Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
Mga Kalamangan sa Serbisyo
Pagbuo ng mga sequencing platform at bioinformatics sade novopagpupulong ng genome
(Amarasinghe SL et al.,Genome Biology, 2020)
● Pagbuo ng mga nobelang genome at pagpapabuti ng mga kasalukuyang reference na genome para sa mga species ng interes.
● Mas mataas na katumpakan, pagpapatuloy at pagkakumpleto sa pagpupulong
● Pagbuo ng pangunahing mapagkukunan para sa pananaliksik sa sequence polymorphism, QTL, pag-edit ng gene, pag-aanak, atbp.
● Nilagyan ng buong spectrum ng mga third-generation sequencing platform: one-stop genome assembly solution
● Flexible sequencing at assembling na mga diskarte na tumutupad sa magkakaibang genome na may iba't ibang feature
● Highly skilled bioinformatician team na may mahusay na karanasan sa mga kumplikadong genome assemblies, kabilang ang polyploid, giant genome, atbp.
● Higit sa 100 matagumpay na kaso na may accumulative na-publish na impact factor na mahigit 900
● Turn-around-time na kasing bilis ng 3 buwan para sa chromosome-level genome assembly.
● Solid na teknikal na suporta na may serye ng mga patent at software copyright sa parehong pang-eksperimentong bahagi at bioinformatics.
Mga Detalye ng Serbisyo
|
Nilalaman
|
Platform
|
Haba ng Pagbasa
|
Saklaw
|
| Genome Survey
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genome Sequencing
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Reads
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Daloy ng trabaho
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
Mga Sample na Kinakailangan:
| Mga species | Tissue | Para sa PacBio | Para sa Nanopore |
| Mga hayop | Mga organo ng visceral (atay, pali, atbp.) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Kalamnan | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Dugo ng mga mammal | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Dugo ng isda o ibon | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Mga halaman | Mga sariwang dahon | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Petal o tangkay | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Mga ugat o buto | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Mga cell | Kultura ng cell | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Para sa karamihan ng mga sample, inirerekumenda namin na huwag itago sa ethanol.
Sample na pag-label: Ang mga sample ay kailangang malinaw na may label at magkapareho sa isinumiteng sample na form ng impormasyon.
Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Pagkuha ng DNA
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri sa datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
*Ang mga resulta ng demo na ipinapakita dito ay mula sa mga genome na na-publish gamit ang Biomarker Technologies
1.Circos sa chromosome-level genome assembly ngG. rotundifoliumsa pamamagitan ng Nanopore sequencing platform
Wang M et al.,Molecular Biology at Ebolusyon, 2021
2. Statistics ng Weining rye genome assembly at anotasyon
Li G et al.,Genetika ng Kalikasan, 2021
3.Gene prediction ngSechium edulegenome, na nagmula sa tatlong paraan ng paghula:De novohula, hula batay sa Homology at hula batay sa data ng RNA-Seq
Fu A et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021
4. Ang pagkakakilanlan ng buo na mahabang terminal ay umuulit sa tatlong cotton genome
Wang M et al.,Molecular Biology at Ebolusyon, 2021
5.Hi-C heat map ngC. acuminatagenome na nagpapakita ng genome-wide all-by-all na pakikipag-ugnayan.Ang intensity ng mga pakikipag-ugnayan ng Hi-C ay proporsyonal sa linear na distansya sa pagitan ng mga contig.Ang isang malinis na tuwid na linya sa mapa ng init na ito ay nagpapahiwatig ng isang napakatumpak na pag-angkla ng mga contig sa mga chromosome.(Contig anchoring ratio: 96.03%)
kang M et al.,Komunikasyon ng Kalikasan,2021
Kaso ng BMK
Ang isang mataas na kalidad na genome assembly ay nagha-highlight ng rye genomic na mga katangian at agronomically important genes
Nai-publish: Genetika ng Kalikasan, 2021
Diskarte sa pagkakasunud-sunod:
Genome assembly: PacBio CLR mode na may 20 kb library (497 Gb, approx. 63×)
Pagwawasto ng pagkakasunud-sunod: NGS na may 270 bp DNA library (430 Gb, humigit-kumulang 54×) sa platform ng Illumina
Contigs anchoring: Hi-C library(560 Gb, approx. 71×) sa Illumina platform
Optical na mapa: (779.55 Gb, humigit-kumulang 99×) sa Bionano Irys
Mga pangunahing resulta
1. Na-publish ang isang assembly ng Weining rye genome na may kabuuang laki ng genome na 7.74 Gb(98.74% ng tinantyang laki ng genome ayon sa flow cytometry).Nakamit ang Scaffold N50 ng assembly na ito ng 1.04 Gb.93.67% ng mga contig ay matagumpay na naka-angkla sa 7 pseudo-chromosome.Sinuri ang pagpupulong na ito sa pamamagitan ng linkage map, LAI at BUSCO, na nagresulta sa matataas na marka sa lahat ng pagsusuri.
2. Ang mga karagdagang pag-aaral sa comparative genomics, genetic linkage map, transcriptomics studies ay isinagawa batay sa genome na ito.Ang isang serye ng mga katangiang nauugnay sa genomic na mga tampok ay ipinahayag kabilang ang genome-wide gene duplications at ang kanilang epekto sa starch biosynthesis genes;pisikal na organisasyon ng kumplikadong prolamin loci, mga tampok ng gene expression na pinagbabatayan ng maagang heading trait at putative domestication-associated chromosomal regions at loci sa rye.
 Circos diagram sa genomic features ng Weining rye genome |  Pagsusuri ng evolutionary at chromosome synteny ng rye genome |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Ang isang mataas na kalidad na genome assembly ay nagha-highlight ng rye genomic na mga katangian at agronomically important genes.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
