Pagsunod-sunod ng Buong Genome ng Halaman/Hayop
Mga Tampok ng Serbisyo
Bago
Ang pamamaraang ito ay partikular na kapaki-pakinabang sa mga mapaghamong genome tulad ng mga may mataas na antas ng heterozygosity, paulit-ulit na mga rehiyon, polypoloid genome, abnormal na nilalaman ng CG, atbp.
Ang aming one-stop solution ay nagbibigay ng pinagsamang serbisyo sa sequencing at bioinformatic analysis na naghahatid ng de-kalidad na de novo assembled genome. Ang isang paunang genome survey kasama ang Illumina ay nagbibigay ng mga pagtatantya sa laki at pagiging kumplikado ng genome, at ang impormasyong ito ay ginagamit upang gabayan ang susunod na hakbang ng long-read sequencing gamit ang PacBio HiFi, na susundan ngbagopag-assemble ng mga contig. Ang kasunod na paggamit ng HiC assembly ay nagbibigay-daan sa pag-angkla ng mga contig sa genome, na nagreresulta sa isang chromosome-level assembly. Panghuli, ang genome ay nilagyan ng anotasyon sa pamamagitan ng prediksyon ng gene at sa pamamagitan ng pag-sequence ng mga expressed gene, na gumagamit ng mga transcriptome na may maikli at mahahabang pagbasa.
-- Pagsasama ng multiple sequencing at bioinformatic services sa isang one-stop solutionSerbisyong angkop para sa nobelang konstruksyon
-- mga genome o pagpapabuti ng mga umiiral na sangguniang genome para sa mga uri ng hayop na pinag-aaralan.
Muling Pagsusuri
-- Ang paghahanda ng aklatan ay maaaring karaniwan o walang PCR
-- Makukuha sa 4 na plataporma ng sequencing: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 o PacBio Revio.
-- Ang pagsusuring bioinformatiko ay nakatuon sa pagtawag ng variant: SNP, InDel, SV at CNV
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malawak na Kadalubhasaan at Rekord ng PublikasyonPara sabagomga serbisyo, nakapag-ipon kami ng malawak na karanasan sa mataas na kalidad na pag-assemble ng genome ng magkakaibang species, kabilang ang mga diploid genome at mga lubos na kumplikadong genome ng polyploid at allopolyploid species. Simula noong 2018, nakapag-ambag na kami sa mahigit 300 publikasyong may mataas na epekto, at mahigit 20 sa mga ito ay inilathala sa Nature Genetics. Sa muling pag-sequence ng genome, nakaipon kami ng mahigit 1000 species, na nagresulta sa mahigit 1000 nailathalang mga kaso na may pinagsama-samang impact factor na mahigit 5000.
●One-stop na Solusyon: BukasbagoSa pamamagitan ng sequencing, pinagsasama ng aming pinagsamang pamamaraan ang maraming teknolohiya ng sequencing at mga bioinformatic analyse sa isang magkakaugnay na daloy ng trabaho, na naghahatid ng isang mataas na kalidad na binuong genome.
●Iniayon sa Iyong mga PangangailanganAng aming daloy ng trabaho sa serbisyo ay maaaring ipasadya, na nagbibigay-daan sa pag-aangkop para sa mga genome na may magkakaibang tampok at mga partikular na pangangailangan sa pananaliksik.
●Mataas na Bihasang Bioinformatics at Laboratorial Team: Para man ito sabagoSa pamamagitan ng sequencing o re-sequencing, ang aming koponan ay may mga bihasang kagamitan at kaalaman upang matiyak ang tagumpay ng proyekto. Ito ay mapapatunayan ng serye ng mga patente at copyright ng software na kanilang binuo.
● Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
●Komprehensibong Pagsusuri ng Bioinformatika: Kabilang ang pagtawag ng baryasyon at anotasyon ng function.
●Komprehensibong Anotasyon para sa SequencingGumagamit kami ng maraming database upang magamit ang mga gene na may mga natukoy na baryasyon at isagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga insight sa iyong mga proyekto sa pananaliksik.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Mga baryante na dapat tukuyin | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang lalim |
| SNP at InDel | Illumina NovaSeq PE150 o MGI T7 | 10x |
| SV at CNV (hindi gaanong tumpak) | 30x | |
| SV at CNV (mas tumpak) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| Mga SNP, Indels, SV at CNV | PacBio Revio | 10x |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
| Mga nucleic acid na gawa sa tisyu o kinuha | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Laman ng Hayop | 0.5-1 gramo | ≥ 3.5 gramo
| ≥ 3.5 gramo
| ||
| Kalamnan ng Hayop | ≥ 5 gramo
| ≥ 5 gramo
| |||
| Dugo ng Mammal | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Dugo ng Manok/Isda | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Halaman - Sariwang Dahon | 1-2 gramo | ≥ 2 gramo
| ≥ 5 gramo
| ||
| Mga Kulturang Selula |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Malambot na tisyu/Indibidwal na insekto | 0.5-1 gramo | ≥ 1 gramo
| ≥ 3 gramo
| ||
| Kinuhang DNA
| Konsentrasyon: ≥ 1 ng/ µL Dami: ≥ 30 ng Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon
| Konsentrasyon Halaga
OD260/280
OD260/230
Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/daloy ng selula/sample
1.7-2.2
≥1.5 | Konsentrasyon Halaga
OD260/280
OD260/230
Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon | ≥ 50 ng/µL 10 µg/daloy ng selula/sample
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Paghahanda ng Aklatan na Walang PCR: Konsentrasyon ≥ 40 ng/ µL Dami ≥ 500 ng | |||||
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng DNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Paghahatid ng datos
Bagopipeline ng bioinformatika
Kung gusto mong makita ang pangkalahatang-ideya ng aming iba't ibang pipeline para sa assembly:
Kumpletong pagsusuring bioinformatiko, na pinaghihiwalay sa 4 na hakbang:
1. Survey ng genome, batay sa pagsusuri ng k-mer gamit ang mga pagbasa ng NGS.Magbibigay ito sa atin ng impormasyon tungkol sa:
- Pagtatantya ng laki ng genome
- Pagtatantya ng heterozygosity
- Pagtatantya ng mga paulit-ulit na rehiyon
2. Pag-assemble ng Genome gamit ang PacBio HiFi.Ang paggamit ng mahahabang pagbasa ay magbibigay sa atin ng:
- Bagopagpupulong
- Pagtatasa ng assembly: kabilang ang pagsusuri ng BUSCO para sa pagkakumpleto ng genome at pagmamapa pabalik ng mga pagbasa ng NGS at PacBio HiFi
3. Pag-assemble ng Hi-C.Kapag natapos na natin ang assembly, ang pagkakaroon ng impormasyon tungkol sa genome 3D structure ay magpapalalim ng kaalaman at magpapayaman sa reference genome na ating binubuo.
