● PE150 ile Illumina novaseq üzerinde sıralama.
● Servis, ekstrakte edilen nükleik asitler yerine doku örneklerinin formaldehit ile çapraz bağlanmasını ve DNA-protein etkileşimlerini korumasını gerektirir.
● HI-C deney, yapışkan uçların biyotin ile kısıtlanmasını ve bitişini ve ardından etkileşimleri korurken ortaya çıkan künt uçların daireselleştirilmesini içerir. DNA daha sonra streptavid boncukları ile aşağı çekilir ve sonraki kütüphane hazırlığı için saflaştırılır.
Hi-c'ye genel bakış
(Lieberman-Atan E ve ark.,Bilim, 2009)
●Genetik popülasyon verilerine olan ihtiyacı ortadan kaldırma:Hi-C, kontig ankrajı için gerekli bilgileri değiştirir.
●Yüksek marker yoğunluğu:%90'ın üzerinde yüksek bir kontrat ankraj oranına yol açar.
●Kapsamlı uzmanlık ve yayın kayıtları:BMKGene, 1000 farklı türden ve çeşitli patentlerden 2000'den fazla Hi-C genom montajı vakası ile geniş bir deneyime sahiptir. Yayınlanmış 200'den fazla vakanın 2000'in üzerinde biriken etki faktörü vardır.
●Son derece yetenekli biyoinformatik ekibi:Şirket içi patentler ve HI-C deneyleri ve veri analizi için yazılım telif hakları ile, kendi geliştirilen görselleştirme veri yazılımı manuel blok taşıma, tersine çevirme, iptal ve yeniden yapmayı sağlar.
●Satış Sonrası Desteği:Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet dönemi ile projenin tamamlanmasının ötesine uzanmaktadır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili soruları ele almak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
●Kapsamlı ek açıklama: Genleri tanımlanmış varyasyonlarla işlevsel olarak açıklamak ve ilgili zenginleştirme analizini gerçekleştirmek için birden fazla veritabanı kullanıyoruz ve birden fazla araştırma projesi hakkında bilgi veriyoruz.
Kütüphane Hazırlığı | Sıralama stratejisi | Önerilen Veri Çıkışı | Kalite kontrolü |
Hi-C Kütüphanesi | Illumina novaseq PE150 | 100x | S30 ≥% 85 |
Doku | Gerekli Tutar |
Hayvan içkisi | ≥ 2 g |
Hayvan kası | |
Memeli kan | ≥ 2 ml |
Kümes hayvanları/balık kanı | |
Bitki- Taze Yaprak | ≥ 3 g |
Kültürlü Hücreler | ≥ 1x107 |
Böcek | ≥ 2 g |
1) Ham Veri QC
2) HI-C Kütüphane QC: Geçerli HI-C etkileşimlerinin tahmini
3) Hi-Con Montaj: Contig'lerin gruplar halinde kümelenmesi, ardından her grup içinde contig siparişi ve contig oryantasyon atama
4) HI-C değerlendirmesi
Hi-C Kütüphane QC-Hi-C geçerli etkileşim çiftlerinin tahmini
Hi-C Montaj-İstatistikler
Montaj Sonrası Değerlendirme-Kutular arasındaki sinyal yoğunluğunun ısı haritası
BMKGene'nin Hi-Conbly Hizmetleri tarafından yapılan gelişmeleri, küratörlü bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Tian, T. ve ark. (2023) 'Önde gelen kuraklığa dirençli bir mısır germplazmının genom düzeneği ve genetik diseksiyonu', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), s. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl ve ark. (2020) 'Asya bal arısı apis cerana genomunun kromozom ölçeği montajı', Genetikte Frontiers, 11, s. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. ve ark. (2023) 'Solanaceae ailesindeki iki genomu analiz ederek tropan alkaloid biyosentezinin evrimini ortaya çıkarmak', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), s. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. ve ark. (2020) 'Banyan ağacının genomları ve tozlayıcı yaban arısı, incir-wasp Coevolution hakkında bilgiler sağlar', Cell, 183 (4), s. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043