Pacbio Buong-haba na transcriptome

Ang PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, ay nagbibigay-daan sa tumpak na pagtukoy ng mga transcript isoform, na nagbibigay-liwanag sa alternatibong polyadenylation at splicing, at humahantong sa mas tumpak na pagsusuri ng ekspresyon ng gene. Ang BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome pipeline ay idinisenyo upang suriin ang mga cDNA libraries na naka-sequence sa Circular Consensus Sequencing (CCS) mode at tinutukoy ang mga Full-Length Non-Chimeric (FLNC) sequence, na pagkatapos ay pinagsasama-sama sa mga non-redundant transcript. Sinusuri ng kasunod na pagsusuri ng BUSCO ang pagkakumpleto ng transcriptome assembly. Mula sa binuong transcriptome, maraming pagsusuri ang isinasagawa: alternative splicing, simple sequence repeat (SSR), prediksyon ng lncRNA at mga kaukulang target gene, prediksyon ng mga nobelang gene, pagsusuri ng pamilya ng gene, pagsusuri ng transcription factor, at functional annotation ng mga transcript.