-
Pagsunod-sunod ng Metagenomic -NGS
Ang metagenome ay isang koleksyon ng kabuuang genetic material ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng mga metagenome sa kapaligiran at tao. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong nabubungkal at hindi nabubungkal na mga mikroorganismo. Ang shotgun metagenomic sequencing gamit ang NGS ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng mga masalimuot na genomic landscape na ito na nakabaon sa mga environmental sample sa pamamagitan ng pagbibigay ng higit pa sa taxonomic profiling, na nagbibigay din ng mga detalyadong pananaw sa pagkakaiba-iba ng mga species, dynamics ng kasaganaan, at mga kumplikadong istruktura ng populasyon. Higit pa sa mga pag-aaral sa taxonomic, ang shotgun metagenomics ay nag-aalok din ng isang functional genomics perspective, na nagbibigay-daan sa paggalugad ng mga naka-encode na gene at ang kanilang mga posibleng papel sa mga prosesong ekolohikal. Panghuli, ang pagtatatag ng mga correlation network sa pagitan ng mga genetic element at mga environmental factor ay nakakatulong sa isang holistic na pag-unawa sa masalimuot na interplay sa pagitan ng mga microbial community at ng kanilang ecological background. Bilang konklusyon, ang metagenomic sequencing ay nagsisilbing isang mahalagang instrumento para sa paglutas ng mga genomic intricacies ng magkakaibang microbial community, na nagbibigay-liwanag sa maraming aspeto ng mga relasyon sa pagitan ng genetics at ecology sa loob ng mga kumplikadong ecosystem na ito.
Mga Plataporma: Illumina NovaSeq at DNBSEQ-T7
-
Pagsunod-sunod ng Metagenomic-TGS
Ang metagenome ay isang koleksyon ng genetic material ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng mga metagenome sa kapaligiran at tao. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong nabubungkal at hindi nabubungkal na mga mikroorganismo. Ang metagenomic sequencing ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng mga masalimuot na genomic landscape na ito na nakabaon sa mga ecological sample sa pamamagitan ng pagbibigay ng higit pa sa taxonomic profiling. Nag-aalok din ito ng isang functional genomics perspective sa pamamagitan ng paggalugad sa mga naka-encode na gene at ang kanilang mga posibleng papel sa mga prosesong pangkapaligiran. Habang ang mga tradisyonal na shotgun approach na may Illumina sequencing ay malawakang ginagamit sa mga metagenomic studies, ang pagdating ng Nanopore at PacBio long-read sequencing ay nagpabago sa larangan. Pinahuhusay ng teknolohiyang Nanopore at PacBio ang mga downstream bioinformatic analyses, lalo na ang metagenome assembly, na tinitiyak ang mas tuluy-tuloy na assembly. Ipinapahiwatig ng mga ulat na ang Nanopore-based at PacBio-based metagenomics ay matagumpay na nakabuo ng kumpleto at saradong bacterial genomes mula sa mga kumplikadong microbiome (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ang pagsasama ng Nanopore reads sa Illumina reads ay nagbibigay ng isang estratehikong diskarte para sa pagwawasto ng error, na nagpapagaan sa likas na mababang katumpakan ng Nanopore. Ginagamit ng synergistic na kombinasyong ito ang mga kalakasan ng bawat platform ng sequencing, na nag-aalok ng isang matibay na solusyon upang malampasan ang mga potensyal na limitasyon at isulong ang katumpakan at pagiging maaasahan ng mga pagsusuri ng metagenomic.
Plataporma: Nanopore PromethION 48, Illumia at PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ang mga gene ng 16S at 18S rRNA, kasama ang rehiyon ng Internal Transcribed Spacer (ITS), ay nagsisilbing mga pivotal molecular fingerprinting marker dahil sa kanilang kombinasyon ng mga rehiyon na lubos na na-conserve at hyper-variable, na ginagawa silang napakahalagang kagamitan para sa pagkilala sa mga prokaryotic at eukaryotic na organismo. Ang amplipikasyon at sequencing ng mga rehiyong ito ay nag-aalok ng isang diskarte na walang isolation para sa pagsisiyasat sa komposisyon at pagkakaiba-iba ng microbial sa iba't ibang ecosystem. Bagama't karaniwang tinatarget ng Illumina sequencing ang mga maiikling hypervariable na rehiyon tulad ng V3-V4 ng 16S at ITS1, naipakita na ang superior taxonomic annotation ay makakamit sa pamamagitan ng sequencing ng buong haba ng 16S, 18S, at ITS. Ang komprehensibong diskarteng ito ay nagreresulta sa mas mataas na porsyento ng mga tumpak na nauri na mga sequence, na nakakamit ang isang antas ng resolution na umaabot sa pagkilala sa species. Ang Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing platform ng PacBio ay namumukod-tangi sa pamamagitan ng pagbibigay ng lubos na tumpak na mahahabang pagbasa (HiFi) na sumasaklaw sa mga full-length amplicon, na kapantay ng katumpakan ng Illumina sequencing. Ang kakayahang ito ay nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na makamit ang isang walang kapantay na kalamangan — isang malawak na tanawin ng genetic landscape. Ang pinalawak na saklaw ay makabuluhang nagpapataas ng resolusyon sa anotasyon ng mga species, lalo na sa loob ng mga komunidad ng bacterial o fungal, na nagbibigay-daan sa mas malalim na pag-unawa sa mga masalimuot na katangian ng mga populasyon ng microbial.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ang pag-sequence ng amplicon gamit ang teknolohiyang Illumina, na partikular na naka-target sa 16S, 18S, at ITS genetic markers, ay isang makapangyarihang pamamaraan para sa paglutas ng phylogeny, taxonomy, at kasaganaan ng species sa loob ng mga microbial community. Ang pamamaraang ito ay kinabibilangan ng pag-sequence ng mga hypervariable na rehiyon ng mga housekeeping genetic marker. Orihinal na ipinakilala bilang isang molecular fingerprint niWoeses at iba paNoong 1977, binago ng pamamaraang ito ang microbiome profiling sa pamamagitan ng pagpapagana ng mga pagsusuring walang isolation. Sa pamamagitan ng sequencing ng 16S (bacteria), 18S (fungi), at Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), matutukoy ng mga mananaliksik hindi lamang ang masaganang species kundi pati na rin ang mga bihira at hindi nakikilalang species. Malawakang ginagamit bilang isang mahalagang kasangkapan, ang amplicon sequencing ay naging instrumento sa pagkilala sa magkakaibang komposisyon ng microbial sa magkakaibang kapaligiran, kabilang ang bibig ng tao, bituka, dumi, at higit pa.
