Spesifik Lokus Amplifiye Fragment Dizileme (SLAF-Seq)
İş Akışı
Bu hizmet, kütüphane hazırlığı sırasında en uygun enzim seçimini garanti altına almak için bazı ön tasarım işlemlerini bilgisayar ortamında gerçekleştirmektedir.
Teknik Şema
Hizmet Özellikleri
● NovaSeq üzerinde PE150 ile sekanslama.
● 1000'den fazla örneğin bir araya getirilmesini sağlayan çift barkodlama ile kütüphane hazırlığı.
● Referans genomdan bağımsız:
Referans genomu ile: SNP ve InDel keşfi
Referans genomu olmadan: örnek kümeleme ve SNP keşfi
● İçindein silicoÖn tasarım aşamasında, genom boyunca SLAF etiketlerinin tekdüze bir dağılımını sağlayan kısıtlama enzimi kombinasyonlarını bulmak için birden fazla kısıtlama enzimi kombinasyonu taranır.
● Ön deney sırasında, 9 SLAF kütüphanesi oluşturmak için 3 örnekte üç enzim kombinasyonu test edilir ve bu bilgiler, proje için en uygun kısıtlama enzimi kombinasyonunu seçmek için kullanılır.
Hizmet Avantajları
●Yüksek Genetik İşaretleyici KeşfiYüksek verimli çift barkod sistemini entegre ederek, geniş popülasyonların eş zamanlı dizilenmesine ve lokus spesifik amplifikasyon ile verimliliği artırıyoruz; böylece etiket sayılarının çeşitli araştırma sorularının farklı gereksinimlerini karşılamasını sağlıyoruz.
● Genoma Düşük BağımlılıkReferans genomu olan veya olmayan türlere uygulanabilir.
●Esnek Şema TasarımıTek enzimli, çift enzimli, çok enzimli sindirim ve çeşitli enzim türleri, farklı araştırma hedeflerine veya türlere uygun olarak seçilebilir.
● Enzimatik Sindirimde Yüksek Verimlilik: Birin silicoÖn tasarım ve ön deney, kromozom üzerinde SLAF etiketlerinin eşit dağılımını (1 SLAF etiketi/4 Kb) ve tekrarlayan dizinin azaltılmasını (<%5) sağlayan optimum tasarımı garanti eder.
●Kapsamlı Uzmanlık: Bitkiler, memeliler, kuşlar, böcekler ve su organizmaları da dahil olmak üzere yüzlerce tür üzerinde 5000'den fazla SLAF-Seq projesini başarıyla tamamlamış olmamızla, her projeye zengin bir deneyim katıyoruz.
● Kendi geliştirdiğim Biyoinformatik İş AkışıSLAF-Seq için, nihai çıktının güvenilirliğini ve doğruluğunu sağlamak amacıyla entegre bir biyoinformatik iş akışı geliştirdik.
Hizmet Özellikleri
| Analiz türü | Önerilen nüfus ölçeği | Sıralama stratejisi | |
| Etiket dizileme derinliği | Etiket numarası | ||
| Genetik Haritalar | 2 ebeveyn ve >150 yavru | Ebeveynler: 20x WGS Yavrular: 10x | Genom boyutu: <400 Mb: WGS önerilir. <1 GB: 100.000 etiket 1-2 GB:: 200.000 etiket >2 GB: 300.000 etiket Maksimum 500 bin etiket |
| Genom Çapında İlişki Çalışmaları (GWAS) | ≥200 örnek | 10x | |
| Genetik Evrim | ≥30 örnek, her alt gruptan >10 örnek. | 10x | |
Hizmet Gereksinimleri
Konsantrasyon ≥ 5 ng/µL
Toplam miktar ≥ 80 ng
Agaroz jel: bozulma veya kirlenme yok veya sınırlı düzeyde.
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü
(Numunelerin çoğu için etanolde muhafaza edilmesini önermiyoruz.)
Örnek etiketleme: Örnekler açıkça etiketlenmeli ve gönderilen örnek bilgi formuyla aynı olmalıdır.
Sevkiyat: Kuru buz: Numuneler önce poşetlere konulmalı ve kuru buzun içine gömülmelidir.
Hizmet İş Akışı
Numune Kalite Kontrolü
Pilot deney
SLAF deneyi
Kütüphane Hazırlığı
Dizileme
Veri Analizi
Satış Sonrası Hizmetler
Biyoinformatik analizimiz şunları kapsamaktadır:
N açısından zengin okumaları, adaptör okumalarını veya düşük kaliteli okumaları kaldırmak için veri kalite kontrolü ve veri kırpma işlemi.
