-
Pagsunod-sunod ng RNA na may Iisang Nuklei
Ang pag-unlad ng mga pamamaraan ng single-cell capture at custom library construction, kasama ang high-throughput sequencing, ay nagpabago sa mga pag-aaral ng gene expression sa antas ng cell. Ang tagumpay na ito ay nagbibigay-daan para sa mas malalim at mas komprehensibong pagsusuri ng mga kumplikadong populasyon ng cell, na nalalampasan ang mga limitasyon na nauugnay sa pag-average ng gene expression sa lahat ng cell at pinapanatili ang tunay na heterogeneity sa loob ng mga populasyon na ito. Bagama't ang single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) ay may hindi maikakailang mga bentahe, nahaharap ito sa mga hamon sa ilang mga tisyu kung saan ang paglikha ng isang single-cell suspension ay napatunayang mahirap at nangangailangan ng mga sariwang sample. Sa BMKGene, tinutugunan namin ang balakid na ito sa pamamagitan ng pag-aalok ng single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) gamit ang makabagong teknolohiyang 10X Genomics Chromium. Pinalalawak ng pamamaraang ito ang spectrum ng mga sample na maaaring isagawa sa transcriptome analysis sa antas ng single-cell.
Ang paghihiwalay ng mga nuclei ay naisasagawa sa pamamagitan ng makabagong 10X Genomics Chromium chip, na nagtatampok ng walong-kanal na microfluidics system na may dobleng crossing. Sa loob ng sistemang ito, ang mga gel bead na naglalaman ng mga barcode, primer, enzyme, at isang nucleus ay nakapaloob sa mga patak ng langis na kasinglaki ng nanoliter, na bumubuo ng Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kasunod ng pagbuo ng GEM, nagaganap ang cell lysis at paglabas ng barcode sa loob ng bawat GEM. Kasunod nito, ang mga molekula ng mRNA ay sumasailalim sa reverse transcription sa mga cDNA, na kinabibilangan ng 10X barcode at Unique Molecular Identifiers (UMI). Ang mga cDNA na ito ay isinasailalim sa karaniwang konstruksyon ng sequencing library, na nagpapadali sa isang matatag at komprehensibong paggalugad ng mga profile ng ekspresyon ng gene sa antas ng single-cell.
Plataporma: 10× Genomics Chromium at Illumina NovaSeq Plataporma
-
Pagsunod-sunod ng Buong-Haba ng mRNA-Nanopore
Bagama't ang NGS-based mRNA sequencing ay isang maraming gamit na kasangkapan para sa pagbibilang ng ekspresyon ng gene, ang pagdepende nito sa maiikling pagbasa ay naglilimita sa bisa nito sa mga kumplikadong transcriptomic analyses. Sa kabilang banda, ang nanopore sequencing ay gumagamit ng long-read technology, na nagbibigay-daan sa sequencing ng mga full-length mRNA transcript. Pinapadali ng pamamaraang ito ang isang komprehensibong paggalugad ng alternatibong splicing, gene fusions, poly-adenylation, at ang pagbibilang ng mga mRNA isoform.
Ang nanopore sequencing, isang pamamaraan na umaasa sa mga nanopore single-molecule real-time electrical signals, ay nagbibigay ng mga resulta sa real-time. Ginagabayan ng mga motor protein, ang double-stranded DNA ay nagbibigkis sa mga nanopore protein na naka-embed sa isang biofilm, at humihiwalay habang dumadaan ito sa nanopore channel sa ilalim ng pagkakaiba ng boltahe. Ang mga natatanging electrical signal na nalilikha ng iba't ibang base sa DNA strand ay nade-detect at inuuri sa real-time, na nagpapadali sa tumpak at tuluy-tuloy na nucleotide sequencing. Ang makabagong pamamaraang ito ay nakakapagtagumpayan sa mga limitasyon sa maikling pagbasa at nagbibigay ng isang dynamic na plataporma para sa masalimuot na genomic analysis, kabilang ang mga kumplikadong transcriptomic studies, na may agarang resulta.
Plataporma: Nanopore PromethION 48
-
Buong-haba na pag-uuri ng mRNA -PacBio
Bagama't ang NGS-based mRNA sequencing ay isang maraming gamit na kasangkapan para sa pagbibilang ng gene expression, ang pagdepende nito sa maiikling pagbasa ay naglilimita sa paggamit nito sa mga kumplikadong transcriptomic analyses. Sa kabilang banda, ang PacBio sequencing (Iso-Seq) ay gumagamit ng long-read technology, na nagbibigay-daan sa sequencing ng full-length mRNA transcripts. Pinapadali ng pamamaraang ito ang isang komprehensibong paggalugad ng alternatibong splicing, gene fusions, at poly-adenylation. Gayunpaman, may iba pang mga pagpipilian para sa gene expression quantification dahil sa mataas na dami ng datos na kinakailangan. Ang teknolohiya ng PacBio sequencing ay umaasa sa single-molecule, real-time (SMRT) sequencing, na nagbibigay ng natatanging bentahe sa pagkuha ng full-length mRNA transcripts. Ang makabagong pamamaraang ito ay kinabibilangan ng paggamit ng zero-mode waveguides (ZMWs) at microfabricated wells na nagbibigay-daan sa real-time na obserbasyon ng aktibidad ng DNA polymerase habang nagse-sequencing. Sa loob ng mga ZMW na ito, ang DNA polymerase ng PacBio ay nag-synthesize ng isang komplementaryong strand ng DNA, na bumubuo ng mahahabang pagbasa na sumasaklaw sa kabuuan ng mga mRNA transcript. Ang operasyon ng PacBio sa Circular Consensus sequencing (CCS) mode ay nagpapahusay sa katumpakan sa pamamagitan ng paulit-ulit na pagse-sequencing ng parehong molekula. Ang nabuong mga pagbasa ng HiFi ay may katumpakan na maihahambing sa NGS, na higit na nakakatulong sa isang komprehensibo at maaasahang pagsusuri ng mga kumplikadong tampok na transcriptomic.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Ang mRNA sequencing ay isang pamamaraan na gumagamit ng next-generation sequencing upang ipakita ang presensya at dami ng mga molekula ng RNA sa isang biological sample, na nagbibigay ng isang snapshot ng ekspresyon ng gene sa sample.
