Solusyon ng PacBio 2+3 na Buong-Haba ng mRNA
Mga Tampok
● Disenyo ng pag-aaral:
Pinagsama-samang sample na sinuri gamit ang PacBio upang matukoy ang mga isoform ng transcript
Mga hiwalay na sample (mga replika at mga kondisyon na susuriin) na sinundan ngNGS upang mabilang ang ekspresyon ng transcript
● Pag-sequence ng PacBio sa CCS mode, na bumubuo ng mga HiFi read
● Pagsunod-sunod ng mga buong transcript
● Hindi kinakailangan ng pagsusuri ang isang reference genome; gayunpaman, maaari itong gamitin
● Kasama sa bioinformatic analysis hindi lamang ang ekspresyon sa antas ng gene at isoform kundi pati na rin ang pagsusuri ng lncRNA, gene fusions, poly-adenylation, at istruktura ng gene
Mga Kalamangan
● Mataas na Katumpakan: Ang HiFi ay nagbabasa nang may katumpakan na >99.9% (Q30), maihahambing sa NGS
● Pagsusuri ng Alternatibong PaghihiwalayAng pagkakasunod-sunod ng lahat ng transkrip ay nagbibigay-daan sa pagtukoy at paglalarawan ng isoform.
● Kombinasyon ng mga Lakas ng PacBio at NGSNagbibigay-daan ito sa pagkuwantipika ng ekspresyon sa antas ng isoform, na nagpapakita ng pagbabagong maaaring natatakpan kapag sinusuri ang buong ekspresyon ng gene
● Malawak na KadalubhasaanMahigit 2300 na sample ang aming naproseso, at ang aming koponan ay may dalang masaganang karanasan sa bawat proyekto.
● Suporta Pagkatapos ng PagbebentaAng aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
| Aklatan | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang datos | Kontrol ng Kalidad |
| Aklatan ng CCS ng mRNA na pinayaman ng PolyA | Karugtong II ng PacBio PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Pinayaman ng Poly A | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mga nukleotida
|
| Konklusyon (ng/μl) | Dami (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| Aklatan ng Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥4.0; Para sa mga hayop: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
| Aklatan ng PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | Mga Halaman: RIN≥7.5 Mga Hayop: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Padala:
1. Tuyong yelo:Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga supot at ibaon sa tuyong yelo.
2. Mga tubo na RNAstable: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo na nagpapatatag ng RNA (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.
Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:
- Hilaw na datos
- Kontrol ng kalidad
- Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)
- Pagsusuri ng transkripsyon ng fusion
- Pagsusuri ng Alternatibong Paghahati
- Pagsusuri ng Benchmarking ng Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
- Pagsusuri ng nobelang transcript: prediksyon ng mga coding sequence (CDS) at functional annotation
- Pagsusuri ng lncRNA: prediksyon ng lncRNA at mga target
- Pagkilala sa MicroSatelite (SSR)
- Pagsusuri ng mga Differentially Expressed Transcripts (DETs)
- Pagsusuri ng mga Differentially Expressed Genes (DEGs)
- Functional annotation ng mga DEG at DET
Pagsusuri ng BUSCO
Pagsusuri ng Alternatibong Paghahati
Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)
Pagsusuri ng mga Differentially Expressed Genes (DEGs) at Transcripts (DETs9)
Mga network ng interaksyon ng protina-protina ng mga DET at DEG
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng PacBio 2+3 full-length mRNA sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Chao, Q. et al. (2019) 'Ang dinamika ng pag-unlad ng Populus stem transcriptome',Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Mga Dinamikong Pagbabago sa Nilalaman ng Ascorbic Acid sa Panahon ng Pag-unlad at Pagkahinog ng Prutas ng Actinidia latifolia (isang Pananim na Prutas na Mayaman sa Ascorbate) at ang Kaugnay na mga Mekanismo ng Molekular',Pandaigdigang Dyornal ng mga Agham Molekular, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Mabisang prediksyon ng mga gene ng biosynthetic pathway na kasangkot sa mga bioactive polyphyllin sa Paris polyphylla',Biyolohiya sa Komunikasyon2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Pinagsamang Pagsusuri ng PacBio Iso-Seq at Illumina RNA-Seq ng mga Gene ng Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome at Cytochrome P450',Mga Insekto, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Isang survey ng transcriptome complexity gamit ang PacBio single-molecule real-time analysis na sinamahan ng Illumina RNA sequencing para sa mas mahusay na pag-unawa sa ricinoleic acid biosynthesis sa Ricinus communis',BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/MGA FIGURES/7.
