16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Хезмәтнең өстенлекләре
ØОзын уку 16S / 18S / ITS тулы озынлык эзлеклелеген күрсәтә
ØPacBio CCS режимы белән бик төгәл шалтырату
ØOTU / ASV аннотациясендә төрләр дәрәҗәсе
ØСоңгы QIIME2 мәгълүмат базасы, аннотация, OTU / ASV ягыннан төрле анализлар белән агымны анализлау.
ØТөрле микробиаль тикшеренүләр өчен кулланыла
ØBMK елына 100 000 нән артык үрнәк белән зур тәҗрибәгә ия soil туфрак, су, газ, балчык, зәвык, эчәк, тире, ферментация кибете, бөҗәкләр, үсемлекләр һ.б.
ØBMKCloud 45 персональләштерелгән анализ коралы булган мәгълүматны аңлатуны җиңеләйтте
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| ЭзләүПлатформа | Китапханә | Тәкъдим ителгән мәгълүмат бирү | Фаразланган әйләнү вакыты |
| PacBio Sequel II | SMRT-кыңгырау | 5K / 10K / 30K CCS | 30 көн |
Биоинформатика анализы
üЧимал мәгълүматларының сыйфатын контрольдә тоту
üOTU кластеры / Де-шау (ASV)
üOTU аннотациясе
üАльфа төрлелеге
üБета төрлелеге
üТөркемара анализ
üЭксперименталь факторларга каршы ассоциация анализы
üГен фаразлау
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
ӨченДНК экстрактлары:
| Ampleрнәк төре | Күләм | Концентрация | Чисталык |
| ДНК экстрактлары | ＞ 1 μг | ＞ 20 ng / μl | OD260 / 280 = 1,6-2.5 |
Экологик үрнәкләр өчен:
| Ampleрнәк төре | Тәкъдим ителгән сайлау процедурасы |
| Туфрак | Сайлау күләме: якынча.5 г;Калган матдәләрне өслектән чыгарырга кирәк;Зур кисәкләрне тарттырыгыз һәм 2 мм фильтр аша узыгыз;Алтикот үрнәкләре стериль EP-трубада яки резервация өчен циротубта. |
| Зәңгәрлек | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта үрнәкләр җыеп аликот. |
| Эчәк эчтәлеге | Samрнәкләрне асептик шартларда эшкәртергә кирәк.Collectedыелган тукыманы ПБС белән юыгыз;ПБСны центрифугага салыгыз һәм EP-трубаларда явым-төшем туплагыз. |
| Чүп | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта балчык үрнәген җыеп аликот |
| Су кешесе | Чикләнгән су, кое суы һ.б кебек чикләнгән микробиаль үрнәк өчен ким дигәндә 1 Л су җыеп, мембранада микробиаль баету өчен 0,22 мм фильтр аша узыгыз.Мембрананы стериль трубада саклагыз. |
| Тере | Тере өслеген стериль мамык яки хирургик пычак белән яхшылап кырыгыз һәм аны стериль трубага урнаштырыгыз. |
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Сыек азоттагы үрнәкләрне 3-4 сәгатькә туңдырыгыз һәм сыек азотта яки -80 градуска озак саклагыз.Коры боз белән үрнәк җибәрү кирәк.
Хезмәт эше
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
1. V3 + V4 (Иллумина) аннотация ставкасы - микробиаль җәмгыять профиле vs. Тулы озынлык (PacBio) нигезләнгән профиль.
(Статистика өчен очраклы рәвештә сайланган 30 проектның мәгълүматлары кулланылды)
2. Төрле үрнәк типтагы төрләр дәрәҗәсендә тулы озынлыктагы ампликон эзлеклелегенең аннотация дәрәҗәсе
3. Төрләр тарату
4.Филогенетик агач
BMK Case
Арсеник экспозиция эчәк киртәләргә зыян китерә һәм нәтиҗәдә эчәк-бавыр күчәренең активлашуы үрдәкләрдә бавырның ялкынлануына һәм пироптозына китерә.
Басылган:Гомуми тирәлек турында фән,2021
Эзләү стратегиясе:
Samрнәкләр: Контроль vs 8 мг / кг ATO фаш ителгән төркем
Мәгълүматларның эзлеклелеге: барлыгы 102,583 чимал CCS эзлеклелеге
Контроль: 54,518 ± 747 эффектив CCS
АТО-фаш ителгән: 45,050 ± 1675 эффектив CCS
Төп нәтиҗәләр
Альфа төрлелеге:АТО экспозициясе эчәк микробиаль байлыгын һәм үрдәкләрнең төрлелеген сизелерлек үзгәртте.
Метастат анализы:
Филум дәрәҗәсендә: 2 бактерияле фила контроль төркемнәрдә генә ачыкланган
Нәсел дәрәҗәсендә: чагыштырмача күплектә 6 төр аерылып торган
Төрләр дәрәҗәсендә: барлыгы 36 төр ачыкланган, аларның 6сы релавив муллыкта шактый аерылып тора
Сылтама
Тингхольм, Л.Б., һ.б."2-нче типтагы шикәр авыруы булган һәм аннан башка симез кешеләр төрле микробиаль функциональ куәтне һәм композицияне күрсәтәләр."Күзәнәк хуҗасы һәм микроб26.2 (2019).
