Nabawasang Representasyon ng Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) ay umaasa sa pagpapayaman ng mga rehiyong mayaman sa isla ng CpG sa pamamagitan ng MspI cleavage na sinusundan ng pagpili ng laki ng mga fragment na 200-500/600 bps. Dahil dito, tanging ang mga rehiyong malapit sa mga isla ng CpG ang sinusundan ng sequencing, habang ang mga may malalayong isla ng CpG ay hindi isinasama sa pagsusuri. Ang prosesong ito, kasama ng bisulfite sequencing, ay nagbibigay-daan para sa high-resolution na pagtuklas ng DNA methylation, at ang sequencing approach, PE150, ay partikular na nakatuon sa mga dulo ng mga insert sa halip na sa gitna, na nagpapataas ng kahusayan ng methylation profiling.
Ang pamamaraang ito ay lumitaw bilang isang cost-effective at episyenteng alternatibo sa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) sa pananaliksik sa DNA methylation. Bagama't nagbibigay ang WGBS ng komprehensibong mga pananaw sa pamamagitan ng pagsusuri sa buong genome sa single base resolution, ang mataas na gastos nito ay maaaring maging isang limitasyon, na estratehikong pinapagaan ng RRBS ang hamong ito sa pamamagitan ng piling pagsusuri ng isang kinatawan na bahagi ng genome. Ang metodolohiyang ito ay isang napakahalagang kasangkapan na nagbibigay-daan sa cost-effective na pananaliksik sa DNA methylation at nagpapaunlad ng kaalaman sa mga mekanismo ng epigenetic.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Pagsunod-sunod sa Illumina NovaSeq.
● Nangangailangan ng isang sangguniang genome.
● Ginagamit ang Lambda DNA upang masubaybayan ang kahusayan ng conversion ng bisulfite.
● Sinusubaybayan din ang kahusayan ng panunaw ng MspI.
● Dobleng panunaw ng enzyme para sa mga sample ng halaman.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Matipid at Mahusay na Alternatibo sa WGBS: Nagbibigay-daan ito upang maisagawa ang pagsusuri sa mas mababang gastos at mas mababang mga kinakailangan sa sample.
●Kumpletong Plataporma:Nagbibigay kami ng one-stop na mahusay na serbisyo mula sa pagproseso ng sample, pagtatayo ng library, at sequencing hanggang sa pagsusuri ng bioinformatics.
●Malawak na KadalubhasaanNagtatagumpay kami sa iba't ibang uri ng hayop. Ang BMKGENE ay may mahigit isang dekadang karanasan, isang lubos na bihasang pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng benta.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Aklatan | Istratehiya sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang output ng datos | Kontrol ng kalidad |
| Aklatan na hinukay at ginamot gamit ang MspI | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Pagbabago ng bisulfite > 99% Kahusayan sa pagputol ng MspI > 95% |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang dami (µg) |
| |
| Henomikong DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Limitadong pagkasira o kontaminasyon |
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kasama sa pagsusuri ng BI ang:
● Pagkontrol sa kalidad ng hilaw na sequencing;
● Pagmamapa sa genome na sanggunian;
● Pagtuklas ng 5mC methylated bases at pagtukoy ng motif;
● Pagsusuri ng distribusyon ng methylation at paghahambing ng sample;
● Pagsusuri ng mga Rehiyong May Differential Methylation (DMR);
● Anotasyon ng tungkulin ng mga gene na nauugnay sa mga DMR.
Kontrol sa kalidad: kahusayan sa panunaw (sa pagmamapa ng genome)
Kontrol sa kalidad: pagpapalit ng bisulfite (sa pagkuha ng impormasyon tungkol sa methylation)
Mapa ng metilasyon: 5mC distribusyon ng genome ng metilasyon
Halimbawang paghahambing: Pagsusuri ng Pangunahing Bahagi
Pagsusuri ng mga Differentially Methylated Regions (DMRs): heatmap
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng whole genome bisulfite sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Li, Z. et al. (2022) 'High-fidelity reprogramming sa mga selulang parang Leydig sa pamamagitan ng CRISPR activation at paracrine factors',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Pagsusuri ng genome-wide DNA methylation ng komposisyon ng katawan sa mga monozygotic twin na Tsino',European Journal ng Klinikal na Imbestigasyon, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA methylation at waist-to-hip ratio: isang epigenome-wide association study sa Chinese monozygotic twins',Journal ng Imbestigasyong Endokrinolohikal, 45(12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
