Pagsunod-sunod ng buong genome bisulfite (WGBS)
Ang pamamaraang ito, batay sa paggamot gamit ang bisulfite ng DNA upang ma-induce ang conversion ng mga unmethylated cytosine tungo sa uracil (C patungong U), habang iniiwan ang mga methylated cytosine na hindi nababago, ay nagsisilbing gold-standard na metodolohiya para sa malalimang paggalugad ng DNA methylation, partikular na ang ikalimang posisyon sa cytosine (5-mC), isang mahalagang regulator ng gene expression at cellular activity.
Nag-aalok ang pamamaraang ito ng single-base resolution, na nagpapahintulot sa mga mananaliksik na komprehensibong imbestigahan ang methylome at matuklasan ang mga abnormal na pattern ng methylation sa loob ng mga sample. Sa pamamagitan ng paggamit ng WGBS, makakakuha ang mga siyentipiko ng walang kapantay na mga pananaw sa mga genome-wide methylation landscape, na nagbibigay ng mas malalim na pag-unawa sa mga mekanismo ng epigenetic na siyang pinagbabatayan ng magkakaibang proseso at sakit na biyolohikal.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Pagsunod-sunod sa Illumina NovaSeq.
● Nangangailangan ng isang sangguniang genome.
● Idinaragdag ang Lambda DNA upang masubaybayan ang kahusayan ng conversion ng bisulfite.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Pamantayang Ginto para sa Pananaliksik sa DNA Methylation: Ang makabagong teknolohiyang ito ay may mataas na katumpakan at mahusay na kakayahang kopyahin.
●Malawak na Saklaw at Resolusyon na Single-base:Ang pagtuklas ng mga site ng methylation ay nasa antas na pang-genome.
●Kumpletong Plataporma:Nagbibigay kami ng one-stop service mula sa pagproseso ng sample, pagtatayo ng library, sequencing hanggang sa bioinformatics analysis.
●Malawak na KadalubhasaanMalawak ang aming saklaw ng mga proyektong nakumpleto sa iba't ibang uri ng hayop. Ang BMKGENE ay may mahigit isang dekadang karanasan, isang lubos na bihasang pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng benta.
●Posibilidad na Sumali sa Pagsusuri ng Transcriptomics: Nagbibigay-daan para sa pinagsamang pagsusuri ng WGBS kasama ang iba pang datos ng omics tulad ng RNA-seq.
Mga Halimbawang Espesipikasyon
| Aklatan | Istratehiya sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang output ng datos | Kontrol ng kalidad |
| Ginamot na bisulfite | Illumina PE150 | 30x na lalim | Q30 ≥ 85% Pagbabago ng bisulfite > 99% |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang dami (µg) | Mga karagdagang kinakailangan | |
| Henomikong DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Limitadong pagkasira o kontaminasyon |
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng DNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Paghahatid ng datos
Kasama sa serbisyo ang sumusunod na pagsusuri:
● Pagkontrol sa kalidad ng hilaw na sequencing;
● Pagmamapa sa genome na sanggunian;
● Pagtuklas ng 5mC methylated bases;
● Pagsusuri ng distribusyon at anotasyon ng methylation;
● Pagsusuri ng mga Rehiyong May Differential Methylation (DMR);
● Anotasyon ng tungkulin ng mga gene na nauugnay sa mga DMR.
5mC methylation detection: mga uri ng methylated sites
Mapa ng metilasyon. 5mC distribusyon ng genome ng metilasyon
Anotasyon ng mga rehiyon na may mataas na methylation
Mga Rehiyong May Differential Methylated: mga kaugnay na gene
Mga Rehiyong May Differential Methylated: anotasyon ng mga kaugnay na gene (Gene Ontology)
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng whole genome bisulfite sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Fan, Y. et al. (2020) 'Pagsusuri ng mga profile ng methylation ng DNA habang umuunlad ang kalamnan ng kalansay ng tupa gamit ang whole-genome bisulfite sequencing',BMC Genomics, 21(1), pp. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Mga nobelang perturbations ng deoxyribonucleic acid methylation sa mga manggagawang nalantad sa vinyl chloride',Toksikolohiya at Kalusugang Pang-industriya, 38(7), pp. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Mga ugnayan sa pagitan ng genome methylation, mga antas ng non-coding RNAs, mRNAs at metabolites sa hinog na prutas ng kamatis',Ang Dyornal ng Halaman, 103(3), pp. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
