BMKCloud Log in
Banner-03

Ürünler

Bitki/Hayvan De Novo Genom Dizilemesi

De Novosıralama, bir referans genomun yokluğunda PacBio, Nanopore, NGS vb. gibi sıralama teknolojileri kullanılarak bir türün tüm genomunun oluşturulması anlamına gelir.Üçüncü nesil dizileme teknolojilerinin okuma uzunluğundaki dikkate değer gelişme, yüksek heterozigotluk, yüksek oranda tekrarlayan bölgeler, poliploidler vb. gibi karmaşık genomların bir araya getirilmesinde yeni fırsatlar getirmiştir. Onlarca kilobaz düzeyinde okuma uzunluğuyla bu dizileme okumaları, tekrarlayan elemanların, anormal GC içeriğine sahip bölgelerin ve diğer oldukça karmaşık bölgelerin çözülmesi.

Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq Platformu


Hizmet Detayları

Demo Sonuçları

Vaka Analizi

Hizmet Avantajları

1Yeniden-genom-derlenmesinde dizileme ve biyoinformatiğin geliştirilmesi

Dizileme platformlarının ve biyoenformatiklerin geliştirilmesiyenigenom derlemesi

(Amarasinghe SL ve diğerleri,Genom Biyolojisi, 2020)

● İlgi konusu türler için yeni genomlar oluşturmak ve mevcut referans genomları geliştirmek.

● Montajda daha yüksek doğruluk, süreklilik ve tamlık

● Dizi polimorfizmi, QTL'ler, gen düzenleme, üreme vb. konulardaki araştırmalar için temel kaynağın oluşturulması.

● Üçüncü nesil dizileme platformlarının tam yelpazesiyle donatılmıştır: tek noktadan genom birleştirme çözümü

● Farklı özelliklere sahip çeşitli genomları karşılayan esnek sıralama ve birleştirme stratejileri

● Poliploidler, dev genomlar vb. dahil olmak üzere karmaşık genom düzeneklerinde büyük deneyime sahip yüksek vasıflı biyoinformatik ekibi.

● Toplam yayınlanmış etki faktörü 900'ün üzerinde olan 100'ün üzerinde başarılı vaka

● Kromozom seviyesinde genom birleşimi için geri dönüş süresi 3 ay kadar kısadır.

● Hem deneysel hem de biyoenformatik alanında bir dizi patent ve yazılım telif hakkıyla sağlam teknik destek.

Hizmet Özellikleri

 

İçerik

 

 

platformu

 

 

Okuma Uzunluğu

 

 

Kapsam

 

Genom Araştırması

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

≥ 50X

 

 

Genom Sıralaması

 

PacBio Revio

 

15 kb HiFi Okuma

 

≥ 30X

 

Merhaba-C

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

100X

 

 

 

İş akışı

yeni

Numune Gereksinimleri ve Teslimat

Örnek Gereksinimler:

Türler

Doku

PacBio için

Nano gözenek için

Hayvanlar

İç organlar (karaciğer, dalak vb.)

≥ 1,0 gr

≥ 3,5 gr

Kas

≥ 1,5 gr

≥ 5,0 gr

Memelilerin kanı

≥ 1,5 mL

≥ 5,0 mL

Balık veya kuş kanı

≥ 0,2 mL

≥ 0,5 mL

Bitkiler

Taze yapraklar

≥ 1,5 gr

≥ 5,0 gr

Petal veya kök

≥ 3,5 gr

≥ 10,0 gr

Kökler veya tohumlar

≥ 7,0 gr

≥ 20,0 gr

Hücreler

Hücre kültürü

≥ 3×107

≥ 1×108

Önerilen Numune Teslimatı

Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Çoğu numunenin etanolde muhafaza edilmemesini öneririz.
Numune etiketleme: Numunelerin açıkça etiketlenmesi ve gönderilen numune bilgi formuyla aynı olması gerekir.
Sevkiyat: Kuru buz: Numunelerin önce torbalara paketlenmesi ve kuru buza gömülmesi gerekir.

Hizmet İş Akışı

Örnek kalite kontrol

Deney tasarımı

numune teslimatı

Numune teslimatı

Pilot deney

DNA ekstraksiyonu

Kütüphane Hazırlığı

Kütüphane inşaatı

Sıralama

Sıralama

Veri analizi

Veri analizi

Satış sonrası hizmetler

Satış sonrası hizmetler


  • Öncesi:
  • Sonraki:

  • *Burada gösterilen demo sonuçlarının tümü Biomarker Technologies ile yayınlanan genomlardan alınmıştır.

