Hindi Nakabatay sa Sanggunian na MRNA Sequencing-NGS
Mga Tampok
● Pagkuha ng poly mRNA bago ang paghahanda ng library
● Hindi nakadepende sa anumang genome na sanggunian: batay sa de novo assembly ng mga transcript, na bumubuo ng isang listahan ng mga unigene na may anotasyon gamit ang maraming database (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatic ng ekspresyon ng gene at istruktura ng transcript
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malawak na KadalubhasaanTaglay ang rekord ng pagproseso ng mahigit 600,000 sample sa BMKGENE, na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng sample tulad ng mga cell culture, tissue, at body fluid, ang aming koponan ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto. Matagumpay naming naisara ang mahigit 100,000 mRNA-Seq na proyekto sa iba't ibang larangan ng pananaliksik.
●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: ipinapatupad namin ang mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample at library hanggang sa sequencing at bioinformatics. Tinitiyak ng masusing pagsubaybay na ito ang paghahatid ng pare-parehong mataas na kalidad na mga resulta.
● Komprehensibong Anotasyon: gumagamit kami ng maraming database upang ma-annotate nang maayos ang mga Differentially Expressed Genes (DEG) at maisagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga pananaw sa mga prosesong cellular at molekular na pinagbabatayan ng tugon ng transcriptome.
●Suporta Pagkatapos ng PagbebentaAng aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
| Aklatan | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang datos | Kontrol ng Kalidad |
| Pinayaman ng Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa:
Mga Nukleotida:
| Konklusyon (ng/μl) | Dami (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥4.0; Para sa mga hayop: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
● Mga Halaman:
Ugat, Tangkay o Talulot: 450 mg
Dahon o Buto: 300 mg
Prutas: 1.2 g
● Hayop:
Puso o Bituka: 300 mg
Laman-loob o Utak: 240 mg
Kalamnan: 450 mg
Buto, Buhok o Balat: 1g
● Mga Arthropod:
Mga Insekto: 6g
Mga krustaseo: 300 mg
● Buong dugo1 tubo
● Mga Selula: 106 mga selula
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Padala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang i-empake sa mga supot at ibaon sa dry-ice.
2. Mga tubo na RNAstable: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo na nagpapatatag ng RNA (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng RNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Bioinformatika
Pagpupulong ng transcriptome at pagpili ng unigene
Anotasyon ng Unigene
Korelasyon ng sample at pagtatasa ng mga biyolohikal na replika
Mga Gene na May Differential Expression (DEG)
Anotasyon ng Paggana ng mga DEG
Pagpapayaman ng mga DEG sa Pagganap
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng eukaryotic NGS mRNA sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transcriptome assembly at sex-biased gene expression sa mga gonad ng Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Pagsusuri ng transkripto ng metabolismo ng sucrose habang namamaga at umuunlad ang bulb sa sibuyas (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Setyembre), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo assembly, characterization at anotasyon para sa transcriptome ng Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Ang de novo transcriptome analysis ay nagbibigay ng mga pananaw sa kakayahang tiisin ang asin ng Podocarpus macrophyllus sa ilalim ng stress sa kaasinan', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
