas mababa ang antas, mas tiyak ang mga pag-andar.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-sa-second-level

mRNA (De novo) GO na pag-uuri ng mga DEG sa ikalawang antas

Kaso ng BMK

Transcriptome Analysis ng Sucrose Metabolism sa panahon ng Bulb Pamamaga at Pag-unlad sa Sibuyas (Allium cepa L.)

Nai-publish: mga hangganan sa agham ng halaman，2016

Diskarte sa pagkakasunud-sunod

Illumina HiSeq2500

Sample ng koleksyon

Ang Utah Yellow Sweet Spain cultivar na "Y1351" ay ginamit sa pag-aaral na ito.Ang bilang ng mga sample na nakolekta ay
Ika-15 araw pagkatapos ng pamamaga (DAS) ng bombilya (2-cm diameter at 3-4 g weight), ika-30 DAS (5-cm diameter at 100-110 g weight), at ∼3 sa ika-40 DAS (7-cm diameter at 260–300 gramo).

Mga pangunahing resulta

1. sa Venn diagram, kabuuang 146 DEG ang nakita sa lahat ng tatlong pares ng mga yugto ng pag-unlad
2. Ang "carbohydrate transport at metabolism" ay kinakatawan ng 585 unigenes lamang (ibig sabihin, 7% ng annotated na COG).
3. Ang mga Unigenes na matagumpay na na-annotate sa GO database ay inuri sa tatlong pangunahing kategorya para sa tatlong magkakaibang yugto ng pagbuo ng bombilya.Karamihan sa mga kinakatawan sa pangunahing kategorya ng "biological process" ay "metabolic process", na sinusundan ng "cellular process".Sa pangunahing kategorya ng "molecular function" ang dalawang kategorya na pinakakinatawan ay "binding" at "catalytic activity".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Histogram ng mga kumpol ng orthologous groups (COG) na pag-uuri

Histogram ng gene ontology (GO) na pag-uuri para sa mga unigenes na nagmula sa mga bombilya sa tatlong yugto ng pag-unlad

Venn diagram na nagpapakita ng mga gene na naiibang ipinahayag sa alinmang dalawang yugto ng pagbuo ng bombilya ng sibuyas

Sanggunian

Zhang C, Zhang H , Zhan Z , et al.Transcriptome Analysis ng Sucrose Metabolism sa panahon ng Bulb Pamamaga at Pag-unlad sa Sibuyas (Allium cepa L.)[J].Frontiers sa Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425