-
Muling Pagsunod-sunod ng Buong Genome ng Bacterial at Fungal
Ang mga proyektong bacterial at fungal whole-genome re-sequencing ay mahalaga para sa pagsusulong ng microbial genomics sa pamamagitan ng pagpapagana ng pagkumpleto at paghahambing ng mga microbial genome. Pinapadali nito ang fermentation engineering, ang pag-optimize ng mga prosesong pang-industriya, at ang paggalugad ng mga secondary metabolism pathway. Bukod pa rito, ang fungal at bacterial re-sequencing ay mahalaga para sa pag-unawa sa adaptasyon sa kapaligiran, pag-optimize ng mga strain, at pagbubunyag ng genetic evolution dynamics, na may malawak na implikasyon sa medisina, agrikultura, at agham pangkapaligiran.
-
Pagsunod-sunod ng Prokaryotic RNA
Ang RNA sequencing ay nagbibigay-daan sa komprehensibong pag-profile ng lahat ng transcript ng RNA sa loob ng mga selula sa ilalim ng mga partikular na kondisyon. Ang makabagong teknolohiyang ito ay nagsisilbing isang makapangyarihang kasangkapan, na nagpapakita ng masalimuot na mga profile ng ekspresyon ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismong molekular na nauugnay sa magkakaibang prosesong biyolohikal. Malawakang ginagamit sa pundamental na pananaliksik, klinikal na diagnostic, at pagbuo ng gamot, ang RNA sequencing ay nag-aalok ng mga pananaw sa mga masalimuot na katangian ng cellular dynamics at genetic regulation. Ang aming prokaryotic RNA sample processing ay iniayon para sa mga prokaryotic transcriptome, na kinasasangkutan ng rRNA depletion at directional library preparation.
-
Pagkakasunod-sunod ng Metatranscriptome
Gamit ang teknolohiya ng Illumina sequencing, inilalantad ng serbisyo ng metatranscriptome sequencing ng BMKGENE ang dinamikong ekspresyon ng gene ng magkakaibang hanay ng mga mikrobyo, mula sa mga eukaryote hanggang sa mga prokaryote at mga virus, sa loob ng mga natural na kapaligiran tulad ng lupa, tubig, dagat, dumi, at bituka. Binibigyang-kakayahan ng aming komprehensibong serbisyo ang mga mananaliksik na suriin ang kumpletong profile ng ekspresyon ng gene ng mga kumplikadong komunidad ng microbial. Higit pa sa taxonomic analysis, pinapadali ng aming serbisyo ng metatranscriptome sequencing ang paggalugad sa functional enrichment, na nagbibigay-liwanag sa mga gene na may magkakaibang ekspresyon at ang kanilang mga tungkulin. Tuklasin ang maraming biological insight habang ninalakbay mo ang mga kumplikadong tanawin ng ekspresyon ng gene, pagkakaiba-iba ng taxonomic, at functional dynamics sa loob ng magkakaibang environmental niches na ito.
-
De novo Fungal Genome Assembly
Nag-aalok ang BMKGENE ng maraming nalalamang solusyon para sa mga fungal genome, na tumutugon sa magkakaibang pangangailangan sa pananaliksik at ninanais na pagkakumpleto ng genome. Ang paggamit lamang ng short-read Illumina sequencing ay nagbibigay-daan sa pagbuo ng isang draft genome. Ang short-reads at long-read sequencing gamit ang Nanopore o Pacbio ay pinagsama para sa isang mas pinong fungal genome na may mas mahabang contigs.
-
De novo Bacterial Genome Assembly
Nagbibigay kami ng kumpletong serbisyo sa pag-assemble ng bacterial genome, na ginagarantiyahan ang 0 puwang. Posible ito sa pamamagitan ng pagsasama ng mga long-read sequencing technologies, tulad ng Nanopore at PacBio para sa pag-assemble at short-read sequencing kasama ang Illumina para sa assembly validation at error correction ng ONT reads. Ang aming serbisyo ay nagbibigay ng kumpletong bioinformatic workflow mula sa pag-assemble, functional annotation, at advanced bioinformatic analysis, na tumutupad sa mga partikular na layunin sa pananaliksik. Ang serbisyong ito ay nagbibigay-daan sa pagbuo ng mga tumpak na reference genomes para sa iba't ibang genetic at genomic studies. Bukod pa rito, ito ang bumubuo ng batayan para sa mga aplikasyon tulad ng strain optimization, genetic engineering, at microbial technology development, na tinitiyak ang maaasahan at walang puwang na genomic data na mahalaga para sa pagsusulong ng mga siyentipikong pananaw at biotechnological innovation.
