Mag-log in sa BMKCloud

Mga Produkto

Pagsasama-sama ng Genome ng T2T | Ultra Long Sequencing

Pagsasama-sama ng Genome ng T2T | Itinatampok na Larawan ng Ultra Long Sequencing

Ang T2T (Telomere-to-Telomere) na genome ang pamantayang ginto para sa mataas na kalidad na genome assembly, na tumutukoy sa gap-free o gapless, chromosome-scale genome reconstruction na sumasaklaw mula sa isang telomere patungo sa isa pa, at paglabag sa mga limitasyon ng fragmentation ng conventional genome assembly.

Pinapagana ng core ONT ultra-long read sequencing at isinama sa multi-platform deep sequencing at na-optimize na bioinformatics pipelines, ang BMKGENE T2T Genome solution ay nagta-target sa pinakamahirap na genomic na "dark regions" — mga telomere (mga espesyalisadong nucleoprotein complexes sa mga dulo ng eukaryotic chromosome), mga centromere ng mas mataas na organismo (mga napakalaking tandem repeat array), at iba pang kumplikadong repeat at heterozygous haplotype regions, na matagal nang hindi nareresolba para sa karaniwang long-read sequencing. Hindi tulad ng mga conventional long reads na hindi tumatawid sa mga rehiyong ito at nagdudulot ng sequence collapse o chimeric contigs, ang ONT ultra-long reads ay maaaring sumaklaw sa mga hindi mabubuong puwang at mga kumplikadong rehiyon. Ang BMKGene ay nakatuon sa paghahatid ng mga gap-free o gap-less, mataas na kalidad na T2T genomes para sa magkakaibang species.

Ang pagbuo ng isang T2T genome ay nagbubukas ng mga kumplikadong rehiyon ng genomic na dati'y hindi maaabot, pinupunan ang mga kritikal na kakulangan sa pananaliksik, at nagbibigay ng matibay at mataas na katumpakan na pundasyonal na datos para sa malalalim na pag-aaral kabilang ang ebolusyon ng mga species, functional gene mining, molecular breeding, precision medicine at iba pang makabagong siyentipikong pananaliksik.

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatika

Mga resulta ng demo

Mga itinatampok na publikasyon

Mga Tampok ng Serbisyo

•Naghahatid ng mataas na katumpakan, mataas na pagkakadikit, at mataas na pagkakumpleto ng mga telomere-to-telomere genome assembly.

•Nalalampasan ang mga hamon sa pag-assemble sa mga sentromeriko at mga rehiyong lubos na paulit-ulit.

•Sinusuri ang mga baryasyon sa istruktura sa mga kumplikadong rehiyon tulad ng mga centromere at telomere.

•Sinusuri ang pinagmulan at pagpapaamo ng mga kromosoma, at tinutukoy ang mga pangunahing gene na tumutukoy sa kasarian.

Mga Kalamangan sa Serbisyo

•Propesyonal na Ultra-long team na sumasaklaw sa extraction hanggang sequencing, na may matagumpay na karanasan sa iba't ibang species.

•Access sa parehong PacBio at Nanopore long-read platforms na may mataas na throughput at flexible sequencing strategies.

•Bihasang pangkat sa pagbuo ng genome at pasadyang pagsusuri ng bioinformatics, mahusay sa mga proyektong T2T genome.

•Mahigit sa 200 matagumpay na proyekto ng genome at mahigit sa 2000 na naipon na mga impact factor.

•Mga pinagsamang solusyon sa eksperimento at bioinformatika na sinusuportahan ng mga karapatang-ari at patente.

Mga Espesipikasyon ng Serbisyo

Survey ng genome	Pag-assemble ng genome	Antas ng kromosoma	Pagpuno ng puwang	Anotasyon ng Genome
50X Illumina NovaSeq PE150	30X PacBio CCS HiFi reads	100X Hi-C	40-100X ONT Mga ultra-mahabang pagbasa	RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opsyonal) Buong haba ng RNA-seq PacBio 40 Gb o Nanopore 12 Gb

Mga Kinakailangan sa Serbisyo

Para sa mga sample ng sequencing ng Survey, PacBio CCS, Hi-C, at transcriptome (para sa anotasyon), mangyaring sumangguni sa "antas ng kromosomamga kinakailangan sa sample ng genome assembly"".

Para sa ONT ultra-long sequencing, inirerekomenda ang mga sample ng tissue, na may mas mataas na pamantayan ng kalidad upang suportahan ang pagkuha ng ultra-HMW DNA.

Para sa detalyadong mga tagubilin at kinakailangan sa paghahanda ng sample, mangyaring makipag-ugnayan sa aming sales team para sa pasadyang solusyon batay sa uri.

