-
Full-length mRNA sequencing-Nanopore
Ang RNA sequencing ay naging isang napakahalagang tool para sa komprehensibong pagsusuri ng transcriptome.Walang alinlangan, nakamit ng tradisyonal na short-read sequencing ang maraming mahalagang pag-unlad dito.Gayunpaman, madalas itong nakatagpo ng mga limitasyon sa buong haba ng mga pagkakakilanlan ng isoform, quantification, PCR bias.
Ang pagkakasunud-sunod ng nanopore ay nakikilala ang sarili nito mula sa iba pang mga platform ng pagkakasunud-sunod, dahil ang mga nucleotide ay direktang binabasa nang walang synthesis ng DNA at bumubuo ng mahabang pagbasa sa sampu-sampung kilobases.Nagbibigay ito ng kapangyarihan sa direktang read-out na pagtawid sa mga full-length na transcript at pagharap sa mga hamon sa mga pag-aaral sa antas ng isoform.
Platform：Nanopore PromethION
Library:cDNA-PCR
-
De novo Full-length Transcriptome sequencing -PacBio
De novofull-length transcriptome sequencing, na kilala rin bilangDe novoKinukuha ng Iso-Seq ang mga bentahe ng PacBio sequencer sa haba ng pagbasa, na nagbibigay-daan sa pagkakasunud-sunod ng mga full-length na molekula ng cDNA nang walang anumang mga break.Ganap nitong iniiwasan ang anumang mga error na nabuo sa mga hakbang sa pagpupulong ng transcript at bumubuo ng mga unigene set na may resolusyon sa antas ng isoform.Nagbibigay ang unigene set na ito ng makapangyarihang genetic na impormasyon bilang "reference genome" sa antas ng transcriptome.Bilang karagdagan, kasama ang susunod na henerasyong data ng sequencing, binibigyang kapangyarihan ng serbisyong ito ang isang tumpak na dami ng pagpapahayag sa antas ng isoform.
Platform: PacBio Sequel IIAklatan: SMRT bell library -
Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
Ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nagbibigay-daan sa pag-profile ng lahat ng mga mRNA na na-transcript mula sa mga cell sa ilalim ng mga partikular na kondisyon.Ito ay isang makapangyarihang teknolohiya para sa pagbubunyag ng profile ng expression ng gene, mga istruktura ng gene at mga mekanismo ng molekular ng ilang biological na proseso.Sa ngayon, ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay malawakang ginagamit sa pangunahing pananaliksik, klinikal na diagnostic, pag-unlad ng gamot, atbp.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Non-Reference based mRNA sequencing-Illumina
Ang mRNA sequencing ay gumagamit ng next-generation sequencing technique (NGS) para makuha ang messenger RNA(mRNA) form na Eukaryote sa partikular na panahon kung saan ina-activate ang ilang espesyal na function.Ang pinakamahabang transcript spliced ay tinawag na 'Unigene' at ginamit bilang reference sequence para sa kasunod na pagsusuri, na isang epektibong paraan upang pag-aralan ang molekular na mekanismo at regulatory network ng mga species nang walang reference.
Pagkatapos ng transcriptome data assembly at unigene functional annotation
(1)SNP analysis, SSR analysis, CDS prediction at gene structure ay preformed.
(2) Isasagawa ang quantification ng unigene expression sa bawat sample.
(3) Matutuklasan ang pagkakaiba-iba na ipinahayag na mga unigene sa pagitan ng mga sample (o grupo) batay sa unigene expression
(4) Isasagawa ang clustering, functional annotation at enrichment analysis ng differentially expressed unigenes
-
Mahabang non-coding sequencing-Illumina
Ang mga long non-coding RNAs (lncRNAs) ay isang uri ng mga molekula ng RNA na may haba na higit sa 200 nt, na nailalarawan sa pamamagitan ng napakababang potensyal na coding.Ang LncRNA, bilang pangunahing miyembro sa mga non-coding na RNA, ay pangunahing matatagpuan sa nucleus at plasma.Ang pag-unlad sa sequencing na teknolohiya at bioinformtics ay nagbibigay-daan sa pagkilala sa maraming nobelang lncRNA at iugnay ang mga may biological function.Ang mga naipon na ebidensya ay nagmumungkahi na ang lncRNA ay malawak na kasangkot sa epigenetic regulation, transcription regulation at post-transcription regulation.
