Azaltılmış Temsil Bisülfit Sıralaması (RRBS)
Azaltılmış Temsil Bisülfit Dizilimi (RRBS), DNA metilasyon araştırmalarında Tüm Genom Bisülfit Dizilimine (WGBS) uygun maliyetli ve verimli bir alternatif olarak ortaya çıkmıştır. WGBS, tüm genomu tek baz çözünürlükte inceleyerek kapsamlı bilgiler sağlarken, yüksek maliyeti sınırlayıcı bir faktör olabilir. RRBS, genomun temsili bir bölümünü seçici olarak analiz ederek bu zorluğu stratejik olarak hafifletir. Bu metodoloji, CpG adası açısından zengin bölgelerin MspI bölünmesiyle zenginleştirilmesine ve ardından 200-500/600 bps fragmanlarının boyut seçimine dayanır. Sonuç olarak, yalnızca CpG adalarına yakın olan bölgeler sıralanırken, uzak CpG adalarına sahip olanlar analizin dışında bırakılır. Bisülfit dizilimi ile birleştirilen bu süreç, DNA metilasyonunun yüksek çözünürlüklü tespitine olanak tanır ve PE150 dizileme yaklaşımı, metilasyon profili oluşturmanın verimliliğini artırarak özellikle eklerin ortası yerine uçlarına odaklanır. RRBS, uygun maliyetli DNA metilasyon araştırmalarına olanak tanıyan ve epigenetik mekanizmalar hakkındaki bilgileri geliştiren paha biçilmez bir araçtır.
Hizmet Özellikleri
● Referans genom gerektirir.
● Lambda DNA, bisülfit dönüşüm verimliliğini izlemek için kullanılır.
● MspI sindirim verimliliği de izlenir.
● Bitki numuneleri için çift enzim sindirimi.
● Illumina NovaSeq'te sıralama.
Hizmet Avantajları
●WGBS'ye Uygun Maliyetli ve Verimli Alternatif: Analizlerin daha düşük maliyetle ve daha az numune ihtiyacıyla yapılmasını sağlar.
●Tam Platform:Örnek işleme, kütüphane oluşturma ve sıralamadan biyoinformatik analize kadar tek elden mükemmel hizmet sağlayın.
●Kapsamlı Uzmanlık: Çok çeşitli türlerde başarıyla tamamlanan RRBS dizileme projeleri ile BMKGENE, on yıldan fazla deneyim, yüksek vasıflı bir analiz ekibi, kapsamlı içerik ve mükemmel satış sonrası destek sunar.
Hizmet Özellikleri
| Kütüphane | Sıralama Stratejisi | Önerilen veri çıkışı | Kalite kontrol |
| MspI ile sindirilmiş ve Bisülfit ile işlenmiş kütüphane | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ %85 Bisülfit dönüşümü > %99 MspI kesme verimliliği > %95 |
Örnek Gereksinimler
| Konsantrasyon (ng/μL) | Toplam miktar (μg) |
| |
| genomik DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Sınırlı bozulma veya kirlenme |
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Aşağıdaki analizi içerir:
● Ham sıralama kalite kontrolü;
● Referans genomuna haritalama;
● 5mC metillenmiş bazların tespiti ve motif tanımlaması;
● Metilasyon dağılımının analizi ve numune karşılaştırması;
● Diferansiyel Olarak Metillenmiş Bölgelerin (DMR'ler) Analizi;
● DMR'lerle ilişkili genlerin işlevsel açıklaması.
Kalite kontrol: sindirim verimliliği (genom haritalamada)
Kalite kontrol: bisülfit dönüşümü (metilasyon bilgisi çıkarmada)
Metilasyon haritası: 5mC metilasyon genom çapında dağılım
Örnek karşılaştırma: Temel Bileşen Analizi
Diferansiyel Olarak Metillenmiş Bölgeler (DMR'ler) analizi: ısı haritası
BMKGene'nin tüm genom bisülfit dizileme hizmetleri tarafından kolaylaştırılan araştırma ilerlemelerini, seçilmiş bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Li, Z. ve diğerleri. (2022) 'CRISPR aktivasyonu ve parakrin faktörleriyle Leydig benzeri hücrelere yüksek kalitede yeniden programlama',PNAS Bağlantı Noktası, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. ve diğerleri. (2023) 'Çin monozigotik ikizlerinde vücut kompozisyonunun genom çapında DNA metilasyon analizi',Avrupa Klinik Araştırma Dergisi, 53(11), s. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. ve ark. (2022) 'DNA metilasyonu ve bel-kalça oranı: Çin monozigotik ikizlerinde epigenom çapında bir ilişki çalışması',Endokrinolojik Araştırmalar Dergisi, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