Daloy ng Trabaho sa Serbisyo

Disenyo ng eksperimento

Paghahatid ng halimbawa

Pagkuha ng DNA

Pagtatayo ng aklatan

Pagsunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Mga serbisyo pagkatapos ng benta

Nakaraan: Proteomics

Susunod:

Kabilang sa mga pangunahing pagsusuri ang:

1) Pagsasama-sama ng Genome ng T2T

● Ang T2T genome ay tumutukoy sa isang genome na may "0 puwang" kung saan kahit isang chromosome ay ganap na nabuo mula sa telomere hanggang sa telomere.

● Paggamit ng mga high-accuracy na CCS read at ONT ultra-long read:

* Bumuo ng contig v1 genome sa pamamagitan ng hybrid assembly gamit ang hifiasm (v0.25.0).

* Alisin ang plastid at mga kontaminadong sequence sa pamamagitan ng BLAST laban sa NT database.

* Ang plantsa ay nakakabit sa chromosome-scale assembly gamit ang Hi-C data na may 3D-DNA.

* Punan ang mga nawawalang telomere sa pamamagitan ng local assembly gamit ang mga ONT read upang makuha ang pangwakas na T2T genome.

2) Pagsusuri ng Asembleya

● Pagsusuri ng BUSCO

Ang BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) ay bumubuo ng mga single-copy gene sets para sa mga pangunahing evolutionary lineages batay sa OrthoDB 10 database. Ang pinagsama-samang genome ay sinusuri sa pamamagitan ng pagkakahanay laban sa gene set na ito, batay sa matching ratio at integridad.

Ang mas mataas na proporsyon ng mga "Kumpletong BUSCO" ay nagpapahiwatig ng mas mataas na pagkakumpleto ng genome assembly.

● Pagmamapa ng mga Binabasa

Ihanay ang maiikling pagbasa mula sa susunod na henerasyon ng sequencing (hal., Illumina) patungo sa pinagsama-samang genome gamit ang bwa. Ihanay ang mga mahahabang pagbasa ng ikatlong henerasyon sa pinagsama-samang genome gamit ang Minimap2.

Ang pagkakumpleto ng pinagsama-samang genome at pagkakapareho ng saklaw ng sequencing ay sinusuri batay sa mapping rate, genome coverage ratio, at depth distribution.

● Pagsusuri ng QC ng Genome

Suriin ang assembly gamit ang Merqury sa pamamagitan ng paghahambing ng mga high-accuracy sequencing reads ng mga k-mers sa genome assembly upang makuha ang consensus quality (QV).

Ang mas mataas na mga halaga ng kalidad ay nagpapahiwatig ng mas mataas na katumpakan ng pinagsama-samang genome.

● Pagsusuri ng Genome LAI

Sinusuri ng LAI (LTR Assembly Index) ang integridad ng genome assembly bilang ratio ng mga buo na LTR retrotransposon sequence sa kabuuang LTR sequence. Ang mga kandidatong LTR-RT sequence ay kinikilala gamit ang LTR_FINDER (v1.0.7) at LTRharvest (v1.5.9), pagkatapos ay sinasala at isinasama gamit ang LTR_retriever (v2.8) upang makakuha ng mga high-confidence na LTR retrotransposon at kalkulahin ang LAI.

Ayon sa publikasyon ng LAI developer, ang mga halaga ng LAI ay inuuri sa tatlong antas:

Draft (0 ≤ LAI < 10), Sanggunian (10 ≤ LAI < 20), at Ginto (LAI ≥ 20).

● Pagtukoy sa mga Telomeres at Centromeres

Tukuyin ang mga potensyal na yunit ng pag-uulit ng telomere sa genome gamit ang TIDK. Tuklasin ang mga pagkakasunod-sunod ng telomere at kumuha ng impormasyon sa posisyon gamit ang FindTelomeres batay sa mga motif ng pag-uulit.

Tukuyin ang mga potensyal na pag-uulit ng centromeric gamit ang Centromics na may mga third-generation long reads, pagkatapos ay i-remap ito sa genome upang makuha ang mga posisyon at sequence ng centromere.

1) Mapa ng Kromosom ng Genome

2)Mga Posisyon ng Telomere sa Genome

Chr	Haba ng Chr (bp)	Upstream_Start(bp)	Upstream_End(bp)	Haba ng Agos(bp)	Downstream_Start(bp)	Dulo_ng_Pababa(bp)	Haba ng Ibaba (bp)
Chr01	55,340,768	53	2,036	1,984	55,338,794	55,340,768	1,975
Chr02	56,588,289	1	2,760	2,760	56,584,191	56,588,289	4,099
Chr03	46,886,733	20	3,001	2,982	46,881,994	46,886,733	4,740
Chr04	49,401,798	1	2,143	2,143	49,399,160	49,401,798	2,639
Chr05	45,855,317	10	3,043	3,034	45,852,809	45,855,317	2,509
Chr06	45,285,625	1	3,268	3,268	45,283,427	45,285,625	2,199
Chr07	48,122,726	1	2,317	2,317	48,120,519	48,122,726	2,208

Nnota:

