BMKCloud Log in
Banner-03

Ürünler

Spesifik Lokus Güçlendirilmiş Parça Sıralaması (SLAF-Seq)

Özellikle büyük ölçekli popülasyonda yüksek verimli genotipleme, fonksiyonel gen keşfi, evrimsel analiz vb. için genetik temel sağlayan genetik ilişkilendirme çalışmalarında temel bir adımdır. Derin tüm genomun yeniden dizilenmesi yerine, azaltılmış temsilli genom dizilimi (RRGS) ), genetik işaretleyici keşfinde makul verimliliği korurken, numune başına sıralama maliyetini en aza indirmek için tanıtıldı.Bu genellikle, azaltılmış gösterim kitaplığı (RRL) olarak adlandırılan, belirli boyut aralığında kısıtlama parçasının çıkarılmasıyla elde edilir.Spesifik lokus güçlendirilmiş fragman dizilimi (SLAF-Seq), referans genomu olsun veya olmasın SNP genotiplemesi için kendi geliştirdiği bir stratejidir.
Platform: Illumina NovaSeq Platformu


Hizmet Detayları

Demo Sonuçları

Öne Çıkan Yayınlar

Hizmet Detayları

Teknik Şema

111

İş akışı

流程图

Hizmet Avantajları

Yüksek işaretleyici keşif verimliliği- Yüksek verimli sıralama teknolojisi, SLAF-Seq'in tüm genom içindeki yüz binlerce etiketi keşfetmesine yardımcı olur.

Genoma düşük bağımlılık- Referans genomu olan veya olmayan türlere uygulanabilir.

Esnek şema tasarımı- Tek enzim, çift enzim, çoklu enzim sindirimi ve çeşitli enzim türleri, hepsi farklı araştırma hedeflerini veya türlerini karşılamak için seçilebilir.Optimum enzim tasarımını sağlamak için silico'da ön değerlendirme kullanılır.

Verimli enzimatik sindirim- Koşulları optimize etmek için ön deney yapıldı, bu da resmi deneyi istikrarlı ve güvenilir kılıyor.Parça toplama verimliliği %95'in üzerine çıkabilir.

Eşit olarak dağıtılmış SLAF etiketleri- SLAF etiketleri tüm kromozomlara büyük ölçüde eşit olarak dağıtılarak 4 kb başına ortalama 1 SLAF elde edilir.

Tekrarlardan etkili bir şekilde kaçınma- SLAF-Seq verilerinde tekrarlayan dizi, özellikle buğday, mısır vb. gibi tekrar düzeyi yüksek olan türlerde %5'in altına düşürülür.

Kapsamlı deneyim-Bitkileri, memelileri, kuşları, böcekleri, su organizmalarını vb. kapsayan yüzlerce türe ilişkin 2000'den fazla kapalı SLAF-Seq projesi.

Kendi geliştirdiği biyoenformatik iş akışı- Nihai çıktının güvenilirliğini ve doğruluğunu sağlamak amacıyla BMKGENE tarafından SLAF-Seq için entegre bir biyoinformatik iş akışı geliştirildi.

 

Hizmet Özellikleri

 

platformu

Kons.(ng/gl)

Toplam (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Cilt>15μl)

1.6-2.5

Not: Ön deney için her biri üç enzim şemasına sahip üç örnek gerçekleştirilecektir.

Önerilen Sıralama Stratejisi

Sıralama derinliği: 10X/Tag

Genom Boyutu

Önerilen SLAF Etiketleri

< 500 Mb

100K veya WGS

500 Mb- 1 Gb

100 bin

1 Gb -2 Gb

200 bin

Dev veya karmaşık genomlar

300 - 400K

 

Uygulamalar

 

Tavsiye edilen

Nüfus Ölçeği

 

Sıralama stratejisi ve derinliği

 

Derinlik

 

Etiket numarası

 

GWAS

 

Örnek sayısı ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Buna göre

genom boyutu

 

Genetik Evrim

 

Her birinin bireyleri

alt grup ≥ 10;

toplam numuneler ≥ 30

 

10X

 

Önerilen Numune Teslimatı

Kap: 2 ml santrifüj tüpü

Çoğu numunenin etanolde muhafaza edilmemesini öneririz.

Numune etiketleme: Numunelerin açıkça etiketlenmesi ve gönderilen numune bilgi formuyla aynı olması gerekir.

Sevkiyat: Kuru buz: Numunelerin önce torbalara paketlenmesi ve kuru buza gömülmesi gerekir.

Hizmet İş Akışı

Örnek kalite kontrol
Pilot deney
SLAF deneyi
Kütüphane Hazırlığı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler

Örnek kalite kontrol

Pilot deney

SLAF deneyi

Kütüphane Hazırlığı

Sıralama

Veri analizi

Satış Sonrası Hizmetler


  • Öncesi:
  • Sonraki:

  • 1. Harita sonucunun istatistikleri

    resim1

    A1

    2. SLAF işaretleyici geliştirme

    A2

    3. Varyasyon açıklaması

    A3

    Yıl

    Günlük

    IF

    Başlık

    Uygulamalar

    2022

    Doğa iletişimi

    17.694

    Ağaç şakayıklarının giga kromozomları ve giga genomunun genomik temeli

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    Yeni Fitolog

    7.433

    Evcilleştirme ayak izleri, tarımsal öneme sahip genomik bölgelerin temelini oluşturur.

    soya fasulyesi

    SLAF-GWAS

    2022

    İleri Araştırma Dergisi

    12.822

    Gossypium barbadense'nin G. hirsutum'a genom çapında yapay girişi

    Pamuk lifi kalitesinin ve veriminin eş zamanlı olarak iyileştirilmesi için üstün konumları ortaya çıkarın

    özellikler

    SLAF-Evrimsel genetik

    2019

    Moleküler Bitki

    10.81

    Popülasyon Genomik Analizi ve De Novo Toplantısı Weedy'nin Kökenini Ortaya Çıkarıyor

    Evrimsel Bir Oyun Olarak Pirinç

    SLAF-Evrimsel genetik

    2019

    Doğa Genetiği

    31.616

    Sazan balığı Cyprinus carpio'nun genom dizisi ve genetik çeşitliliği

    SLAF-Bağlantı haritası

    2014

    Doğa Genetiği

    25.455

    Yetiştirilen yer fıstığının genomu baklagil karyotipleri, poliploid hakkında bilgi sağlar

    Evrim ve mahsulün evcilleştirilmesi.

    SLAF-Bağlantı haritası

    2022

    Bitki Biyoteknolojisi Dergisi

    9.803

    ST1'in tanımlanması, tohum morfolojisinin otostopla yapılmasını içeren bir seçimi ortaya koyuyor

    soya fasulyesinin evcilleştirilmesi sırasında yağ içeriği

    SLAF-Marker geliştirme

    2022

    Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi

    6.208

    Buğday-Leymus mollis 2Ns (2D) için Tanımlama ve DNA Marker Geliştirilmesi

    Disomik Kromozom Değişimi

    SLAF-Marker geliştirme

    fiyat teklifi al

    Mesajınızı buraya yazıp bize gönderin

    Mesajınızı bize gönderin: