Tam Uzunlukta mRNA Dizilemesi-Nanopore
Özellikler
● Poli-A mRNA'nın yakalanması, ardından cDNA sentezi ve kütüphane hazırlanması
● Tam uzunluktaki transkriptlerin dizilenmesi
● Referans genomuna hizalamaya dayalı biyoenformatik analiz
● Biyoenformatik analiz yalnızca gen ve izoform düzeyindeki ifadeyi değil aynı zamanda lncRNA, gen füzyonları, poliadenilasyon ve gen yapısının analizini de içerir
Hizmet Avantajları
●İzoform düzeyinde ifadenin kantifikasyonu: detaylı ve doğru ifade analizini mümkün kılarak, tüm gen ifadesinin analizinde maskelenebilecek değişimi ortaya çıkarmak
●Azaltılmış Veri Talepleri:Yeni Nesil Dizileme (NGS) ile karşılaştırıldığında, Nanopore dizilemesi daha düşük veri gereksinimleri sergiler ve daha küçük verilerle eşdeğer düzeyde gen ifadesi kantifikasyon doygunluğuna olanak tanır.
●İfade kantifikasyonunun daha yüksek doğruluğu: hem gen hem de izoform düzeyinde
●Ek transkriptomik bilginin tanımlanması: alternatif poliadenilasyon, füzyon genleri ve lcnRNA ve hedef genleri
●Kapsamlı Uzmanlık:Ekibimiz her projeye zengin bir deneyim getiriyor; 850'den fazla Nanopore tam uzunlukta transkriptom projesini tamamladı ve 8.000'den fazla örneği işledi.
●Satış Sonrası Destek: Taahhüdümüz, projenin tamamlanmasının ötesine geçerek 3 aylık bir satış sonrası hizmet süresi sunar. Bu süre zarfında, proje takibi, sorun giderme yardımı ve sonuçlarla ilgili tüm soruları yanıtlamak için soru-cevap oturumları sunarız.
Örnek Gereksinimleri ve Teslimat
| Kütüphane | Sıralama stratejisi | Önerilen veriler | Kalite Kontrol |
| Poli A ile zenginleştirilmiş | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Ortalama kalite puanı: Q10 |
Örnek Gereksinimler:
Nükleotidler:
| Konsantrasyon (ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jel üzerinde sınırlı veya hiç protein veya DNA kontaminasyonu görülmedi. | Bitkiler için: RIN≥7.0; Hayvanlar için: RIN≥7,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; sınırlı veya hiç taban yüksekliği yok |
● Bitkiler:
Kök, Gövde veya Taçyaprağı: 450 mg
Yaprak veya Tohum: 300 mg
Meyve: 1,2 gr
● Hayvan:
Kalp veya Bağırsak: 300 mg
İç Organlar veya Beyin: 240 mg
Kas: 450 mg
Kemik, Saç veya Deri: 1g
● Eklembacaklılar:
Böcekler: 6g
Kabuklular: 300 mg
● Tam kan: 1 tüp
● Hücreler: 106 hücreler
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo önerilmez)
Örnek etiketleme: Grup+tekrar örneğin A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sevkiyat:
1. Kuru buz: Numunelerin torbalara konularak kuru buzun içine gömülmesi gerekir.
2. RNAstable tüpleri: RNA örnekleri RNA stabilizasyon tüpünde (örneğin RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Hizmet İş Akışı
Nükleotidler:
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Dizileme
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Hizmet İş Akışı
Doku:
Deney tasarımı
Numune teslimatı
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Dizileme
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
● Ham veri işleme
● Transkript tanımlaması
● Alternatif ekleme
● Gen düzeyinde ve izoform düzeyinde ifade kantifikasyonu
● Diferansiyel ifade analizi
● Fonksiyon açıklamaları ve zenginleştirme (DEG'ler ve DET'ler)
Alternatif ekleme analizi
Alternatif Poliadenilasyon Analizi (APA)
lncRNA tahmini
Yeni genlerin açıklaması
DET'lerin kümelenmesi
DEG'lerde Protein-Protein Ağları
BMKGene'nin Nanopore tam uzunlukta mRNA dizileme hizmetlerinin sağladığı gelişmeleri, özenle seçilmiş yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Gong, B. ve diğerleri (2023) 'Gliyomada bir onkogen olarak salgı kinaz FAM20C'nin epigenetik ve transkripsiyonel aktivasyonu', Genetik ve Genomik Dergisi, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. ve ark. (2023) 'Lenfositlerin tam uzunlukta transkriptom dizilimi, pisi balığında (Paralichthys olivaceus) Th1 eğilimli bir bağışıklık tepkisini ortaya koyuyor', Balık ve Kabuklu Deniz Ürünleri İmmünolojisi, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. ve diğerleri (2023) 'Nemopilema Nomurai zehir tanımlaması için PacBio ve ONT RNA dizileme yöntemlerinin karşılaştırmalı analizi', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. ve diğerleri (2023) 'Nano-seq analizi, hUMSC'den türetilen ekzosomlar ve mikroveziküller arasında farklı işlevsel eğilimler olduğunu ortaya koyuyor', Kök Hücre Araştırması ve Terapisi, 14(1), s. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