Temizlenmiş okumaların ikinci bir kalite kontrolü, baz dağılımını, dizi kalitesini ve veri değerlendirmesini kontrol etmenin yanı sıra sindirim verimliliğini ve elde edilen eklemeleri de kontrol etmek içindir.
Okumalar kontrol edildikten sonra iki seçenek vardır:
- Referans genoma eşleme
- Referans genomu olmadan: kümeleme
Bundan sonra, SLAF etiketlerinin analizi, belirteç keşfine yardımcı olmak için bazı varyant çağrıları yapmak amacıyla kullanılır: SNP, InDel, SNV, CV çağrısı ve açıklaması.
Kromozomlar üzerindeki SLAF etiketlerinin dağılımı:
SNP'lerin kromozomlar üzerindeki dağılımı:
SNP açıklaması
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ve Shi C (2023) Meyve olgunlaşması sırasında şeker içeriğinin QTL haritalaması ve transkriptom analiziPyrus pyrifolia.Ön. Bitki Bilimi.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). st1'in tanımlanması, soya fasulyesi evcilleştirme sürecinde tohum morfolojisi ve yağ içeriğinin birlikte taşınmasını içeren bir seçilimi ortaya koymaktadır.Bitki Biyoteknolojisi Dergisi, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.ve diğerleri.Sazan balığının genom dizilimi ve genetik çeşitliliği,Cyprinus carpio.Doğal Genetik 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.ve diğerleri.Kültür ortamında yetiştirilen yer fıstığının genomu, baklagil karyotipleri, poliploid evrimi ve bitki evcilleştirilmesi hakkında bilgi sağlamaktadır.Doğal Genetik 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Yıl | Dergi | IF | Başlık | Uygulamalar |
| 2022 | Doğa iletişimleri | 17.694 | Ağaç şakayığının giga-kromozomlarının ve giga-genomunun genomik temeli Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Yeni Fitolog | 7.433 | Evcilleştirme izleri, tarımsal öneme sahip genomik bölgeleri sabitler. soya fasulyesi | SLAF-GWAS |
| 2022 | İleri Araştırma Dergisi | 12.822 | Gossypium barbadense'nin G. hirsutum'a genom çapında yapay introgresyonları Pamuk lifi kalitesini ve verimini eş zamanlı olarak iyileştirmek için üstün bölgeleri ortaya çıkarmak özellikler | SLAF - Evrimsel genetik |
| 2019 | Moleküler Bitki | 10.81 | Popülasyon Genomik Analizi ve De Novo Montajı, Yabani Otların Kökenini Ortaya Koyuyor Evrimsel Bir Oyun Olarak Pirinç | SLAF - Evrimsel genetik |
| 2019 | Doğa Genetiği | 31.616 | Sazan balığının (Cyprinus carpio) genom dizilimi ve genetik çeşitliliği | SLAF Bağlantı haritası |
| 2014 | Doğa Genetiği | 25.455 | Kültür ortamında yetiştirilen yer fıstığının genomu, baklagillerin karyotipleri ve poliploid yapıları hakkında bilgi vermektedir. Evrim ve bitki evcilleştirme. | SLAF Bağlantı haritası |
| 2022 | Bitki Biyoteknolojisi Dergisi | 9.803 | ST1'in tanımlanması, tohum morfolojisinin taşınmasını içeren bir seçilimi ortaya koymaktadır. ve soya fasulyesinin evcilleştirilmesi sırasında yağ içeriği | SLAF-İşaretleyici geliştirme |
| 2022 | Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi | 6.208 | Buğday-Leymus mollis 2Ns (2D) için Tanımlama ve DNA İşaretleyici Geliştirme Disomik Kromozom Değişimi | SLAF-İşaretleyici geliştirme |
| Yıl | Dergi | IF | Başlık | Uygulamalar |
| 2023 | Bitki biliminde yeni ufuklar | 6.735 | Pyrus pyrifolia meyvesinin olgunlaşması sırasında şeker içeriğinin QTL haritalaması ve transkriptom analizi | Genetik Harita |
| 2022 | Bitki Biyoteknolojisi Dergisi | 8.154 | ST1'in tanımlanması, soya fasulyesinin evcilleştirilmesi sırasında tohum morfolojisi ve yağ içeriğinin birlikte taşınmasını içeren bir seçilimi ortaya koymaktadır.
| SNP'nin çağrısı |
| 2022 | Bitki biliminde yeni ufuklar | 6.623 | Kurak Ortamda Kabuksuz Arpa Fenotiplerinin Genom Çapında İlişkilendirme Haritalaması.
| GWAS |