    1.Kromozom seviyesinde genom birleşimine ilişkin sirklerG. rotundifoliumNanopore sıralama platformu tarafından

    3Pamuk genomunun genomik özellikleri üzerine sirkler

    Wang M ve diğerleri,Moleküler Biyoloji ve Evrim, 2021 

    2. Weining çavdar genomunun toplanması ve ek açıklamasının istatistikleri

    4Genom-birleşmesi-ve-açıklamanın istatistiği

    Li G ve diğerleri,Doğa Genetiği, 2021

    3. Gen tahminiSechium edulegenom, üç tahmin yönteminden türetilmiştir:De novotahmin, Homoloji bazlı tahmin ve RNA-Sıra veri bazlı tahmin

    5Gen tahmini

    Fu A ve diğerleri,Bahçıvanlık Araştırması, 2021

    4. Üç pamuk genomunda sağlam uzun terminal tekrarlarının tanımlanması

    6Genomun-tekrarlayan-elementlerinin tanımlanması

    Wang M ve diğerleri,Moleküler Biyoloji ve Evrim, 2021

    5. Hi-C ısı haritasıC. acuminatagenom çapında tüm etkileşimleri gösteren genom.Hi-C etkileşimlerinin yoğunluğu, bitişikler arasındaki doğrusal mesafeyle orantılıdır.Bu ısı haritasındaki temiz bir düz çizgi, kromozomlardaki bitişiklerin oldukça doğru bir şekilde sabitlendiğini gösterir.(Bitişik sabitleme oranı: %96,03)

    7Hi-C-ısı haritası-birleştirilmiş-sıralama-sabitlemede

    kang M ve diğerleri,Doğa İletişimi,2021

     

    BMK Davası

    Yüksek kaliteli bir genom derlemesi, çavdarın genomik özelliklerini ve tarımsal açıdan önemli genleri vurgular

    Yayınlanan: Doğa Genetiği, 2021

    Sıralama stratejisi:

    Genom derlemesi: 20 kb kitaplığa sahip PacBio CLR modu (497 Gb, yaklaşık 63×)
    Dizi düzeltmesi: Illumina platformunda 270 bp DNA kitaplığına (430 Gb, yaklaşık 54×) sahip NGS
    Contigs sabitleme: Illumina platformunda Hi-C kitaplığı (560 Gb, yaklaşık 71×)
    Optik harita: (779,55 Gb, yaklaşık 99×) Bionano Irys'te

    Temel sonuçlar

    1.Weining çavdar genomunun bir derlemesi, toplam genom boyutu 7,74 Gb (akış sitometrisine göre tahmini genom boyutunun %98,74'ü) olacak şekilde yayınlandı.Bu düzeneğin N50 iskelesi 1,04 Gb'ye ulaştı.Devamlıların %93,67'si 7 sahte kromozoma başarıyla sabitlendi.Bu montaj bağlantı haritası, LAI ve BUSCO tarafından değerlendirildi ve bu da tüm değerlendirmelerde yüksek puanlarla sonuçlandı.

    2.Bu genom temel alınarak karşılaştırmalı genomik, genetik bağlantı haritası, transkriptomik çalışmalar yapıldı.Genom çapında gen kopyaları ve bunların nişasta biyosentezi genleri üzerindeki etkileri dahil olmak üzere genomik özelliklerle ilgili bir dizi özellik ortaya çıkarıldı;karmaşık prolamin lokuslarının fiziksel organizasyonu, erken yönlenme özelliğinin altında yatan gen ekspresyon özellikleri ve çavdardaki varsayılan evcilleştirmeyle ilişkili kromozomal bölgeler ve lokuslar.

    PB-tam uzunlukta-RNA-Sıralama-vaka çalışması

    Weining çavdar genomunun genomik özelliklerine ilişkin Circos diyagramı

    PB-tam uzunlukta-RNA-alternatif birleştirme

    Çavdar genomunun evrimsel ve kromozom sentezi analizleri

    Referans

    Li, G., Wang, L., Yang, J.ve ark.Yüksek kaliteli bir genom derlemesi, çavdarın genomik özelliklerini ve tarımsal açıdan önemli genleri vurgular.Nat Genet 53,574–584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    fiyat teklifi al

    Mesajınızı buraya yazıp bize gönderin

    Mesajınızı bize gönderin: