Tam Uzunlukta mRNA Sıralaması-Nanogözenek
Hizmet Avantajları
● Düşük dizi önyargısı
● Tam uzunluktaki cDNA moleküllerinin ortaya çıkarılması
● Aynı sayıda transkripti kapsamak için daha az veri gerekir
● Gen başına birden fazla izoformun tanımlanması
● İzoform düzeyinde ifade niceliği
Hizmet Özellikleri
| Kütüphane | platformu | Önerilen veri verimi (Gb) | Kalite kontrol |
| cDNA-PCR(Poli-A ile zenginleştirilmiş) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/örnek (Türlere bağlı olarak) | Tam uzunluk oranı>%70 Ortalama kalite puanı: S10
|
Biyoinformatik analizler
●Ham veri işleme
● Transkript tanımlama
● Alternatif ekleme
● Gen düzeyinde ve izoform düzeyinde ifade niceliği
● Diferansiyel ifade analizi
● İşlev açıklaması ve zenginleştirme (DEG'ler ve DET'ler)
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
Nükleotidler:
| Kons.(ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 100 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor. | Bitkiler için: RIN≥7,0; Hayvanlar için: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok |
Doku: Ağırlık(kuru): ≥1 g
*5 mg'dan küçük dokular için flaş dondurulmuş (sıvı nitrojen içinde) doku örneğinin gönderilmesini öneririz.
Hücre süspansiyonu: Hücre sayısı = 3×106- 1×107
*Dondurulmuş hücre lizatını göndermenizi öneririz.Hücre sayımının 5×10'dan küçük olması durumunda5Mikro ekstraksiyon için tercih edilen sıvı nitrojende flaşla dondurma önerilir.
Kan örnekleri: Hacim≥1 ml
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Örnek etiketleme: Grup+kopya örneğin A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Gönderi: 2 、 Kuru buz: Numunelerin torbalara paketlenmesi ve kuru buza gömülmesi gerekir.
- RNAstabil tüpler: RNA örnekleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Hizmet İş Akışı
Nükleotidler:
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Hizmet İş Akışı
Doku:
Deney tasarımı
Numune teslimatı
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
1.Diferansiyel ifade analizi -Volkan grafiği
Diferansiyel ekspresyon analizi, diferansiyel olarak eksprese edilen genleri (DEG'ler) tanımlamak için hem gen düzeyinde hem de diferansiyel olarak tanımlamak için izoform düzeyinde işlenebilir.
ifade edilen transkriptler (DET'ler)
2.Hiyerarşik kümeleme ısı haritası
3.Alternatif ekleme tanımlama ve sınıflandırma
Astalavista tarafından beş tür alternatif birleştirme olayı tahmin edilebilir.
4.Poli-A'nın 50 bp yukarı akışında alternatif poli-adenilasyon (APA) olaylarının tanımlanması ve Motif
BMK Davası
Nano gözenekli tam uzunlukta transkriptom dizilimi ile alternatif birleştirme tanımlaması ve izoform düzeyinde nicelik belirleme
Yayınlanan:Doğa İletişimi,2020
Sıralama stratejisi:
Gruplandırma: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E mutasyonu);3. Normal B hücreleri
Sıralama stratejisi: MinION 2D kitaplık sıralaması, PromethION 1D kitaplık sıralaması;Aynı örneklerden kısa okuma verileri
Sıralama platformu: Nanopore MinION;Nanopore Promethion;
Temel sonuçlar
1.İzoform Düzeyinde Alternatif Ekleme Tanımlaması
Uzun okuma dizileri mutant SF3B1'in tanımlanmasını güçlendirirK700E-izoform seviyesinde değiştirilmiş ekleme bölgeleri.35 alternatif 3'SS ve 10 alternatif 5'SS'nin SF3B1 arasında önemli ölçüde diferansiyel olarak eklendiği bulunduK700Eve SF3B1WT.35 değişikliğin 33'ü uzun okuma dizileri tarafından yeni keşfedildi.
2.İzoform düzeyinde Alternatif Ekleme ölçümü
SF3B1'de intron tutma (IR) izoformlarının ifadesiK700Eve SF3B1WTSF3B1'de IR izoformlarının küresel bir aşağı regülasyonunu ortaya çıkaran nano gözenek dizilerine dayalı olarak ölçüldüK700E.
Referans
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV ve diğerleri.Kronik lenfositik lösemide SF3B1 mutasyonunun tam uzunlukta transkript karakterizasyonu, tutulan intronların[J] aşağı regülasyonunu ortaya koymaktadır.Doğa İletişimi.
