Illumina'nın önceden hazırlanmış kütüphaneleri
Özellikler
●Platformlar:Illumina NovaSeq 6000 ve NovaSeq X Plus
●Sıralama modları:PE150 ve PE250
●Sıralamadan önce kitaplıkların kalite kontrolü
●Verilerin kalite kontrol ve teslimatının sıralanması:Q30 okumalarının çoğullaması ve filtrelenmesinden sonra QC raporunun ve ham verilerin fastq formatında teslimi
Hizmet Avantajları
●Sıralama hizmetlerinin çok yönlülüğü:müşteri şerit, akış hücresi veya gerekli veri miktarına göre (kısmi şerit sıralama) sıralamayı seçebilir.
●Illumina sıralama platformunda kapsamlı deneyim:çeşitli türlerle binlerce kapalı projeyle.
●Sıralama QC raporunun teslimi:sıralama projesinin kalite ölçümleri, veri doğruluğu ve genel performansı ile.
●Olgun sıralama süreci:kısa dönüş süresi ile.
●Titiz Kalite Kontrolü: Sürekli olarak yüksek kaliteli sonuçların teslimini garanti etmek için sıkı kalite kontrol gereklilikleri uyguluyoruz.
Örnek Platformlar
| platformu | Akış Hücresi | Sıralama modu | Birim | Tahmini çıktı |
| NovaSeq X | 10B (8 şeritli) | PE150 | tek şerit Kısmi Şerit | 375Gb / Şerit |
| 25B (8 şeritli) | PE150 | tek şerit Kısmi Şerit | 1000 Gb/Şerit | |
| NovaSeq 6000 | SP Akış hücresi (2 şeritli) | PE250 | Akış Hücresi tek şerit Kısmi Şerit | 325-400 M okuma / Şerit |
| S4 Akış hücresi (4 şeritli) | PE150 | Akış Hücresi tek şerit Kısmi Şerit | ~800 Gb / Şerit |
Örnek Gereksinimler
| Veri Miktarı (X) | Konsantrasyon (qPCR/nM) | Hacim | |
| Kısmi Şerit Sıralaması
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nm | ≥ 25 ul |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nm | ≥ 25 ul | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 ul | |
| X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 ul | |
| Şerit Sıralaması | Şerit Başına | ≥ 1,5 nM / Kütüphane havuzu | ≥ 25 µl / Kütüphane havuzu |
Konsantrasyon ve toplam miktarın yanı sıra uygun bir pik paterni de gereklidir.
Not: Düşük çeşitlilikteki kitaplıkların şerit sıralaması, güçlü baz çağrı sağlamak için PhiX spike-in'i gerektirir.
Örnek olarak önceden havuzlanmış kitaplıkları göndermenizi öneririz. BMKGENE'nin kütüphane havuzu oluşturmasını istiyorsanız lütfen şuraya bakın:
Kısmi şerit sıralaması için kütüphane gereksinimleri.
Kütüphane Boyutu (En yüksek harita)
Ana zirve 300-450 bp arasında olmalıdır.
Kitaplıkların tek bir ana tepe noktası olmalı, adaptör kontaminasyonu olmamalı ve birincil dimerler olmamalıdır.
Numuneleriniz başlangıç malzemesi gereksinimlerini karşılamıyorsa lütfen bizimle iletişime geçin.
Hizmet İş Akışı
Kütüphane kalite kontrolü
Sıralama
Veri kalitesi kontrolü
Proje teslimi
Kütüphane Kalite Kontrol raporu
Sıralama, kütüphane miktarının değerlendirilmesi ve parçalanma öncesinde kütüphanenin kalitesine ilişkin bir rapor sunulur.
QC raporunun sıralanması
Tablo 1. Verilerin sıralamasına ilişkin istatistikler.
| Örnek kimliği | BMKID | Ham okumalar | Ham Veri (bp) | Temiz okumalar (%) | Ç20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Şekil 1. Her örnekteki okumalar boyunca kalite dağılımı
Şekil 2. Temel içerik dağılımı
Şekil 3. Sıralama verilerinde okuma içeriklerinin dağılımı