Chr: ID ng Kromosom

Chr_Length (bp): Haba ng kromosoma

Upstream_Start (bp): Panimulang posisyon ng upstream telomere sa chromosome

Upstream_End (bp): Dulong posisyon ng upstream telomere sa chromosome

Upstream_Length (bp): Haba ng upstream telomere sa chromosome

Downstream_Start (bp): Simulang posisyon ng downstream telomere sa chromosome

Downstream_End (bp): Dulong posisyon ng downstream telomere sa chromosome

Downstream_Length (bp): Haba ng downstream telomere sa chromosome

3)Mga Posisyon ng Centromere sa Genome

Chr	Chr_Length(bp)	Centromics_Start(bp)	Centromics_End(bp)
Chr01	55,340,768	18,943,204	23,005,555
Chr02	56,588,289	28,114,720	30,677,916
Chr03	46,886,733	24,487,558	24,929,326
Chr04	49,401,798	20,976,875	22,563,388
Chr05	45,855,317	18,578,095	19,715,924
Chr06	45,285,625	19,398,436	19,950,173
Chr07	48,122,726	26,390,720	27,913,284

Paalala:

Chr: ID ng Kromosom

Chr_Length (bp): Haba ng kromosoma

Centromere_Start (bp): Panimulang posisyon ng centromere sa kromosoma

Dulo_ng_Sentromere (bp): Dulong posisyon ng sentromere sa kromosoma

4) Mga Estadistika ng Pagitan ng mga Resulta ng Asembleya

Grupo	Bilang_ng_Gap	Len
Chr01	0	55,340,768
Chr02	0	56,588,289
Chr03	0	46,886,733
Chr04	0	49,401,798
Chr05	0	45,855,317
Chr06	0	45,285,625
Chr07	0	48,122,726
Kabuuan (Ratio%)	0	347,481,256(100.00)

Nnota:

Grupo: ID ng Kromosom

Gap_Number: Bilang ng mga puwang sa kromosoma

Len (bp): Haba ng kromosoma

5) Pagsusuri ng Genome LAI

Chr	Haba ng Chr (bp)	Buo	Kabuuan	raw_LAI	LAI
buong_genome	347,481,256	0.046	0.36	12.94	15.18

Paalala: Ayon sa publikasyon ng mga developer ng LAI, ang mga halaga ng LAI ay inuuri sa tatlong kategorya: Draft (0 ≤ LAI < 10), Reference (10 ≤ LAI < 20), at Gold (LAI ≥ 20).

Haba ng Chr (bp): Haba ng kromosoma

Buo: Proporsyon ng mga buo na LTR-RT sa genome

Kabuuan: Proporsyon ng kabuuang mga LTR sa genome

raw_LAI = Buo / Kabuuan × 100

LAI: Naayos na halaga ng LAI

Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga de novo genome assembly services ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon:

T2T Genzyme

Liu, Shoucheng et al."Ang isang telomere-to-telomere genome assembly na sinamahan ng multi-omic data ay nagbibigay ng mga pananaw sa ebolusyon ng hexaploid bread wheat.""Henetika ng kalikasan vol. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x

Yao, Xue-Feng et al."Kumpletong pagbubuo ng genome ng uri ng palay na japonica na Zhonghua 11.""Mga komunikasyon sa halaman tomo 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463

Lv, Zhiyuan at iba pa."Malapit na pagsasama-sama ng genome mula telomere hanggang telomere ng Camellia pitardii.""Datos na siyentipiko vol. 12,1 1422. 14 Agosto 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5

Du, Haiyuan at iba pa."Isang halos kumpletong pagsasama-sama ng genome ng Fragaria iinumae.""Henomika ng BMC vol. 26,1 253. 14 Mar. 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0

Chen, Weikai et al."Ang kumpletong pagsasama-sama ng genome ng Nicotiana benthamiana ay nagpapakita ng henetiko at epigenetikong tanawin ng mga centromere.""Mga halamang pangkalikasan vol. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y

Genome ng T2T na nalutas ng Haplotype

Khan, Falak Sher et al. “Mga genome na walang puwang na T2T na nalutas ang haplotype ng kultibar na winegrape na Cabernet Sauvignon.”Datos na siyentipiko, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 Peb. 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3

T2T Genome + Paghahambing na Genome

Hong, Lin et al. “Pagbuo at pagsusuri ng mga genome mula telomere hanggang telomere para sa 2 matamis na dalandan: Longhuihong at Newhall (Citrus sinensis).”GigaSciencetomo 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084

Li, Xiao-Jie et al. “Ang pagsusuri ng telomere-to-telomere genome ng pulang karot na TXH4 ay nagpapaliwanag sa papel ng DcLCYE at DcLCYB1 sa akumulasyon ng lycopene sa karot.”Pananaliksik sa hortikulturavol. 12,11 uhaf192. 29 Hul. 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192

Genome ng T2T + Pangenome

Wang, Xiaojing et al. “T2T genome, pan-genome analysis, at mga hene ng tugon sa heat stress sa mga uri ng Rhododendron.”iMetavol. 4,2 e70010. 5 Mar. 2025, doi:10.1002/imt2.70010