-
Interaksyon ng Chromatin na nakabatay sa Hi-C
Ang Hi-C ay isang pamamaraan na idinisenyo upang makuha ang genomic configuration sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based interactions at high-throughput sequencing. Ang pamamaraan ay batay sa chromatin crosslinking na may formaldehyde, na sinusundan ng digestion at re-ligation sa paraang tanging ang mga fragment na covalently linked lamang ang bubuo ng mga produkto ng ligation. Sa pamamagitan ng sequencing ng mga produktong ito ng ligation, posibleng pag-aralan ang 3D organization ng genome. Ang Hi-C ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng distribusyon ng mga bahagi ng genome na bahagyang naka-pack (A compartments, euchromatin) at mas malamang na maging transcriptionally active, at ang mga rehiyon na mas mahigpit na naka-pack (B compartments, Heterochromatin). Maaari ring gamitin ang Hi-C upang matukoy ang Topologically Associated Domains (TADs), mga rehiyon ng genome na may nakatiklop na mga istruktura at malamang na may katulad na mga pattern ng expression, at upang matukoy ang mga chromatin loop, mga rehiyon ng DNA na magkakasamang nakaangkla ng mga protina at kadalasang mayaman sa mga regulatory element. Ang serbisyo ng Hi-C sequencing ng BMKGene ay nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na tuklasin ang mga spatial dimensions ng genomics, na nagbubukas ng mga bagong paraan para sa pag-unawa sa regulasyon ng genome at mga implikasyon nito sa kalusugan at sakit.
-
Pagkakasunod-sunod ng Chromatin Immunoprecipitation (ChIP-seq)
Ang Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ay isang pamamaraan na gumagamit ng mga antibody upang piliing pagyamanin ang mga DNA-binding protein at ang mga kaukulang target ng genomics. Ang integrasyon nito sa NGS ay nagbibigay-daan sa genome-wide profiling ng mga target ng DNA na nauugnay sa histone modification, transcription factors, at iba pang mga DNA-binding protein. Ang dynamic na pamamaraang ito ay nagbibigay-daan sa paghahambing ng mga binding site sa magkakaibang uri ng cell, tissues, o kondisyon. Ang mga aplikasyon ng ChIP-Seq ay sumasaklaw mula sa pag-aaral ng transcriptional regulation at developmental pathways hanggang sa paglilinaw ng mga mekanismo ng sakit, na ginagawa itong isang kailangang-kailangan na tool para sa pag-unawa sa mga genomic regulation landscapes at pagsusulong ng mga therapeutic insight.
Plataporma: Illumina NovaSeq
-
Pagsunod-sunod ng buong genome bisulfite (WGBS)
Ang pamamaraang ito, batay sa paggamot gamit ang bisulfite ng DNA upang ma-induce ang conversion ng mga unmethylated cytosine tungo sa uracil (C patungong U), habang iniiwan ang mga methylated cytosine na hindi nababago, ay nagsisilbing gold-standard na metodolohiya para sa malalimang paggalugad ng DNA methylation, partikular na ang ikalimang posisyon sa cytosine (5-mC), isang mahalagang regulator ng gene expression at cellular activity.
Nag-aalok ang pamamaraang ito ng single-base resolution, na nagpapahintulot sa mga mananaliksik na komprehensibong imbestigahan ang methylome at matuklasan ang mga abnormal na pattern ng methylation sa loob ng mga sample. Sa pamamagitan ng paggamit ng WGBS, makakakuha ang mga siyentipiko ng walang kapantay na mga pananaw sa mga genome-wide methylation landscape, na nagbibigay ng mas malalim na pag-unawa sa mga mekanismo ng epigenetic na siyang pinagbabatayan ng magkakaibang proseso at sakit na biyolohikal.
-
Pagsusuri para sa Transposase-Accessible Chromatin na may High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Ang ATAC-seq ay isang high-throughput sequencing technique na ginagamit para sa genome-wide chromatin accessibility analysis. Ang paggamit nito ay nagbibigay ng mas malalim na pag-unawa sa mga kumplikadong mekanismo ng pandaigdigang epigenetic control sa gene expression. Ang pamamaraan ay gumagamit ng isang hyperactive Tn5 transposase upang sabay na hatiin at i-tag ang mga bukas na rehiyon ng chromatin sa pamamagitan ng pagpasok ng mga sequencing adapter. Ang kasunod na PCR amplification ay nagreresulta sa paglikha ng isang sequencing library, na nagbibigay-daan para sa komprehensibong pagkakakilanlan ng mga bukas na rehiyon ng chromatin sa ilalim ng mga partikular na kondisyon ng space-time. Ang ATAC-seq ay nagbibigay ng isang holistic na pananaw sa mga naa-access na chromatin landscape, hindi tulad ng mga pamamaraan na nakatuon lamang sa mga transcription factor binding site o mga partikular na histone-modified na rehiyon. Sa pamamagitan ng pag-sequence sa mga bukas na rehiyon ng chromatin na ito, ipinapakita ng ATAC-seq ang mga rehiyon na mas malamang na magkaroon ng mga aktibong regulatory sequence at mga potensyal na transcription factor binding site, na nag-aalok ng mahahalagang pananaw sa dynamic modulation ng gene expression sa buong genome.
-
Nabawasang Representasyon ng Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) ay umaasa sa pagpapayaman ng mga rehiyong mayaman sa isla ng CpG sa pamamagitan ng MspI cleavage na sinusundan ng pagpili ng laki ng mga fragment na 200-500/600 bps. Dahil dito, tanging ang mga rehiyong malapit sa mga isla ng CpG ang sinusundan ng sequencing, habang ang mga may malalayong isla ng CpG ay hindi isinasama sa pagsusuri. Ang prosesong ito, kasama ng bisulfite sequencing, ay nagbibigay-daan para sa high-resolution na pagtuklas ng DNA methylation, at ang sequencing approach, PE150, ay partikular na nakatuon sa mga dulo ng mga insert sa halip na sa gitna, na nagpapataas ng kahusayan ng methylation profiling.
Ang pamamaraang ito ay lumitaw bilang isang cost-effective at episyenteng alternatibo sa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) sa pananaliksik sa DNA methylation. Bagama't nagbibigay ang WGBS ng komprehensibong mga pananaw sa pamamagitan ng pagsusuri sa buong genome sa single base resolution, ang mataas na gastos nito ay maaaring maging isang limitasyon, na estratehikong pinapagaan ng RRBS ang hamong ito sa pamamagitan ng piling pagsusuri ng isang kinatawan na bahagi ng genome. Ang metodolohiyang ito ay isang napakahalagang kasangkapan na nagbibigay-daan sa cost-effective na pananaliksik sa DNA methylation at nagpapaunlad ng kaalaman sa mga mekanismo ng epigenetic.
