16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması-PacBio
Hizmet Avantajları
● 16S/18S/ITS'nin tam uzunluktaki dizisini ortaya koyan uzun okumalar
● PacBio CCS modu sıralaması ile son derece doğru baz araması
● OTU/ASV ek açıklamasında tür düzeyinde çözünürlük
● Veritabanı, ek açıklama, OTU/ASV açısından çeşitli analizlere sahip en son QIIME2 analiz akışı.
● Çeşitli mikrobiyal topluluk çalışmalarına uygulanabilir
● BMK, toprak, su, gaz, çamur, dışkı, bağırsak, deri, fermantasyon suyu, böcekler, bitkiler vb. kapsayan yılda 100.000'den fazla numuneyle kapsamlı deneyime sahiptir.
● BMKCloud, 45 kişiselleştirilmiş analiz aracı içeren veri yorumlamayı kolaylaştırdı
Hizmet Özellikleri
| Sıralamaplatformu | Kütüphane | Önerilen veriler | Geri Dönüş Süresi |
| PacBio Devam II | SMRT zili | 5K/10K/20K Etiketler | 44 iş günü |
Biyoinformatik analizler
● Ham veri kalite kontrolü
● OTU kümeleme/Gürültü Giderme(ASV)
● OTU ek açıklaması
● Alfa çeşitliliği
● Beta çeşitliliği
● Gruplar arası analiz
● Deneysel faktörlere karşı ilişki analizi
● Fonksiyon gen tahmini
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
İçinDNA ekstraktları:
| Örnek tip | Miktar | Konsantrasyon | Saflık |
| DNA ekstraktları | > 1 µg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Çevresel numuneler için:
| Örnek tip | Önerilen numune alma prosedürü |
| Toprak | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Kalan solmuş maddenin yüzeyden uzaklaştırılması gerekir;Büyük parçaları öğütün ve 2 mm'lik filtreden geçirin;Rezervasyon için steril EP tüpü veya sirotüp içindeki örnekler. |
| Dışkı | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Numuneleri rezervasyon için steril EP tüpü veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Bağırsak içeriği | Numunelerin aseptik koşullar altında işlenmesi gerekir.Toplanan dokuyu PBS ile yıkayın;PBS'yi santrifüj edin ve çökelticiyi EP tüplerinde toplayın. |
| Çamur | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Rezervasyon için çamur numunesini steril EP tüpünde veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Su kütlesi | Musluk suyu, kuyu suyu vb. gibi sınırlı miktarda mikrobiyal içeren numuneler için, en az 1 L su toplayın ve membrandaki mikrobiyal zenginleştirmeyi sağlamak için 0,22 μm filtreden geçirin.Membranı steril tüpte saklayın. |
| Deri | Steril pamuklu çubuk veya cerrahi bıçakla cilt yüzeyini dikkatlice kazıyın ve steril tüpe yerleştirin. |
Önerilen Numune Teslimatı
Numuneleri 3-4 saat boyunca sıvı nitrojende dondurun ve uzun süreli rezervasyon için sıvı nitrojende veya -80 derecede saklayın.Kuru buzla numune gönderimi gereklidir.
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
1. V3+V4(Illumina) tabanlı mikrobiyal topluluk profili oluşturmanın tam uzunluklu (PacBio) tabanlı profil oluşturmaya göre ek açıklama oranı.
(Rastgele seçilen 30 projenin verileri istatistiklere uygulandı)
2.Farklı örnek türlerinde tür düzeyinde tam uzunlukta amplikon diziliminin açıklama oranı
3. Tür dağılımı
4. Filogenetik ağaç
BMK Davası
Arseniğe maruz kalma, bağırsak bariyerinde hasara neden olur ve bunun sonucunda bağırsak-karaciğer ekseninin aktivasyonuna neden olur ve ördeklerde karaciğerde iltihaplanma ve piroptozise yol açar.
Yayınlanan:Toplam Çevre Bilimi,2021
Sıralama stratejisi:
Örnekler: Kontrol ve 8 mg/kg ATO'ya maruz kalan grup
Sıralama verisi verimi: Toplamda 102.583 ham CCS dizisi
Kontrol: 54.518 ± 747 etkili CCS
ATO'ya maruz kalan: 45.050 ± 1675 etkili CCS
Temel sonuçlar
Alfa çeşitliliği:ATO'ya maruz kalma, ördeklerdeki bağırsak mikrobiyal zenginliğini ve çeşitliliğini önemli ölçüde değiştirdi.
Meta istatistik analizi:
Filum seviyesinde: Sadece kontrol gruplarında 2 bakteri filumu tespit edildi
Cins düzeyinde: 6 cinsin göreceli bolluğu önemli ölçüde farklı bulundu
Tür düzeyinde: Toplamda 36 tür tespit edildi; bunlardan 6'sı göreceli bolluk açısından önemli ölçüde farklıydı
Referans
Thingholm, LB ve diğerleri."Tip 2 Diyabeti Olan ve Olmayan Obez Bireyler Farklı Bağırsak Mikrobiyal Fonksiyonel Kapasitesi ve Kompozisyonu Gösteriyor."Hücre Konağı ve Mikrop26.2(2019).
