Ürünler

Tam uzunlukta mRNA dizilimi -PacBio

De novoolarak da bilinen tam uzunlukta transkriptom dizilimiDe novoIso-Seq, tam uzunluktaki cDNA moleküllerinin herhangi bir kesinti olmadan sıralanmasını sağlayan PacBio sıralayıcının okuma uzunluğundaki avantajlarını kullanır.Bu, transkript birleştirme adımlarında oluşan hataları tamamen ortadan kaldırır ve izoform düzeyinde çözünürlüğe sahip tek tip kümeler oluşturur.Bu tek gen kümeleri, transkriptom seviyesinde “referans genom” olarak güçlü genetik bilgi sağlar.Ek olarak, yeni nesil sıralama verileriyle birleştirilen bu hizmet, izoform düzeyindeki ifadenin doğru bir şekilde ölçülmesini sağlar.

Platform: PacBio Devam II

Kütüphane: SMRT çan kütüphanesi

Bize Ulaşın

Hizmet Detayları

Demo Sonuçları

Vaka Analizi

Hizmet Avantajları

● Tam uzunluktaki cDNA molekülünün 3'-ucundan 5'-ucuna kadar doğrudan okunması

● Dizi yapısında izo-form düzeyinde çözünürlük

● Yüksek doğruluk ve bütünlüğe sahip transkriptler

● Çeşitli türlerle son derece uyumlu

● 4 PacBio Sequel II sekanslama platformuyla donatılmış büyük sekanslama kapasitesi

● 700'den fazla Pacbio tabanlı RNA dizileme projesinde son derece deneyimli

● BMKCloud tabanlı sonuç sunumu: Platformda özelleştirilmiş veri madenciliği mevcuttur.

● Satış sonrası hizmetler projenin tamamlanmasından sonra 3 ay süreyle geçerlidir

Hizmet Özellikleri

Platform: PacBio Devam II

Sıralama kütüphanesi: Poli A ile zenginleştirilmiş mRNA kütüphanesi

Önerilen veri verimi: 20 Gb/örnek (Türlere bağlı olarak)

FLNC（%）: ≥75%

*FLNC: Tam uzunlukta kimerik olmayan transkriptler

Biyoinformatik analizler

● Ham veri işleme

● Transkript tanımlama

● Sıra yapısı

● İfade Nicelemesi

● İşlev Açıklaması

Numune Gereksinimleri ve Teslimat

Örnek Gereksinimler:

Nükleotidler:

Kons.(ng/μl)

Miktar (μg)

Saflık

Bütünlük

≥ 120

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor.

Bitkiler için: RIN≥7,5;

Hayvanlar için: RIN≥8,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok

Doku: Ağırlık(kuru):≥1 gr
*5 mg'dan küçük dokular için flaş dondurulmuş (sıvı nitrojen içinde) doku örneğinin gönderilmesini öneririz.

Hücre süspansiyonu:Hücre sayısı = 3×10⁶- 1×10⁷
*Dondurulmuş hücre lizatını göndermenizi öneririz.Hücre sayımının 5×10'dan küçük olması durumunda⁵Mikro ekstraksiyon için tercih edilen sıvı nitrojende flaşla dondurma önerilir.

Kan örnekleri:Hacim≥1 mL

Mikroorganizma:Kütle ≥ 1 g

Önerilen Numune Teslimatı

Konteyner:
2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Örnek etiketleme: Grup+kopya örneğin A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Gönderi:

1. Kuru buz: Numunelerin torbalara konulması ve kuru buza gömülmesi gerekir.
2. RNAstabil tüpler: RNA numuneleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.

Hizmet İş Akışı

Deney tasarımı

Numune teslimatı

RNA ekstraksiyonu

Kütüphane inşaatı

Sıralama

Veri analizi

Satış sonrası hizmetler

Öncesi: Ökaryotik mRNA Sıralaması-Illumina

Sonraki: Tam Uzunlukta mRNA Sıralaması-Nanogözenek

1.FLNC uzunluk dağılımı

Tam uzunlukta kimerik olmayan okumanın uzunluğu (FLNC), kütüphane yapımında cDNA'nın uzunluğunu belirtir.FLNC uzunluk dağılımı, kütüphane inşaatının kalitesini değerlendirmede çok önemli bir göstergedir.

mRNA-FLNC-okuma-uzunluk-dağılımı

FLNC okuma uzunluğu dağılımı

2. Tam ORF bölge uzunluğu dağılımı

Tüm örneklerde yedeksiz transkript bilgilerinin tamamını içeren tek gen kümeleri oluşturmak amacıyla protein kodlama bölgelerini ve karşılık gelen amino asit dizilerini tahmin etmek için TransDecoder'ı kullanıyoruz.

mRNA-Komple-ORF-uzunluk-dağılımı

Tam ORF bölge uzunluğu dağılımı

3.KEGG yolu zenginleştirme analizi

Diferansiyel olarak eksprese edilen transkriptler (DET'ler), NGS bazlı RNA sekanslama verilerinin PacBio sekanslama verileri tarafından oluşturulan tam uzunlukta transkript setleri üzerinde hizalanmasıyla tanımlanabilir.Bu DET'ler, örneğin KEGG yolu zenginleştirme analizi gibi çeşitli fonksiyonel analizler için ayrıca işlenebilir.

mRNA-DEG-KEGG-yol zenginleştirmesi

DET KEGG yolu zenginleştirme -Nokta grafiği

BMK Davası

Populus kök transkriptomunun gelişim dinamikleri

Yayınlanan: Bitki Biyoteknolojisi Dergisi, 2019

Sıralama stratejisi:
Örnek koleksiyon:kök bölgeleri: Nanlin895'ten apeks, birinci düğüm arası (IN1), ikinci düğüm arası (IN2), üçüncü düğüm arası (IN3), düğüm arası (IN4) ve düğüm arası (IN5)
NGS dizisi:15 bireyin RNA'sı tek bir biyolojik örnek olarak havuzlandı.NGS dizisi için her noktanın üç biyolojik kopyası işlendi
TGS dizisi:Kök bölgeleri apeks, IN1-IN3 ve IN4-IN5 olmak üzere üç bölgeye ayrıldı.Her bölge, dört tür kitaplıkla PacBio dizilimi için işlendi: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ve 3-10 kb.

Temel sonuçlar

1. Toplam 87150 tam uzunlukta transkript tanımlandı; bunların içinde 2081 yeni izoform ve 62058 yeni alternatif eklenmiş izoform tanımlandı.
2.1187 lncRNA ve 356 füzyon geni tanımlandı.
3. Birincil büyümeden ikincil büyümeye, diferansiyel olarak eksprese edilen 995 genden 15838 diferansiyel olarak eksprese edilen transkript tanımlandı.Tüm DEG'lerde 1216 tanesi transkripsiyon faktörleriydi ve bunların çoğu henüz rapor edilmedi.
4.GO zenginleştirme analizi, birincil ve ikincil büyümede hücre bölünmesinin ve oksidasyon-redüksiyon sürecinin önemini ortaya çıkardı.