Hi-C tabanlı Kromatin Etkileşimi
Hizmet Özellikleri
● Illumina NovaSeq cihazında PE150 ile sekanslama.
● Bu hizmet, DNA-protein etkileşimlerini korumak için formaldehit ile çapraz bağlama yapmak amacıyla, ekstrakte edilmiş nükleik asitler yerine doku örnekleri gerektirir.
● Hi-C deneyi, yapışkan uçların biotin ile kısıtlanması ve uç onarımı, ardından etkileşimler korunarak oluşan künt uçların daireselleştirilmesini içerir. Daha sonra DNA, streptavidin boncukları ile aşağı çekilir ve sonraki kütüphane hazırlığı için saflaştırılır.
Hizmet Avantajları
●Optimal Kısıtlama Enzimi Tasarımı: %93'e varan geçerli etkileşim çiftleriyle farklı türlerde yüksek Hi-C verimliliği sağlamak.
●Kapsamlı Uzmanlık ve Yayın Kayıtları:BMKGene, 800 farklı türden 2000'den fazla Hi-C sekanslama projesi ve çeşitli patentlerle geniş bir deneyime sahiptir. 900'ün üzerinde kümülatif etki faktörüne sahip 100'den fazla yayınlanmış vakası bulunmaktadır.
●Yüksek Nitelikli Biyoinformatik Ekibi:Hi-C deneyleri ve veri analizi için şirket içi patentler ve yazılım telif haklarına ve kendi geliştirdiği görselleştirme veri yazılımına sahiptir.
●Satış Sonrası Destek:Proje tamamlanmasının ardından da 3 aylık satış sonrası hizmet süresiyle taahhüdümüzü sürdürüyoruz. Bu süre zarfında, proje takibi, sorun giderme yardımı ve sonuçlarla ilgili tüm soruları yanıtlamak için soru-cevap oturumları sunuyoruz.
●Kapsamlı AçıklamaBirden fazla veritabanı kullanarak, tanımlanmış varyasyonlara sahip genleri fonksiyonel olarak açıklıyoruz ve ilgili zenginleştirme analizini gerçekleştiriyoruz; bu da çeşitli araştırma projelerine dair bilgiler sağlıyor.
Hizmet Özellikleri
| Kütüphane | Sıralama Stratejisi | Önerilen veri çıktısı | Hi-C Sinyal Çözünürlüğü |
| Hi-C kütüphanesi | Illumina PE150 | Kromatin döngüsü: 150x TAD: 50x | Kromatin Döngüsü: 10 Kb TAD: 40Kb |
Hizmet Gereksinimleri
| Örnek türü | Gerekli miktar |
| Hayvan dokusu | ≥2g |
| Tam Kan | ≥2 mL |
| Mantarlar | ≥1g |
| Bitki - genç doku | 1 g/liquot, 2-4 aliquot önerilir. |
| Kültürlenmiş Hücreler | ≥1x107 |
Aşağıdaki analizleri içermektedir:
● Ham veri kalite kontrolü;
● Eşleme ve Hi-C kütüphanesi kalite kontrolü: geçerli etkileşim çiftleri ve Etkileşim Azalma Üsleri (IDE'ler);
● Genom Çapında Etkileşim Profili Oluşturma: cis/trans analizi ve Hi-C etkileşim haritası;
● A/B bölmesi dağılımının analizi;
● TAD'ların ve kromatin döngülerinin tanımlanması;
● Örnekler arasında 3 boyutlu kromatin yapı elemanları üzerinde diferansiyel analiz ve ilgili genlerin fonksiyonel açıklaması.
Cis ve trans bireylerin oran dağılımı
Örnekler arasındaki kromozomal etkileşimlerin ısı haritası
A/B bölmelerinin genom çapındaki dağılımı
Kromatin döngülerinin genom çapındaki dağılımı
TAD'lerin Görselleştirilmesi
BMKGene'nin Hi-C sekanslama hizmetlerinin sağladığı araştırma gelişmelerini, özenle seçilmiş yayınlar koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Meng, T. ve diğerleri (2021) 'Karşılaştırmalı entegre çoklu omik analiz, CA2'yi kordoma için yeni bir hedef olarak tanımlıyor',Nöro-Onkoloji, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. ve diğerleri (2021) '3 boyutlu genom düzensizliği ve yeniden düzenlenmesi, entegre Hi-C, Nanopore ve RNA dizilemesi yoluyla NAFLD patogenezine dair bilgiler sağlamaktadır',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
