DNA/RNA dizilimi -PacBio Sıralayıcı
Özellikler
PacBio sıralayıcıda iki sıralama modu: Sürekli Uzun Okuma (CLR) ve Dairesel Konsensüs Okuma (CCS)
| Sıralama Modu | Kütüphane Boyutu | Teorik VerilerVerim (Hücre Başına) | Tek tabanlıKesinlik | Uygulamalar |
| CLR | 20Kb, 30Kb vb. | 80 Gb - 130 Gb | Yaklaşık.%85 | De novo, SV araması vb. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 ila 40 Gb/Hücre (Devam II) 70 - 110 Gb/Hücre (Revio) Numunelere bağlıdır | Yaklaşık.%99 | De novo, SNP/Indel/SV çağrısı, Iso-Seq, |
Revio ve Sequel II'nin performans ve özelliklerinin karşılaştırılması
| Şartlar | Devam II sistemi | Revo sistemi | Arttırmak |
| Daha yüksek yoğunluk | 8 milyon ZMW | 25 milyon ZMW | 3x |
| Bağımsız aşamalar | 1 | 4 | 4x |
| Daha kısa çalışma süreleri | 30 saat | 24 saat | 1,25x |
| 30X HiFi insan genomu / yıl | 88 | 1.300 | 1genel olarak 5x |
Hizmet Avantajları
● PacBio dizileme platformunda çeşitli türlerle binlerce kapalı projeyle 8 yılı aşkın deneyim.
● Yeterli sekanslama verimini garanti etmek için en yeni PacBio Sekanslama platformları Revio ile tam donanımlıdır.
● Daha hızlı geri dönüş süresi, daha yüksek veri verimi ve daha doğru veriler.
● Yüzlerce yüksek etkili PacBio tabanlı yayına katkıda bulunuldu.
Örnek Gereksinimler
| Örnek tip | Miktar | Konsantrasyon (Qubit®) | Hacim | Saflık | Diğerleri |
| genomik DNA | Veri Gereksinimine Bağlıdır | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; 260 nm'de net zirve,kirlenme yok | Konsantrasyonun Qubit ile ölçülmesi gerekir ve Qubit/Nanopor = 0,8-2,5 |
| Toplam RNA | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;kirlenme yok | RIN değeri ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Hizmet İş Akışı
örnek hazırlama
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Proje teslimi
1.Şirket İçi Veri Verimi
63 CCS hücresinden (26 türden) oluşturulan veriler
| VERİ-PacBio-CCS-15 Kb | Ortalama | Maksimum | Min. | Medyan |
| Verim - alt okumalar (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426,58 |
| Yıllanmış - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimeraz N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Alt okumalar N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Ortalama uzunluk-Polimeraz | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Ortalama uzunluk-Alt Diziler | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Ortalama uzunluk-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
16 CLR hücresinden üretilen veriler (76 türden)
| VERİ-PacBio-CLR-30Kb | Ortalama | Maksimum | Min. | Medyan |
| Verim - alt okumalar (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimeraz N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Alt okumalar N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Ortalama uzunluk-Polimeraz | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Ortalama uzunluk-Alt Diziler | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.Veri Kalite Kontrol – DemoVeri verimine ilişkin istatistikler
| Örnek | ccs Okuma Sayısı | Toplam ccs Bazları (bp) | ccs N50'yi okur (bp) | ccs Ortalama Uzunluk (bp) | ccs En Uzun Okuma (bp) | Bazlar (bp) alt okumaları | ccs oranı (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