-
Maliit na RNA sequencing-Illumina
Ang maliit na RNA ay tumutukoy sa isang klase ng mga non-coding na molekula ng RNA na karaniwang mas mababa sa 200nt ang haba, kabilang ang micro RNA (miRNA), maliit na interference RNA (siRNA), at piwi-interacting RNA (piRNA).
Ang MicroRNA (miRNA) ay isang klase ng endogenous na maliit na RNA na may haba na humigit-kumulang 20-24nt, na gumaganap ng iba't ibang mahahalagang tungkulin sa regulasyon sa mga cell.Ang miRNA ay kasangkot sa maraming mga proseso ng buhay na nagpapakita ng tissue - tiyak at yugto - tiyak na pagpapahayag at lubos na napangalagaan sa iba't ibang species.
-
circRNA sequencing-Illumina
Ang buong transcriptome sequencing ay idinisenyo upang i-profile ang lahat ng uri ng RNA molecule, kabilang ang coding (mRNA) at non-coding RNAs (kabilang ang lncRNA, circRNA at miRNA) na na-transcribe ng mga partikular na cell sa isang partikular na oras.Ang buong transcriptome sequencing, na kilala rin bilang "kabuuang RNA sequencing" ay naglalayong ipakita ang mga komprehensibong network ng regulasyon sa antas ng transcriptome.Sinasamantala ang teknolohiya ng NGS, ang mga pagkakasunud-sunod ng buong transcriptome na mga produkto ay magagamit para sa pagsusuri ng ceRNA at pinagsamang pagsusuri ng RNA, na nagbibigay ng unang hakbang patungo sa functional characterization.Pagbubunyag ng regulatory network ng circRNA-miRNA-mRNA based ceRNA.
-
Buong transcriptome sequencing - Illumina
Ang buong transcriptome sequencing ay idinisenyo upang i-profile ang lahat ng uri ng RNA molecule, kabilang ang coding (mRNA) at non-coding RNAs (kabilang ang lncRNA, circRNA at miRNA) na na-transcribe ng mga partikular na cell sa isang partikular na oras.Ang buong transcriptome sequencing, na kilala rin bilang "kabuuang RNA sequencing" ay naglalayong ipakita ang mga komprehensibong network ng regulasyon sa antas ng transcriptome.Sinasamantala ang teknolohiya ng NGS, ang mga pagkakasunud-sunod ng buong transcriptome na mga produkto ay magagamit para sa pagsusuri ng ceRNA at pinagsamang pagsusuri ng RNA, na nagbibigay ng unang hakbang patungo sa functional characterization.Pagbubunyag ng regulatory network ng circRNA-miRNA-mRNA based ceRNA.
-
Prokaryotic RNA sequencing
Gumagamit ang prokaryotic RNA sequencing ng next generation sequencing (NGS) upang ipakita ang presensya at dami ng RNA sa isang partikular na sandali, sa pamamagitan ng pagsusuri sa nagbabagong cellular transcriptome.Ang prokaryotic RNA sequencing ng aming kumpanya, partikular na naglalayon sa mga prokaryote na may mga reference na genome, na nagbibigay sa iyo ng transcriptome profiling, pagsusuri sa istruktura ng gene, atbp. Ito ay malawakang inilapat sa pangunahing pananaliksik sa agham, pananaliksik at pagpapaunlad ng gamot, at higit pa.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranscriptome Sequencing
Tinutukoy ng metatranscriptome sequencing ang expression ng gene ng mga microbes (parehong eukaryotes at prokaryotes) sa loob ng natural na kapaligiran (ibig sabihin, lupa, tubig, dagat, dumi, at bituka.). ng mga species, functional enrichment analysis ng mga naiibang ipinahayag na gene, at higit pa.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
