Uzun kodlamayan sıralama-Illumina
Hizmet Avantajları
● Hizmet Avantajları
● Hücresel ve dokuya özgü
● Belirli aşama dinamik ifade değişikliğini ifade eder ve sunar
● Zaman ve mekan ifadesinin kesin kalıpları
● mRNA verileriyle ortak analiz.
● BMKCloud tabanlı sonuç sunumu: Platformda özelleştirilmiş veri madenciliği mevcuttur.
● Satış sonrası hizmetler projenin tamamlanmasından sonra 3 ay süreyle geçerlidir
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
| Kütüphane | platformu | Önerilen veriler | Veri Kalite Kontrolü |
| rRNA tükenmesi | Illumina PE150 | 10 GB | Q30≥85% |
| Kons.(ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor. | Bitkiler için: RIN≥6,5; Hayvanlar için: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok |
Nükleotidler:
Doku: Ağırlık(kuru): ≥1 g
*5 mg'dan küçük dokular için flaş dondurulmuş (sıvı nitrojen içinde) doku örneğinin gönderilmesini öneririz.
Hücre süspansiyonu: Hücre sayısı = 3×107
*Dondurulmuş hücre lizatını göndermenizi öneririz.Hücre sayımının 5×10'dan küçük olması durumunda5Sıvı nitrojende flaşla dondurma tavsiye edilir.
Kan örnekleri:
PA×genKanRNATube;
6 mLLTRIzol ve 2mL kan(TRIzol:Kan=3:1)
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Örnek etiketleme: Grup+kopya örneğin A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Gönderi:
1.Kuru buz: Numunelerin torbalara konulması ve kuru buza gömülmesi gerekir.
2.RNAstabil tüpler: RNA örnekleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Hizmet İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Biyoenformatik
1.LncRNA sınıflandırması
Yukarıdaki dört yazılım tarafından tahmin edilen LncRNA, 4 kategoride sınıflandırıldı: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA sınıflandırması aşağıdaki histogramda gösterilmiştir.
LncRNA sınıflandırması
2. DE-lncRNA zenginleştirme analizinin Cis hedefli genleri
ClusterProfiler, biyolojik süreçler, moleküler işlevler ve hücresel bileşenler açısından diferansiyel olarak eksprese edilen lncRNA'nın (DE-lncRNA) cis hedefli genleri üzerinde GO zenginleştirme analizinde kullanıldı.GO zenginleştirme analizi, tüm genomla karşılaştırıldığında DEG tarafından yönlendirilen önemli ölçüde zenginleştirilmiş GO terimlerini tanımlamaya yönelik bir süreçtir.Zenginleştirilmiş terimler aşağıda gösterildiği gibi histogramda, kabarcık grafiğinde vb. sunuldu.
DE-lncRNA zenginleştirme analizinin Cis-hedefli genleri -Kabarcık şeması
3. mRNA ve lncRNA'nın uzunluğunu, ekson sayısını, ORF'sini ve ekspresyon miktarını karşılaştırarak aralarındaki yapı, dizi vb. farklılıkları anlayabilir ve ayrıca tahmin ettiğimiz yeni lncRNA'nın genel özelliklere uyup uymadığını doğrulayabiliriz.
BMK Davası
KRAS-G12D mutasyonu ve P53 nakavtlı fare akciğer adenokarsinomlarında düzensiz lncRNA ekspresyon profili
Yayınlanan:Hücresel ve Moleküler Tıp Dergisi，2019
Sıralama stratejisi
Illumina
Örnek koleksiyon
NONMMUT015812-yıkma KP (shRNA-2) hücreleri ve negatif kontrol (sh-Scr) hücreleri, spesifik bir viral enfeksiyonun 6. gününde elde edildi.
Temel sonuçlar
Bu çalışma, P53 nakavtlı ve KrasG12D mutasyonlu fare akciğer adenokarsinomunda anormal şekilde eksprese edilen lncRNA'ları araştırmaktadır.
1.6424 lncRNA farklı şekilde ifade edildi (≥ 2 kat değişiklik, P < 0.05).
2. 210 lncRNA'nın (FC≥8) tümü arasında, birincil KP hücrelerinde 11 lncRNA'nın ekspresyonu P53 tarafından, 33 lncRNA KRAS tarafından ve 13 lncRNA hipoksi tarafından düzenlendi.
Fare akciğer adenokarsinomunda dikkate değer şekilde yukarı regüle edilen ve P53 yeniden ekspresyonu tarafından negatif olarak düzenlenen 3.NONMMUT015812, hücresel fonksiyonunu analiz etmek için tespit edildi.
4. NONMMUT015812'nin shRNA'lar tarafından yıkılması, KP hücrelerinin çoğalmasını ve göç yeteneklerini azalttı.NONMMUT015812 potansiyel bir onkogendi.
 NONMMUT015812-yıkma KP hücrelerinde diferansiyel olarak eksprese edilen genlerin KEGG yolu analizi |  NONMMUT015812-yıkma KP hücrelerinde diferansiyel olarak eksprese edilen genlerin Gen Ontolojisi analizi |
Referans
KRAS-G12D mutasyonu ve P53 nakavtı[J] ile fare akciğer adenokarsinomlarında düzensiz lncRNA ekspresyon profili.Hücresel ve Moleküler Tıp Dergisi, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
