BMKCloud Log in
Banner-03

Ürünler

Metagenomik Sıralama-Nanopor

Metagenomik, çevresel örneklerden elde edilen karışık genomik materyalleri analiz etmek için kullanılan ve tür çeşitliliği ve bolluğu, popülasyon yapısı, filogenetik ilişki, fonksiyonel genler ve çevresel faktörlerle korelasyon ağı vb. konularda ayrıntılı bilgi sağlayan moleküler bir araçtır. Nanopore dizileme platformları yakın zamanda piyasaya sürülmüştür. metagenomik çalışmalaraOkuma uzunluğundaki olağanüstü performansı, özellikle metagenom derlemesi olmak üzere aşağı akış metagenomik analizini büyük ölçüde geliştirdi.Okuma uzunluğunun avantajlarından yararlanan Nanopore tabanlı metagenomik çalışma, av tüfeği metagenomiklerine kıyasla daha sürekli bir birleştirme elde edebiliyor.Nanopore bazlı metagenomiklerin mikrobiyomlardan tam ve kapalı bakteri genomlarını başarıyla ürettiği yayınlanmıştır (Moss, EL, ve diğerleri,Doğa Biyoteknolojisi, 2020)

Platform:Nanopore PromethION P48


Hizmet Detayları

Demo Sonuçları

BMK Davası

Hizmet Avantajları

● Yüksek kaliteli birleştirme - Tür tanımlama ve işlevsel gen tahmininin doğruluğunu artıran

● Kapalı bakteriyel genom izolasyonu

● Patojenik mikroorganizmaların veya antibiyotik direnciyle ilgili genlerin tespiti gibi çeşitli alanlarda daha güçlü ve güvenilir uygulama

● Karşılaştırmalı metagenom analizi

Hizmet Özellikleri

 platformu

Sıralama

Önerilen veriler

Geri Dönüş Süresi

Nanogözenek

ONT

6G/10G

65 iş günü

Biyoinformatik analizler

● Ham veri kalite kontrolü

● Metagenom derlemesi

● Yedeksiz gen seti ve açıklama

● Tür çeşitliliği analizi

● Genetik fonksiyon çeşitliliği analizi

● Gruplar arası analiz

● Deneysel faktörlere karşı ilişki analizi

nanogözenek

Numune Gereksinimleri ve Teslimat

Numune gereksinimleri ve teslimat

Örnek Gereksinimler:   

İçinDNA ekstraktları:

Örnek tip

Miktar

Konsantrasyon

Saflık

DNA ekstraktları

1-1,5 µg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Çevresel numuneler için:

Örnek tip

Önerilen numune alma prosedürü

Toprak

Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Kalan solmuş maddenin yüzeyden uzaklaştırılması gerekir;Büyük parçaları öğütün ve 2 mm'lik filtreden geçirin;Rezervasyon için steril EP tüpü veya sirotüp içindeki örnekler.

Dışkı

Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Numuneleri rezervasyon için steril EP tüpü veya kriyotüpte toplayın ve bölün.

Bağırsak içeriği

Numunelerin aseptik koşullar altında işlenmesi gerekir.Toplanan dokuyu PBS ile yıkayın;PBS'yi santrifüj edin ve çökelticiyi EP tüplerinde toplayın.

Çamur

Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Rezervasyon için çamur numunesini steril EP tüpünde veya kriyotüpte toplayın ve bölün.

Su kütlesi

Musluk suyu, kuyu suyu vb. gibi sınırlı miktarda mikrobiyal içeren numuneler için, en az 1 L su toplayın ve membrandaki mikrobiyal zenginleştirmeyi sağlamak için 0,22 μm filtreden geçirin.Membranı steril tüpte saklayın.

Deri

Steril pamuklu çubuk veya cerrahi bıçakla cilt yüzeyini dikkatlice kazıyın ve steril tüpe yerleştirin.

Önerilen Numune Teslimatı

Numuneleri 3-4 saat boyunca sıvı nitrojende dondurun ve uzun süreli rezervasyon için sıvı nitrojende veya -80 derecede saklayın.Kuru buzla numune gönderimi gereklidir.

Hizmet İş Akışı

numune teslimatı

Numune teslimatı

Kütüphane Hazırlığı

Kütüphane inşaatı

Sıralama

Sıralama

Veri analizi

Veri analizi

Satış sonrası hizmetler

Satış sonrası hizmetler


  • Öncesi:
  • Sonraki:

  • 1.Isı Haritası: Tür zenginliği kümelenmesi32. KEGG metabolik yollarına eklenen fonksiyonel genler43. Tür korelasyon ağı54. CARD antibiyotik direnç genlerinin sirkleri
    6

    BMK Davası

    Nanopore metagenomik bakteriyel alt solunum yolu enfeksiyonunun hızlı klinik teşhisini sağlar

    Yayınlanan:Doğa Biyoteknolojisi, 2019

    Teknik Öne Çıkanlar
    Sıralama: Nanopore Minion
    Klinik metagenomik biyoinformatik: Konakçı DNA tükenmesi, WIMP ve ARMA analizi
    Hızlı tespit: 6 saat
    Yüksek hassasiyet: %96,6

    Temel sonuçlar

    2006 yılında alt solunum yolu enfeksiyonu (LR) dünya çapında 3 milyon insanın ölümüne neden oldu.LR1 patojen tespitine yönelik tipik yöntem, duyarlılığı zayıf, geri dönüş süresi uzun olan ve erken antibiyotik tedavisinde rehberlik eksikliği olan ekimdir.Hızlı ve doğru bir mikrobiyal teşhis uzun zamandır acil bir ihtiyaç olmuştur.East Anglia Üniversitesi'nden Dr. Justin ve ortakları, patojen tespiti için Nanopore bazlı metagenomik yöntemi başarıyla geliştirdi.İş akışlarına göre konak DNA'sının %99,99'u tükenebilir.Patojenlerin ve antibiyotiğe dirençli genlerin tespiti 6 saatte tamamlanabiliyor.

    Referans
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydın, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomik bakteriyel alt solunum yolu enfeksiyonunun hızlı klinik teşhisini sağlar.Doğa Biyoteknolojisi, 37(7), 1.

    fiyat teklifi al

    Mesajınızı buraya yazıp bize gönderin

    Mesajınızı bize gönderin: