Mga produkto

Prokaryotic RNA sequencing

Gumagamit ang prokaryotic RNA sequencing ng next generation sequencing (NGS) upang ihayag ang presensya at dami ng RNA sa isang partikular na sandali, sa pamamagitan ng pagsusuri sa nagbabagong cellular transcriptome.Ang prokaryotic RNA sequencing ng aming kumpanya, partikular na naglalayon sa mga prokaryote na may mga reference na genome, na nagbibigay sa iyo ng transcriptome profiling, pagsusuri sa istruktura ng gene, atbp. Ito ay malawakang inilapat sa pangunahing pananaliksik sa agham, pananaliksik at pag-unlad ng gamot, at higit pa.

Platform: Plataporma ng Illumina NovaSeq

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Platform: Illumina NovaSeq platform, PE150

Uri ng library: 350bp insert cDNA library (depende sa peak distribution)

Diskarte sa sequencing: Paired-End 150 bp

Inirerekomenda ang halaga ng data: 2 Gb raw data/sample

Bioinformatics

(1) Sequencing data quality control: Nucleotide distribution, Base quality distribution, rRNA ratio assessment;

(2) Pagsusuri ng pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod: Mga istatistika ng resulta ng pagkakahanay, Saturation ng sequencing, Saklaw ng pagkakasunud-sunod;

(3) Reference genome annotation (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Pagsusuri ng ekspresyon: Pamamahagi ng ekspresyon (Na may dalawa o higit pang sample), Pagsusuri ng pagpapahayag sa pagitan ng mga sample (Pagsusuri ng Venn, Pagsusuri ng ugnayan, pagsusuri sa PCA);

(5) Differential expression analysis (May dalawa o higit pang sample);

(6) Gene set analysis: Venn analysis, Cluster analysis, Function annotation analysis (COG, GO, KEGG), Function enrichment analysis (GO, KEGG), Function enrichment chordal graph, Ipath analysis;

(7) sRNA analysis: sRNA prediction, sRNA annotation (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA secondary structure prediction, sRNA target gene prediction;

(8) Pagsusuri ng istruktura ng transcript: Pagsusuri ng Operan, Paghula sa pagsisimula at pagtatapos ng transkripsyon, anotasyon at pagsusuri ng UTR, Paghula ng sequence ng Promoter, pagsusuri sa SNP/InDel (anotasyon ng SNP/InDel, pamamahagi ng rehiyon ng SNP/InDel, mga istatistika ng SNP).