Dahil sa malawak na saklaw ng aplikasyon nito, inilalahad ng makabagong kagamitang ito ang masalimuot na mga profile ng ekspresyon ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismong molekular na nauugnay sa magkakaibang prosesong biyolohikal.
Ang pamamaraang ito ay malawakang ginagamit sa pananaliksik, klinikal na pagsusuri, at pagbuo ng gamot, dahil nag-aalok ito ng mga pananaw sa mga masalimuot na katangian ng dinamika ng selula at regulasyon ng henetiko, na nagbibigay ng matibay na batayan upang pukawin ang kuryosidad tungkol sa potensyal nito sa iba't ibang larangan.
Mga platapormang magagamit: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Hindi Nakabatay sa Sanggunian na MRNA Sequencing-NGS
Ang mRNA sequencing ay nagbibigay-daan sa komprehensibong pag-profile ng lahat ng transcript ng mRNA sa loob ng mga selula sa ilalim ng mga partikular na kondisyon. Ang makabagong teknolohiyang ito ay nagsisilbing isang makapangyarihang kasangkapan, na nagpapakita ng masalimuot na mga profile ng ekspresyon ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismong molekular na nauugnay sa magkakaibang prosesong biyolohikal. Malawakang ginagamit sa pundamental na pananaliksik, klinikal na diagnostic, at pagbuo ng gamot, ang mRNA sequencing ay nag-aalok ng mga pananaw sa mga masalimuot na dinamika ng selula at regulasyon ng henetiko.
Plataporma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Mahabang Non-coding Sequencing-Illumina
Ang mahahabang non-coding RNA (lncRNA) ay mas mahaba kaysa sa 200 nucleotides na nagtataglay ng kaunting potensyal sa pagko-code at mga mahalagang elemento sa loob ng non-coding RNA. Matatagpuan sa nucleus at cytoplasm, ang mga RNA na ito ay gumaganap ng mahahalagang papel sa epigenetic, transcriptional, at post-transcriptional regulation, na nagbibigay-diin sa kanilang kahalagahan sa paghubog ng mga prosesong cellular at molecular. Ang LncRNA sequencing ay isang makapangyarihang kasangkapan sa Cell differentiation, Ontogenesis, at mga sakit ng tao.
Plataporma: Illumina NovaSeq X
-
Pagsunod-sunod ng Maliit na RNA-Illumina
Ang small RNA ay isang grupo ng mga molekula ng RNA na kinabibilangan ng mga microRNA (miRNA), small interfering RNA (siRNA), at piwi-interacting RNA (piRNA). Kabilang sa mga ito, ang mga miRNA, na may habang 18-25 nucleotide, ay partikular na kapansin-pansin para sa kanilang mahahalagang tungkulin sa regulasyon sa iba't ibang proseso ng cellular. Dahil sa mga pattern ng ekspresyon na partikular sa tissue at stage, ang mga miRNA ay nagpapakita ng mataas na konserbasyon sa iba't ibang species.
Plataporma: Illumina NovaSeq
-
Pagsunod-sunod ng CircRNA-Illumina
Ang Circular RNA sequencing (circRNA-seq) ay nagpo-profile at nagsusuri ng mga circular RNA, isang klase ng mga molekula ng RNA na bumubuo ng mga closed loop dahil sa mga non-canonical splicing event, na nagbibigay sa RNA na ito ng mas mataas na estabilidad. Bagama't naipakita na ang ilang circRNA ay kumikilos bilang mga microRNA sponge, na nagse-sequest ng mga microRNA at pumipigil sa mga ito sa pag-regulate ng kanilang mga target na mRNA, ang ibang mga circRNA ay maaaring makipag-ugnayan sa mga protina, nagmo-modulate ng gene expression, o may mga papel sa mga proseso ng cellular. Ang pagsusuri ng circRNA expression ay nagbibigay ng mga pananaw sa mga regulatory role ng mga molekulang ito at ang kanilang kahalagahan sa iba't ibang proseso ng cellular, mga yugto ng pag-unlad, at mga kondisyon ng sakit, na nag-aambag sa mas malalim na pag-unawa sa pagiging kumplikado ng regulasyon ng RNA sa konteksto ng gene expression.
Plataporma: Illumina Novaseq X
-
Pagsunod-sunod ng Buong Transcriptome – Illumina
Ang Wole transcriptome sequencing ay nag-aalok ng isang komprehensibong pamamaraan sa pag-profile ng magkakaibang molekula ng RNA, na sumasaklaw sa coding (mRNA) at mga non-coding RNA (lncRNA, circRNA, at miRNA). Kinukuha ng pamamaraang ito ang buong transcriptome ng mga partikular na selula sa isang partikular na sandali, na nagbibigay-daan para sa isang holistic na pag-unawa sa mga proseso ng cellular.
Mga platapormang magagamit: Illumina Novaseq X
