Pinababang Representasyon ng Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang pinababang representasyon ng bisulfite sequencing (RRBS) ay umaasa sa pagpapayaman ng mga rehiyong mayaman sa isla ng CpG sa pamamagitan ng cleavage ng MspI na sinusundan ng pagpili ng laki ng 200-500/600 bps na mga fragment. Dahil dito, ang mga rehiyon lamang na malapit sa mga isla ng CpG ang pinagsunod-sunod, habang ang mga may malalayong isla ng CpG ay hindi kasama sa pagsusuri. Ang prosesong ito, na sinamahan ng bisulfite sequencing, ay nagbibigay-daan para sa high-resolution na pag-detect ng DNA methylation, at ang sequencing approach, PE150, ay partikular na nakatuon sa mga dulo ng mga insert sa halip na sa gitna, na nagpapataas ng kahusayan ng methylation profiling.
Ang diskarteng ito ay lumitaw bilang isang cost-effective at mahusay na alternatibo sa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) sa DNA methylation research. Habang ang WGBS ay nagbibigay ng komprehensibong mga insight sa pamamagitan ng pagsusuri sa buong genome sa solong base resolution, ang mataas na gastos nito ay maaaring maging limiting factor, na estratehikong pinapagaan ng RRBS ang hamon na ito sa pamamagitan ng piling pagsusuri sa isang kinatawan na bahagi ng genome. Ang pamamaraang ito ay isang napakahalagang tool na nagbibigay-daan sa cost-effective na DNA methylation na pananaliksik at nagpapasulong ng kaalaman sa mga mekanismo ng epigenetic.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Sequencing sa Illumina NovaSeq.
● Nangangailangan ng reference na genome.
● Ginagamit ang Lambda DNA upang subaybayan ang kahusayan ng conversion ng bisulfite.
● Ang kahusayan sa panunaw ng MspI ay sinusubaybayan din.
● Double enzyme digestion para sa mga sample ng halaman.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Cost-effective at Mahusay na Alternatibo sa WGBS: Nagbibigay-daan ito sa pagsusuri na maisagawa sa mas mababang halaga at may mas mababang mga kinakailangan sa sample.
●Kumpletong Platform:Nagbibigay kami ng one-stop na mahusay na serbisyo mula sa pagpoproseso ng sample, pagbuo ng library, at pagkakasunud-sunod sa pagsusuri ng bioinformatics.
●Malawak na Dalubhasa: Mayroon kaming tagumpay sa iba't ibang hanay ng mga species. Ang BMKGENE ay nagdadala ng higit sa isang dekada ng karanasan, isang mahusay na pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng pagbebenta.
Mga Detalye ng Serbisyo
| Aklatan | Diskarte sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang output ng data | Kontrol sa kalidad |
| MspI digested at bisulfite treated library | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfite conversion > 99% kahusayan sa pagputol ng MspI > 95% |
Mga Sample na Kinakailangan
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang halaga (µg) |
| |
| Genomic DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Limitadong pagkasira o kontaminasyon |
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Paghahatid ng sample
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Kasama sa pagsusuri ng BI ang:
● Raw sequencing quality control;
● Pagmamapa upang sumangguni sa genome;
● Detection ng 5mC methylated bases at motif identification;
● Pagsusuri ng pamamahagi ng methylation at paghahambing ng sample;
● Pagsusuri ng Differentially Methylated Regions (DMRs);
● Functional na anotasyon ng mga gene na nauugnay sa mga DMR.
Kontrol sa kalidad: kahusayan sa panunaw (sa genome mapping)
Kontrol sa kalidad: conversion ng bisulfite (sa pagkuha ng impormasyon ng methylation)
Mapa ng methylation: 5mC methylation genome-wide distribution
Halimbawang paghahambing: Principal Component Analysis
Pagsusuri ng Differentially Methylated Regions (DMRs): heatmap
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng buong genome bisulfite sequencing na serbisyo ng BMKGene sa pamamagitan ng na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Li, Z. et al. (2022) 'High-fidelity reprogramming sa Leydig-like cells sa pamamagitan ng CRISPR activation at paracrine factors',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genome-wide DNA methylation analysis ng komposisyon ng katawan sa Chinese monozygotic twins',European Journal of Clinical Investigation, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA methylation at waist-to-hip ratio: isang epigenome-wide association study sa Chinese monozygotic twins',Journal ng Endocrinological Investigation, 45(12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
