16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Хезмәтнең өстенлекләре
ØЭкологик үрнәкләрдә микробиаль составны изоляциясез һәм тиз ачыклау
ØЭкологик үрнәкләрдә аз мул компонентларда югары резолюция
ØСоңгы QIIME2 мәгълүмат базасы, аннотация, OTU / ASV ягыннан төрле анализлар белән агымны анализлау.
ØThrгары үткәрүчәнлек, төгәллек
ØТөрле микробиаль тикшеренүләр өчен кулланыла
ØBMK елына 100 000 нән артык үрнәк белән зур тәҗрибәгә ия soil туфрак, су, газ, балчык, зәвык, эчәк, тире, ферментация кибете, бөҗәкләр, үсемлекләр һ.б.
ØBMKCloud 45 персональләштерелгән анализ коралы булган мәгълүматны аңлатуны җиңеләйтте
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| ЭзләүПлатформа | Китапханә | Тәкъдим ителгән мәгълүмат бирү | Фаразланган әйләнү вакыты |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50К / 100К / 300К Тэглар | 30 көн |
Биоинформатика анализы
üЧимал мәгълүматларының сыйфатын контрольдә тоту
üOTU кластеры / Де-шау (ASV)
üOTU аннотациясе
üАльфа төрлелеге
üБета төрлелеге
üТөркемара анализ
üЭксперименталь факторларга каршы ассоциация анализы
üГен фаразлау
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
ӨченДНК экстрактлары:
| Ampleрнәк төре | Күләм | Концентрация | Чисталык |
| ДНК экстрактлары | ＞ 30 нг | Ng 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1,6-2.5 |
Экологик үрнәкләр өчен:
| Ampleрнәк төре | Тәкъдим ителгән сайлау процедурасы |
| Туфрак | Сайлау күләме: якынча.5 г;Калган матдәләрне өслектән чыгарырга кирәк;Зур кисәкләрне тарттырыгыз һәм 2 мм фильтр аша узыгыз;Алтикот үрнәкләре стериль EP-трубада яки резервация өчен циротубта. |
| Зәңгәрлек | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта үрнәкләр җыеп аликот. |
| Эчәк эчтәлеге | Samрнәкләрне асептик шартларда эшкәртергә кирәк.Collectedыелган тукыманы ПБС белән юыгыз;ПБСны центрифугага салыгыз һәм EP-трубаларда явым-төшем туплагыз. |
| Чүп | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта балчык үрнәген җыеп аликот |
| Су кешесе | Чикләнгән су, кое суы һ.б кебек чикләнгән микробиаль үрнәк өчен ким дигәндә 1 Л су җыеп, мембранада микробиаль баету өчен 0,22 мм фильтр аша узыгыз.Мембрананы стериль трубада саклагыз. |
| Тере | Тере өслеген стериль мамык яки хирургик пычак белән яхшылап кырыгыз һәм аны стериль трубага урнаштырыгыз. |
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Сыек азоттагы үрнәкләрне 3-4 сәгатькә туңдырыгыз һәм сыек азотта яки -80 градуска озак саклагыз.Коры боз белән үрнәк җибәрү кирәк.
Хезмәт эше
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
1. Төрләр тарату
2. atылылык картасы: байлык кластеры
3.Сирәк фракция сызыгы
4.NMDS анализы
5.Лефс анализы
BMK Case
Симез кешеләр 2-нче типтагы диабет белән һәм аннан башка төрле эчәк микробиаль функциональ сәләтен һәм составын күрсәтәләр
Басылган:Күзәнәк хуҗасы һәм микроб, 2019
Эзләү стратегиясе:
Диабетсыз аракы (n = 633);Симез диабет булмаган (n = 494);Симез типтагы диабет (n = 153);
Максат өлкәсе: 16S rDNA V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (NGS нигезендә ампликон эзлеклелеге)
ДНК экстрактларының бер өлеше Иллумина Хисекта метагеномик эзлеклелеккә дучар ителделәр
Төп нәтиҗәләр
Бу метаболик авыруларның микробиаль профильләре уңышлы дифференциацияләнде.
16S эзлеклелеге белән тудырылган микробиаль үзенчәлекләрне чагыштырып, симерү микробиаль составның үзгәрүе, индивидуаль үзенчәлекләр, аеруча Аккермансия, Фаекалибактерия, Осиллибактер, Алистипс һ.б. кимүе белән бәйле булган, өстәмә рәвештә, T2D Эшеричия / шигелла арту белән бәйле булган. .
Сылтама
Тингхольм, Л.Б., һ.б."2-нче типтагы шикәр авыруы булган һәм аннан башка симез кешеләр төрле микробиаль функциональ куәтне һәм композицияне күрсәтәләр."Күзәнәк хуҗасы һәм микроб26.2 (2019).
