Uzun Kodlanmayan Dizileme - Illumina
Hizmet Avantajları
●mRNA ve lncRNA'nın ortak analizimRNA transkriptlerinin nicel analizini lncRNA ve hedeflerinin incelenmesiyle birleştirerek, hücresel yanıtın altında yatan düzenleyici mekanizmaya dair derinlemesine bir genel bakış elde etmek mümkündür.
●Kapsamlı Uzmanlık: Çeşitli örnek ve proje hedeflerini kapsayan 230.000'den fazla örneği işledik. Her projeye zengin uzmanlığımızı getiriyoruz.
●mRNA ve lncRNA'nın ortak analizimRNA transkriptlerinin nicel analizini lncRNA ve hedeflerinin incelenmesiyle birleştirerek, hücresel yanıtın altında yatan düzenleyici mekanizmaya dair derinlemesine bir genel bakış elde etmeyi mümkün kılıyoruz.
●Titiz Kalite KontrolüNumune hazırlığından kütüphane hazırlığına, sekanslamaya ve biyoinformatik işlemlerine kadar tüm aşamalarda temel kontrol noktaları uyguluyoruz. Titiz izlememiz, sürekli olarak yüksek kaliteli sonuçlar elde edilmesini sağlar.
●Kapsamlı Açıklama: Farklı ifade edilen genleri (DEG'ler) işlevsel olarak açıklamak ve ilgili zenginleştirme analizlerini gerçekleştirmek için birden fazla veritabanı kullanıyoruz. Bu kapsamlı yaklaşım, transkriptom yanıtının altında yatan hücresel ve moleküler süreçlere dair bilgiler sağlayarak, deneyinizin verileri hakkında mümkün olan tüm bilgileri edinmenizi sağlar.
●Satış Sonrası Destek: Var olmanın ne kadar önemli olduğunu biliyoruz, bu nedenle taahhüdümüz proje tamamlandıktan sonra da devam ederek 3 aylık bir satış sonrası hizmet dönemi sunuyor. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili tüm sorularınızı yanıtlamak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve soru-cevap oturumları sunuyoruz.
Numune Gereksinimleri ve Teslimatı
| Kütüphane | Platform | Önerilen veriler | Veri Kalite Kontrolü |
| rRNA'dan arındırılmış yönlü kütüphane | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nükleotidler:
| Konsantrasyon (ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Jel üzerinde sınırlı veya hiç protein veya DNA kontaminasyonu görülmemiştir. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; sınırlı veya hiç temel yükseklik yok |
● Bitkiler:
Kök, Gövde veya Taç Yaprağı: 450 mg
Yaprak veya Tohum: 300 mg
Meyve: 1,2 g
● Hayvan:
Kalp veya Bağırsak: 450 mg
İç organlar veya beyin: 240 mg
Kas: 600 mg
Kemik, Saç veya Deri: 1,5 g
● Eklembacaklılar:
Böcekler: 9g
Kabuklular: 450 mg
● Tam kan:2 tüp
● Hücreler: 106 hücreler
● Serum ve Plazma: 6 mL
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Alüminyum folyo kullanılması önerilmez)
Örnek etiketleme: Grup+tekrar, örneğin A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sevkiyat:
1. Kuru buz: Numuneler torbalara konulmalı ve kuru buzun içine gömülmelidir.
2. RNA stabilizasyon tüpleri: RNA örnekleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örneğin RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Servis İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Dizileme
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Biyoinformatik
- Ham veriler
- Veri Kalite Kontrolü
- Genom hizalaması
- Gen yapısı (Alternatif ekleme, gen yapısı optimizasyonu ve yeni gen tahmini)
- Gen ekspresyonunun nicelleştirilmesi
- Diferansiyel ifade analizi
- DEG açıklaması ve zenginleştirme + Farklı ifade edilen lncRNA hedef genleri
- Transkript tanımlaması
- lncRNA tanımlaması (lncRNA korunumu ve bilinen lncRNA'lar)
- lncRNA hedef genlerinin tahmini
- lncRNA ekspresyonunun nicelleştirilmesi
- mRNA verileriyle ortak analiz
Diferansiyel Gen İfadesi (DEG) analizi
lncRNA ekspresyonunun nicelleştirilmesi – kümeleme
lncRNA hedef genlerinin zenginleştirilmesi
mRNA ve lncRNA'nın ortak konum analizi – Circos grafiği (ortadaki daire mRNA'yı, içteki daire ise lncRNA'yı temsil eder)
BMKGene'nin lncRNA dizileme hizmetlerinin sağladığı gelişmeleri, özenle seçilmiş yayınlar koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Ji, H. ve diğerleri (2020) 'Sıçan karaciğerinde soğuk stresiyle ilişkili lncRNA'ların tanımlanması, fonksiyonel tahmini ve temel lncRNA doğrulaması',Bilimsel Raporlar2020 10:1, 10(1), ss. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. ve diğerleri (2021) 'Entegre Transkriptomik Analiz, CyHV-3'e Dirençli Bir Sazan Suşunun Bağışıklık Mekanizmasını Ortaya Koyuyor',İmmünoloji Alanındaki Sınırlar, 12, s. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ ve diğerleri (2022) 'Küçük Hücreli Akciğer Kanserinde Rekabet Eden Endojen RNA Düzenleme Ağlarının Çoklu Omik Entegrasyonuna Dayalı Önceliklendirilmesi: Moleküler Özellikler ve İlaç Adayları',Onkoloji Alanındaki Sınırlar, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. ve diğerleri (2020) 'Populus'ta fotosentezin altında yatan gen ortak ifade ağının genetik analizi',Bitki Biyoteknolojisi Dergisi, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. ve diğerleri (2022) 'Graves Hastalığı ve Hashimoto Tiroiditinin Mikroortamındaki Bağışıklık Hücrelerinde Düzensiz Gen İfadesi ve Anormal Metabolik Sinyalleşme için Küresel Bir Düzenleyici Ağ',İmmünoloji Alanındaki Sınırlar, 13, s. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
