Tam Uzunlukta mRNA Sıralaması-Nanogözenek
Özellikler
● Poli-A mRNA'nın yakalanması ve ardından cDNA sentezi ve kütüphane hazırlığı
● Tam uzunluktaki transkriptlerin sıralanması
● Referans genomuna hizalamayı temel alan biyoinformatik analiz
● Biyoinformatik analiz yalnızca gen ve izoform seviyesindeki ifadeyi değil aynı zamanda lncRNA, gen füzyonları, poli-adenilasyon ve gen yapısının analizini de içerir
Hizmet Avantajları
●İfadenin izoform seviyesinde nicelendirilmesi: Detaylı ve doğru ifade analizine olanak tanır, tüm gen ifadesini analiz ederken maskelenebilecek değişimi ortaya çıkarır
●Azaltılmış Veri Talepleri:Yeni Nesil Dizileme (NGS) ile karşılaştırıldığında, Nanopore dizilemesi daha düşük veri gereksinimleri sergiler ve daha küçük verilerle eşdeğer düzeyde gen ifadesi nicelik doygunluğuna izin verir.
●İfade miktarının belirlenmesinde daha yüksek doğruluk: hem gen hem de izoform seviyesinde
●Ek transkriptomik bilgilerin tanımlanması: alternatif poliadenilasyon, füzyon genleri ve lcnRNA ve bunların hedef genleri
●Kapsamlı Uzmanlık: Ekibimiz, 850'den fazla Nanopore tam uzunlukta transkriptom projesini tamamlamış ve 8.000'den fazla örneği işleyerek her projeye zengin bir deneyim katmaktadır.
●Satış Sonrası Destek: Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet süresiyle projenin tamamlanmasının ötesine uzanır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili her türlü soruyu yanıtlamak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
| Kütüphane | Sıralama stratejisi | Önerilen veriler | Kalite Kontrol |
| Poli A zenginleştirilmiş | Illumina PE150 | 6/12 GB | Ortalama kalite puanı: Q10 |
Örnek Gereksinimler:
Nükleotidler:
| Kons.(ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor. | Bitkiler için: RIN≥7,0; Hayvanlar için: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok |
● Bitkiler:
Kök, Kök veya Yaprak: 450 mg
Yaprak veya Tohum: 300 mg
Meyve: 1,2 gr
● Hayvan:
Kalp veya Bağırsak: 300 mg
İç Organ veya Beyin: 240 mg
Kas: 450 mg
Kemikler, Saç veya Cilt: 1g
● Eklembacaklılar:
Böcekler: 6g
Kabuklular: 300 mg
● Tam kan: 1 tüp
● Hücreler: 106 hücreler
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Teneke folyo tavsiye edilmez)
Örnek etiketleme: Grup+kopya örneğin A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gönderim:
1. Kuru buz: Numunelerin torbalara konulması ve kuru buza gömülmesi gerekir.
2. RNAstabil tüpler: RNA örnekleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Hizmet İş Akışı
Nükleotidler:
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Hizmet İş Akışı
Doku:
Deney tasarımı
Numune teslimatı
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
● Ham veri işleme
● Transkript tanımlama
● Alternatif ekleme
● Gen düzeyinde ve izoform düzeyinde ifade niceliği
● Diferansiyel ifade analizi
● İşlev açıklaması ve zenginleştirme (DEG'ler ve DET'ler)
Alternatif ekleme analizi
Alternatif Poliadenilasyon Analizi (APA)
lncRNA tahmini
Yeni genlerin açıklaması
DET'lerin kümelenmesi
DEG'lerdeki Protein-Protein Ağları
BMKGene'nin Nanopore tam uzunlukta mRNA sıralama hizmetlerinin sağladığı ilerlemeleri, seçilmiş bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Gong, B. ve ark. (2023) 'gliomada bir onkogen olarak salgı kinaz FAM20C'nin epigenetik ve transkripsiyonel aktivasyonu', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), s. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
O, Z. ve ark. (2023) 'IFN-y'ye yanıt veren lenfositlerin tam uzunlukta transkriptom dizilimi, pisi balığı (Paralichthys olivaceus)'nda Th1-çarpık bir bağışıklık tepkisini ortaya çıkarır', Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. ve ark. (2023) 'Nemopilema Nomurai zehirinin tanımlanması için PacBio ve ONT RNA sıralama yöntemlerinin karşılaştırmalı analizi', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. ve ark. (2023) 'Nano-seq analizi, hUMSC'den türetilen eksozomlar ve mikropartiküller arasındaki farklı fonksiyonel eğilimi ortaya koymaktadır', Kök Hücre Araştırması ve Terapisi, 14(1), s. 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLOLAR/6.
