Pagsunod-sunod ng Prokaryotic RNA
Mga Tampok
● Ang pagproseso ng sample ng RNA ay kinasasangkutan ng pagkaubos ng rRNA na sinusundan ng direktang paghahanda ng RNA library.
● Pagsusuring bioinformatic batay sa pagkakahanay sa isang reference genome
● Kasama sa pagsusuri ang ekspresyon ng gene at mga DEG ngunit kasama rin ang istruktura ng transcript at pagsusuri ng sRNA
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: ipinapatupad namin ang mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample at library hanggang sa sequencing at bioinformatics. Tinitiyak ng masusing pagsubaybay na ito ang paghahatid ng pare-parehong mataas na kalidad na mga resulta.
●Datos ng Pagkakasunod-sunod na Espesipiko sa Strand: dahil ang paghahanda ng RNA library ay direksiyonal, na nagbibigay-daan sa pagtukoy ng mga anti-sense transcript.
●Kumpletong Pagsusuri na Iniayon sa mga Prokaryotic TranscriptomeAng bioinformatic pipeline ay hindi lamang kinabibilangan ng pagsusuri ng ekspresyon ng gene kundi pati na rin ng pagsusuri ng istruktura ng transcript, kabilang ang pagtukoy ng mga operon, UTR, at promoter. Kasama rin dito ang pagsusuri ng mga sRNA, katulad ng anotasyon at prediksyon ng pangalawang istruktura at mga target.
●Suporta Pagkatapos ng PagbebentaAng aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
| Aklatan | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang datos | Kontrol ng Kalidad |
| Naubos na directional library ng rRNA | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa:
| Konklusyon (ng/μl) | Dami (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | RIN≥6.5 |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Padala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga supot at ibaon sa dry-ice.
2. Mga tubo na RNAstable: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo na nagpapatatag ng RNA (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Daloy ng Trabaho sa Pagsusuri ng Bioinformatiko
Kabilang ang Sumusunod na Pagsusuri:
● Kontrol sa kalidad ng hilaw na datos
● Pag-align sa genome na sanggunian
● Pagtatasa ng Kalidad ng Aklatan: Pagkakaiba-iba ng RNA fragmentation, laki ng insert at saturation ng sequencing
● Anotasyon ng tungkulin ng mga hinulaang coding gene
● Pagsusuri ng Ekspresyon: ugnayan at Pagsusuri ng Pangunahing Bahagi (PCA)
● Mga Differential Gene Expression (DEG)
● Anotasyon ng tungkulin at pagpapayaman ng mga DEG
● Pagsusuri ng sRNA: prediksyon, anotasyon, target, at prediksyon ng pangalawang istruktura
● Pagsusuri ng Istruktura ng Transcript: mga operon, panimulang at pangwakas na posisyon, Hindi Naisalin na rehiyon (UTS), promoter, at pagsusuri ng SNP/InDel
Pagkakasunod-sunod ng saturation
Functional annotation ng mga coding gene
Korelasyon sa pagitan ng mga sample
Pagsusuri ng mga Differential Expressed Genes (DEGs)
Pagsusuri ng pagpapayaman ng tungkulin
anotasyon ng sRNA
Tuklasin ang mga pagsulong na dulot ng mga serbisyo ng Nanopore full-length mRNA sequencing ng BMKGene sa itinatampok na publikasyong ito.
Guan, CP et al. (2018) 'Mga Pandaigdigang Pagbabago sa Transcriptome ng Staphylococcus epidermidis na Bumubuo ng Biofilm na Tumutugon sa Kabuuang Alkaloid ng Sophorea alopecuroides',Dyornal ng Mikrobiyolohiya sa Poland, 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