- Hi-C library QC upang tantyahin ang mga wastong interaksyon sa Hi-C.
- Hi-C assembly. Gagawin natin ang clustering ng mga contig sa mga grupo, na susundan ng pag-aayos ng contig sa loob ng bawat grupo at pagtatalaga ng oryentasyon ng contig.
- Pagsusuri ng Mataas na C
4. Anotasyon ng genome:
- Prediksyon ng RNA na hindi nagko-code
- Pagtukoy sa mga paulit-ulit na sequence (mga transposon at tandem repeat)
- Prediksyon ng gene
- Bago: mga algorithm ng ab initio
- Batay sa homolohiya
- Batay sa transcriptome, na may mahahabang at maiikling pagbasa: ang mga pagbasa aybagobinuo o iminapa sa draft genome
- Anotasyon ng mga hinulaang gene na may maraming database
Muling pagsunud-sunodpipeline ng bioinformatika
Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:
- Kontrol sa Kalidad ng Hilaw na Datos
- Mga istatistika ng pagkakahanay sa sangguniang genome
- Pagkilala sa baryante: SNP, InDel, SV at CNV
- Anotasyon ng mga variant sa paggana
Mga istatistika ng pagkakahanay sa sangguniang genome - distribusyon ng lalim ng sequencing
Pagtawag ng SNP sa maraming sample
Pagkilala sa InDel – mga estadistika ng haba ng InDel sa rehiyon ng CDS at sa rehiyon sa buong genome
Distribusyon ng baryante sa buong genome – Circos plot
Anotasyon ng mga gene na may mga natukoy na variant – Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'Tinutukoy ng glutathione S-transferase GhTT19 ang pigmentasyon ng talulot ng bulaklak sa pamamagitan ng pag-regulate ng akumulasyon ng anthocyanin sa bulak',Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Ang genome ng Hevea brasiliensis na nasa antas ng kromosoma ay nagbibigay ng mga bagong kagamitan para sa genomic-assisted breeding at mahahalagang loci upang mapataas ang ani ng goma',Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Ipinapakita ng mga sequence ng genome ang mga pandaigdigang ruta ng pagpapakalat at nagmumungkahi ng mga convergent genetic adaptation sa ebolusyon ng seahorse',Komunikasyon sa Kalikasan, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Ang Malawakang Pagbabago ng Kromosomal ay Humantong sa mga Pagbabago sa Ekspresyon sa Antas ng Genome, Adaptasyon sa Kapaligiran, at Espesipikasyon sa Gayal (Bos frontalis)',Molekular na Biyolohiya at Ebolusyon, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Pag-assemble ng genome at genetic dissection ng isang kilalang germplasm ng mais na lumalaban sa tagtuyot',Henetika ng Kalikasan 202355:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Pagbubunyag ng ebolusyon ng biosynthesis ng tropane alkaloid sa pamamagitan ng pagsusuri ng dalawang genome sa pamilyang Solanaceae',Komunikasyon sa Kalikasan2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'Ang pagsusuri ng mga pagbabago sa genome at methylation sa mga katutubong manok ng Tsina sa paglipas ng panahon ay nagbibigay ng pananaw sa konserbasyon ng mga uri',Biyolohiya sa Komunikasyon, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Mga mapaghamong pag-aaral ng kaso:
Pagsasama-sama ng Telomere-to-telomere:Fu, A. et al. (2023) 'Ang pagsasama-sama ng genome ng ampalaya (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) mula telomere hanggang telomere ay nagpapakita ng pag-unlad, komposisyon, at mga katangiang henetiko ng prutas',Pananaliksik sa Hortikultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Pagsasama-sama ng Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Ang genome na tinukoy ng allele ay nagpapakita ng biallelic differentiation sa panahon ng ebolusyon ng cassava',Halamang Molekular, 14(6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Pagsasama-sama ng higanteng genome:Yuan, J. et al. (2022) 'Batas ng genomiko ng mga giga-chromosome at giga-genome ng tree peony na Paeonia ostii',Komunikasyon sa Kalikasan2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Pagsasama-sama ng genome ng polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Mga pananaw sa genomic sa kamakailang pagbawas ng chromosome ng autopolyploid na tubo na Saccharum spontaneum',Genetika ng Kalikasan 202254:6, 54(6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
